Khảo sát hệ gen về các vị trí gen liên quan đến đặc điểm thương phẩm, tăng trưởng sau sinh và các đặc điểm sinh sản ở bò Angus thương mại

Animal Genetics - Tập 41 Số 6 - Trang 597-607 - 2010
Matthew McClure1, Natalia S. Morsci2, Robert D. Schnabel1, J. W. Kim1, Ping Yao1,3, Megan M Rolf1, Stephanie McKay1, S. J. Gregg1, Richard H. Chapple1, Sally L Northcutt4, Jeremy F. Taylor1
1Division of Animal Sciences, University of Missouri, Columbia, MO 65211 USA
2Cell and Molecular Biology program, University of Wisconsin, Madison, WI 53706, USA
3School of Nursing and Health Studies, Northern Illinois University, DeKalb, IL 60115, USA
4American Angus Association, 3201 Frederick Avenue, Saint Joseph, MO 64506, USA

Tóm tắt

Tóm tắtĐể hiểu rõ hơn về số lượng loci có tác động lớn gây ra sự biến đổi ở bò, một cuộc khảo sát về vị trí gen liên quan đến đặc điểm định lượng (QTL) cho 14 đặc điểm kinh tế quan trọng đã được thực hiện trên hai quần thể bò Angus thương mại bằng cách sử dụng 390 microsatellite, 11 biến thể đơn nucleotide (SNP) và một locus nhân bản. Quần thể đầu tiên gồm 1769 con bò đực Angus đã đăng ký sinh ra trong khoảng từ năm 1955 đến 2003, với sự khác biệt xuất dự kiến được tính toán bởi Hiệp hội Angus Mỹ. Quần thể thứ hai gồm 38 gia đình cùng huyết thống chứa 1622 con bò castrated với sáu kiểu hình tăng trưởng sau sinh và kiểu hình thịt. Phân tích liên kết đã được thực hiện bằng hồi quy bình phương tối thiểu cho các giống cùng huyết thống với gridqtl hoặc phân tích chuỗi Markov Bayes cho phả hệ phức tạp với loki. Trong số 673 QTL đã phát hiện, chỉ có 118 QTL được báo cáo trước đó, phản ánh cả phương pháp bảo thủ trong báo cáo QTL trong tài liệu và phương pháp tự do hơn trong nghiên cứu này. Từ 33 đến 71% phương sai di truyền và từ 35 đến 56% phương sai kiểu hình trong mỗi đặc điểm được giải thích bởi các QTL đã phát hiện. Để phân tích tác động của 11 SNP và một locus nhân bản trong các gen ứng cử vào mỗi đặc điểm, một phân tích dấu hiệu đơn đã được thực hiện bằng cách phù hợp với mô hình thay thế allele bổ sung trong cả hai quần thể bản đồ. Đã phát hiện 53 mối liên kết giữa các loci SNP/nhân bản và các đặc điểm với −log10Pnominal≥ 4.0, trong đó mỗi mối liên kết giải thích từ 0.92% đến 4.4% của phương sai di truyền và từ 0.01% đến 1.86% phương sai kiểu hình. Trong số các liên kết này, chỉ có sáu loci SNP/nhân bản nằm trong phạm vi 8 cM so với đỉnh QTL cho đặc điểm, với hai nằm tại đỉnh QTL: SST_DG156121:c.362A>G cho diện tích cơ thịt ribeye và TG_X05380:c.422C>T cho độ dễ sinh. Các mối liên hệ mạnh giữa một số loci SNP/nhân bản và sự biến đổi đặc điểm đã được thiết lập trong điều kiện không có bất kỳ QTL liên kết nào được phát hiện. Tuy nhiên, chúng tôi bác bỏ tính nguyên nhân của một số bài kiểm tra DNA thương mại, bao gồm một mối liên kết giữa TG_X05380:c.422C>T và độ vân trong bò Angus.

Từ khóa

#QTL #SNP #bò Angus #di truyền #kiểu hình

Tài liệu tham khảo

10.1111/j.1365-2052.2007.01616.x

10.1016/j.meatsci.2008.05.023

10.1007/s003359900340

10.1071/EA02156

10.1038/nrg700

Beavis W.D., 1998, Molecular Dissection of Complex Traits, 145

10.3168/jds.S0022-0302(04)73182-3

10.1093/genetics/163.1.253

10.1038/sj.hdy.6800747

Brown C.J., 1964, Factors Affecting Size of Young Beef Cows, Journal of Animal Science, 23, 665, 10.2527/jas1964.233665x

Buchanan F.C., 2002, Association of a missense mutation in the bovine leptin gene with carcass fat content and leptin mRNA levels, Genetics Selection Evolution, 34, 105, 10.1186/1297-9686-34-1-105

10.2527/2003.81122976x

10.1534/genetics.107.077784

10.1093/genetics/138.3.963

10.1101/gr.3806705

10.3168/jds.2008-1762

10.2527/1998.7692331x

10.7326/0003-4819-130-12-199906150-00019

10.1101/gr.224202

10.1073/pnas.0308518100

10.1086/515506

10.1016/S0301-6226(99)00128-1

Jefferys H., 1961, The Theory of Probability

10.1101/gr.7.3.235

10.2527/2003.8181933x

10.1111/j.1365-2052.2008.01832.x

10.2527/2003.8192155x

10.1016/S1090-0233(05)80007-3

10.1023/A:1026028928003

10.1371/journal.pone.0005350

10.1093/jhered/93.5.323

10.2527/2004.82123415x

10.1007/s00335-005-0024-0

10.1111/j.1365-2052.2006.01528.x

10.3168/jds.2007-0330

10.2527/2005.83120x

Northcutt S.L., 1993, Genetic parameter estimates and expected progeny differences for mature size in Angus cattle, Journal of Animal Science, 71, 1148, 10.2527/1993.7151148x

10.1016/S0301-6226(98)00147-X

10.1111/j.1365-2052.2007.01640.x

Sambrook J., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual

10.1159/000075726

10.1111/j.1365-2052.2005.01337.x

Seaton G., 2006, Proceedings of the 8th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production

10.2527/jas.2007-0291

10.2527/jas.2006-046

10.2527/1999.7761379x

10.1007/s00335-005-0148-2

10.2527/2001.79126x

10.2527/2001.79134x

10.2527/jas.2006-512

10.3168/jds.2008-1514

10.1023/A:1021617618150

Thông tin
Thông tin xuất bản

Animal Genetics

Tập 41 Số 6

597-607

Thông tin tác giả