micro‐checker: phần mềm nhận diện và sửa lỗi kiểu hình gen trong dữ liệu microsatellite

Wiley - Tập 4 Số 3 - Trang 535-538 - 2004
Cock van Oosterhout1, William F. Hutchinson1, D. Wills2, Peter Shipley1,2
1‡Department of Biological Sciences and
2Department of Computer Sciences, University of Hull, Hull, HU6 7RX, UK

Tóm tắt

Tóm tắtPhân hủy DNA, nồng độ DNA thấp và đột biến vị trí mồi có thể dẫn đến việc phân công sai kiểu hình gen microsatellite, gây sai lệch cho các phân tích di truyền học quần thể. micro‐checker là phần mềm dựa trên giao diện windows® để kiểm tra kiểu hình gen của microsatellite từ các quần thể lưỡng bội. Chương trình hỗ trợ nhận diện lỗi kiểu hình gen do các allele không khuếch đại (allele ẩn), hiện tượng ưu thế allele ngắn (rơi allele lớn), và việc ghi nhận các đỉnh kẻ. Chương trình cũng phát hiện lỗi đánh máy. micro‐checker ước tính tần số của allele ẩn và quan trọng hơn, có thể điều chỉnh tần số allele và kiểu hình gen của các allele đã được khuếch đại, cho phép sử dụng chúng trong các phân tích di truyền học quần thể tiếp theo. micro‐checker có thể được tải về miễn phí từ http://www.microchecker.hull.ac.uk/.

Từ khóa

#Genotyping errors #Microsatellite data #DNA degradation #Population genetics #Null alleles #Large allele dropout #Stutter peaks #Microchecker #Genetic analysis tools

Tài liệu tham khảo

10.1046/j.1365-294X.1996.00098.x

10.1111/j.1469-1809.1992.tb01128.x

10.1086/303048

10.1098/rspb.2003.2493

10.1046/j.1365-294x.1998.00374.x

10.1073/pnas.0735531100

10.1093/genetics/160.1.357

10.1046/j.1471-8286.2003.00455.x

10.1046/j.1365-294X.1999.00588.x

10.1093/nar/gkg178

10.1093/beheco/8.3.260

Valière N, 2002, gimlet: a computer program for analysing genetic individual identification data, Molecular Ecology, 2, 377, 10.1046/j.1471-8286.2002.00228.x-i2

10.1046/j.1365-294X.2003.01807.x

10.1046/j.1365-294x.1998.00477.x

Weir BS, 1996, Genetic Data Analysis II.

Thông tin
Thông tin xuất bản

Wiley

Tập 4 Số 3

535-538

Thông tin tác giả