Khảo sát hệ gen về các vị trí gen liên quan đến đặc điểm thương phẩm, tăng trưởng sau sinh và các đặc điểm sinh sản ở bò Angus thương mại

Để hiểu rõ hơn về số lượng loci có tác động lớn gây ra sự biến đổi ở bò, một cuộc khảo sát về vị trí gen liên quan đến đặc điểm định lượng (QTL) cho 14 đặc điểm kinh tế quan trọng đã được thực hiện trên hai quần thể bò Angus thương mại bằng cách sử dụng 390 microsatellite, 11 biến thể đơn nucleotide (SNP) và một locus nhân bản. Quần thể đầu tiên gồm 1769 con bò đực Angus đã đăng ký sinh ra trong khoảng từ năm 1955 đến 2003, với sự khác biệt xuất dự kiến được tính toán bởi Hiệp hội Angus Mỹ. Quần thể thứ hai gồm 38 gia đình cùng huyết thống chứa 1622 con bò castrated với sáu kiểu hình tăng trưởng sau sinh và kiểu hình thịt. Phân tích liên kết đã được thực hiện bằng hồi quy bình phương tối thiểu cho các giống cùng huyết thống với gridqtl hoặc phân tích chuỗi Markov Bayes cho phả hệ phức tạp với loki. Trong số 673 QTL đã phát hiện, chỉ có 118 QTL được báo cáo trước đó, phản ánh cả phương pháp bảo thủ trong báo cáo QTL trong tài liệu và phương pháp tự do hơn trong nghiên cứu này. Từ 33 đến 71% phương sai di truyền và từ 35 đến 56% phương sai kiểu hình trong mỗi đặc điểm được giải thích bởi các QTL đã phát hiện. Để phân tích tác động của 11 SNP và một locus nhân bản trong các gen ứng cử vào mỗi đặc điểm, một phân tích dấu hiệu đơn đã được thực hiện bằng cách phù hợp với mô hình thay thế allele bổ sung trong cả hai quần thể bản đồ. Đã phát hiện 53 mối liên kết giữa các loci SNP/nhân bản và các đặc điểm với −log₁₀P_nominal≥ 4.0, trong đó mỗi mối liên kết giải thích từ 0.92% đến 4.4% của phương sai di truyền và từ 0.01% đến 1.86% phương sai kiểu hình. Trong số các liên kết này, chỉ có sáu loci SNP/nhân bản nằm trong phạm vi 8 cM so với đỉnh QTL cho đặc điểm, với hai nằm tại đỉnh QTL: SST_DG156121:c.362A>G cho diện tích cơ thịt ribeye và TG_X05380:c.422C>T cho độ dễ sinh. Các mối liên hệ mạnh giữa một số loci SNP/nhân bản và sự biến đổi đặc điểm đã được thiết lập trong điều kiện không có bất kỳ QTL liên kết nào được phát hiện. Tuy nhiên, chúng tôi bác bỏ tính nguyên nhân của một số bài kiểm tra DNA thương mại, bao gồm một mối liên kết giữa TG_X05380:c.422C>T và độ vân trong bò Angus.