Liên kết Allelic và Hotspot Hoán đổi trong phức hợp gen Mucin (MUC) trên nhiễm sắc thể 11p15.5

Annals of Human Genetics - Tập 71 Số 5 - Trang 561-569 - 2007
Karine Rousseau1,2, Clare Byrne3,2, Georg Griesinger4,2, A. Leung5,2, Alice Chung5,2, Alex Hill2, Dallas M. Swallow2
1Current address: Wellcome Trust Centre for Cell-Matrix Research, Faculty of Life Sciences, University of Manchester, The Michael Smith Building, Manchester M13 9PT, UK
2The Galton Laboratory, Department of Biology, University College London, Wolfson House, 4 Stephenson Way, London, NW1 2HE, UK. and MRC National Survey of Health & Development, Department of Epidemiology & Public Health, Royal Free Hospital and University College London Medical School, 1–19 Torrington Place, London, WC1E 6BT, UK
3Eastbourne District General Hospital, Kings Drive, Eastbourne, East Sussex, BN21 2UD, UK
4Department of Obstetrics and Gynecology, University Clinic of Schleswig-Holstein, Campus Luebeck, Luebeck, Germany
5Some of the work reported here formed part of the BSc undergraduate projects of these two authors.

Tóm tắt

Tóm tắt

Một gia đình gồm bốn gen đa hình cao mã hóa mucin tạo gel được tiết ra nằm ở giữa vùng hoán đổi giàu tái tổ hợp của nhánh ngắn nhiễm sắc thể 11 (11p15.5; tel MUC6‐MUC2‐MUC5AC‐MUC5B cen; khoảng 400 kb). Những gen này được quan tâm như là các yếu tố nguy cơ cho các bệnh viêm của biểu mô, và chúng tôi đã báo cáo về sự liên kết với một biến thể VNTR của vùng mucin chính của MUC2 với hen suyễn, mặc dù thực tế rằng MUC2 không phải là mucin hô hấp chính. Để hiểu rõ về ý nghĩa của sự liên kết của các gen mucin này, điều quan trọng là mô tả các mẫu liên kết không cân bằng (LD) trên vùng nhiễm sắc thể này, mà vẫn chưa hoàn thiện trên HapMap và chuỗi đường vàng UCSC. Các nghiên cứu trước đây của chúng tôi về 40 gia đình CEPH cốt lõi cung cấp bằng chứng trực tiếp cho một số sự kiện hoán đổi trong vùng gần gũi của phức hợp gen. Nghiên cứu này kiểm tra chi tiết hơn những sự kiện hoán đổi này, cũng như các mẫu LD trên toàn bộ phức hợp gen. Chúng tôi xác định lại vị trí của các điểm đứt, và dữ liệu kết hợp gợi ý hai hotspot hoán đổi có khả năng xảy ra. Ba điểm đứt nằm giữa MUC6 và MUC2: không có sự liên kết nào giữa MUC6 và MUC2, và dữ liệu thu thập được ở đây, cùng với dữ liệu công bố, đánh dấu một hotspot tại một vùng rộng 4 kb. Các gen tái tổ hợp khác đánh dấu giữa MUC2 và intron 8 của MUC5B. LD tương đối mạnh được phát hiện giữa MUC2 và MUC5AC, và mặc dù 10/70 nhiễm sắc thể được kiểm tra chia sẻ một haplotype chung, kéo dài từ MUC2 đến MUC5B, không phát hiện sự liên kết thống kê đáng kể nào giữa MUC2 và các dấu hiệu được kiểm tra trong MUC5B. Chúng tôi thảo luận về khả năng rằng sự liên kết giữa MUC2 và hen suyễn được báo cáo trước đó nhiều khả năng có thể được quy cho sự liên kết với biến thể chức năng trong MUC5AC, gen mã hóa một trong hai mucin chính được biểu hiện trong cả đường hô hấp khỏe mạnh và bệnh lý.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1093/bioinformatics/16.2.182

10.1136/gut.49.4.544

10.1002/(SICI)1097-0215(20000415)86:2<162::AID-IJC3>3.0.CO;2-R

Davies J. R., 1996, Mucins in airway secretions from healthy and chronic bronchitic subjects, Biochem J, 313, 431, 10.1042/bj3130431

10.1042/0264-6021:3440321

10.2741/Fowler

HapMap Consortium, 2003, The International HapMap Project, Nature, 426, 789, 10.1038/nature02168

Ho S. B., 1995, Mucin gene expression in normal, preneoplastic, and neoplastic human gastric epithelium, Can Res, 55, 2681

10.1007/BF00702348

10.1093/hmg/9.5.725

10.1164/rccm.200409-1168OC

Kirkham S., 2002, Heterogeneity of airways mucus: variations in the amounts and glycoforms of the major oligomeric mucins MUC5AC and MUC5B, Biochem J, 361, 537, 10.1042/bj3610537

10.1038/ng917

10.1126/science.1117196

10.1164/ajrccm.163.2.2004039

10.1006/geno.1996.0637

Pigny P., 1996, Genetical and physical mapping of the mucin gene cluster on 11p15.5, Cytogenet Cell Genet, 74, 55

Reis C. A., 1999, Intestinal metaplasia of human stomach displays distinct patterns of mucin (MUC1, MUC2, MUC5AC, and MUC6) expression, Can Res, 59, 1003

10.1111/j.1469-1809.2006.00250.x

10.1042/0264-6021:3380507

10.1165/ajrcmb.13.6.7576713

10.1159/000053366

Thornton D. J., 1996, Respiratory mucins: identification of core proteins and glycoforms, Biochem J, 316, 967, 10.1042/bj3160967

10.1165/ajrcmb.23.5.4176

Vinall L. E., 1998, Variable number tandem repeat polymorphism of the mucin genes located in the complex on 11p15, 5, 102, 357

10.1093/nar/20.5.1152

10.1093/bioinformatics/bth388

Thông tin
Thông tin xuất bản

Annals of Human Genetics

Tập 71 Số 5

561-569

Thông tin tác giả