Dynamic root exudate chemistry and microbial substrate preferences drive patterns in rhizosphere microbial community assembly Tập 3 Số 4 - Trang 470-480
Kateryna Zhalnina, Katherine Louie, Zhao Hao, Nasim Mansoori, Ulisses Nunes da Rocha, Shengjing Shi, Heejung Cho, Ulaş Karaöz, Dominique Loqué, Benjamin P. Bowen, Mary K. Firestone, Trent Northen, Eoin Brodie
Longitudinal observation and decline of neutralizing antibody responses in the three months following SARS-CoV-2 infection in humans Tập 5 Số 12 - Trang 1598-1607
Jeffrey Seow, Carl Graham, Blair Merrick, Sam Acors, Suzanne Pickering, Kathryn J. A. Steel, Oliver Hemmings, Aoife M. O’Byrne, Neophytos Kouphou, Rui Pedro Galão, Gilberto Betancor, Harry Wilson, Adrian W. Signell, Helena Winstone, Claire Kerridge, Isabella Huettner, Jose M. Jiménez-Guardeño, María José Lista, Nigel Temperton, Luke B. Snell, Karen Bisnauthsing, Amelia Moore, Adrian Green, Lauren Martinez, Brielle Stokes, Johanna Honey, Alba Izquierdo-Barras, Gill Arbane, Amita Patel, Mark Tan Kia Ik, Lorcan O’Connell, Geraldine O’Hara, Eithne MacMahon, Sam Douthwaite, Gaia Nebbia, Rahul Batra, Rocío T. Martínez-Nuñez, Manu Shankar‐Hari, Jonathan D. Edgeworth, Stuart J. D. Neil, Michael H. Malim, Katie J. Doores
Khôi phục bộ gen từ metagenomes thông qua chiến lược hạn chế, tổng hợp và đánh giá Dịch bởi AI Tập 3 Số 7 - Trang 836-843
Christian M. K. Sieber, Alexander J. Probst, Allison Sharrar, Brian C. Thomas, Matthias Hess, Susannah G. Tringe, Jillian F. Banfield
Tóm tắtCác cộng đồng vi sinh vật đóng vai trò thiết yếu trong chức năng của hệ sinh thái. Một mục tiêu chính của các nghiên cứu metagenomic là phân tích các con đường chuyển hoá đặc hiệu của sinh vật và tái cấu trúc các mạng tương tác trong cộng đồng. Điều này yêu cầu phải gán chính xác các mảnh genome đã ghép nối vào các bộ gen. Các phương pháp phân loại hiện tại thường không thể tái cấu trúc một số lượng hợp lý các bộ gen và báo cáo nhiều nhóm (bins) có chất lượng và độ hoàn chỉnh thấp. Hơn nữa, hiệu suất của các thuật toán hiện có thay đổi giữa các mẫu và sinh cảnh khác nhau. Tại đây, chúng tôi giới thiệu một chiến lược hạn chế, tổng hợp và đánh giá, gọi là DAS Tool, kết hợp những ưu điểm của một tập hợp linh hoạt các thuật toán phân loại đã được thiết lập. DAS Tool áp dụng cho một cộng đồng được xây dựng đã tạo ra nhiều bins chính xác hơn bất kỳ phương pháp tự động nào. Thực tế, khi được áp dụng cho các mẫu môi trường và mẫu liên quan đến chủ thể với độ phức tạp khác nhau, DAS Tool đã khôi phục được nhiều bộ gen gần như hoàn chỉnh hơn đáng kể, bao gồm cả các nhánh chưa được báo cáo trước đó, so với bất kỳ phương pháp phân loại đơn lẻ nào. Năng lực tái cấu trúc nhiều bộ gen gần như hoàn chỉnh từ dữ liệu metagenomics sẽ thúc đẩy mạnh mẽ các phân tích tập trung vào bộ gen của các hệ sinh thái.
Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-CoV-2 RT–qPCR primer–probe sets Tập 5 Số 10 - Trang 1299-1305
Chantal B. F. Vogels, Anderson F. Brito, Anne L. Wyllie, Joseph R. Fauver, Isabel M. Ott, Chaney C. Kalinich, Mary E. Petrone, Arnau Casanovas‐Massana, M. Catherine Muenker, Adam J. Moore, Jon Klein, Peiwen Lu, Alice Lu-Culligan, Xiaodong Jiang, Daniel J. Kim, Eriko Kudo, Tianyang Mao, Miyu Moriyama, Ji Eun Oh, Annsea Park, Julio Silva, Eric Song, Takehiro Takahashi, Manabu Taura, Maria Tokuyama, Arvind Venkataraman, Orr-El Weizman, Patrick Wong, Yexin Yang, Nagarjuna R. Cheemarla, Elizabeth B. White, Sarah Lapidus, Rebecca Earnest, Bertie Geng, Pavithra Vijayakumar, Camila D. Odio, John Fournier, Santos Bermejo, Shelli Farhadian, Charles S. Dela Cruz, Akiko Iwasaki, Albert I. Ko, Marie L. Landry, Ellen F. Foxman, Nathan D. Grubaugh
GABA-modulating bacteria of the human gut microbiota Tập 4 Số 3 - Trang 396-403
Philip Strandwitz, Ki Hyun Kim, Darya Terekhova, Joanne K. Liu, Anukriti Sharma, Jennifer Levering, Daniel McDonald, David Dietrich, Timothy R. Ramadhar, Asama Lekbua, Nader Mroue, Conor Liston, Eric J. Stewart, Marc J. Dubin, Karsten Zengler, Rob Knight, Jack A. Gilbert, Jon Clardy, Kim Lewis
