The Expansion of mtDNA Haplogroup L3 within and out of AfricaMolecular Biology and Evolution - Tập 29 Số 3 - Trang 915-927 - 2012
Pedro Soares, Farida Alshamali, Joana B. Pereira, Verónica Fernandes, N. M. Silva, Carlos Afonso, Marta D. Costa, Eliška Musilová, Vincent Macaulay, Martin Richards, Viktor Černý, Luı́sa Pereira
Parallel Evolution of Nacre Building Gene Sets in MolluscsMolecular Biology and Evolution - Tập 27 Số 3 - Trang 591-608 - 2010
Daniel J. Jackson, Carmel McDougall, Ben J. Woodcroft, Patrick Moase, Robert A. Rose, Michael Kube, Richard Reinhardt, Daniel S. Rokhsar, Caroline Montagnani, Caroline Joubert, David Piquemal, Bernard M. Degnan
MEGA7: Phân Tích Di Truyền Phân Tử Phiên Bản 7.0 cho Dữ Liệu Lớn Hơn Dịch bởi AI Molecular Biology and Evolution - Tập 33 Số 7 - Trang 1870-1874 - 2016
Sudhir Kumar, Glen Stecher, Koichiro Tamura
Tóm tắt
Chúng tôi giới thiệu phiên bản mới nhất của phần mềm Phân Tích Di Truyền Phân Tử (MEGA), bao gồm nhiều phương pháp và công cụ tinh vi cho phân loại gen và y học phân loại. Trong lần nâng cấp lớn này, MEGA đã được tối ưu hóa để sử dụng trên các hệ thống máy tính 64-bit nhằm phân tích các tập dữ liệu lớn hơn. Các nhà nghiên cứu giờ đây có thể khám phá và phân tích hàng chục nghìn chuỗi trong MEGA. Phiên bản mới cũng cung cấp một trình hướng dẫn nâng cao để xây dựng cây thời gian và bao gồm chức năng mới để tự động dự đoán các sự kiện sao chép gen trong các cây họ gen. MEGA 64-bit được cung cấp qua hai giao diện: đồ họa và dòng lệnh. Giao diện người dùng đồ họa (GUI) là một ứng dụng dành cho Microsoft Windows có thể sử dụng cả trên Mac OS X. Dòng lệnh MEGA có sẵn dưới dạng ứng dụng gốc cho Windows, Linux và Mac OS X. Chúng được thiết kế để sử dụng trong phân tích quy mô lớn và phân tích kịch bản. Cả hai phiên bản đều được cung cấp miễn phí từ www.megasoftware.net.
#MEGA #phân tích di truyền #phân loại gen #y học phân loại #dữ liệu lớn #phần mềm khoa học
IQ-TREE 2: Những Mô Hình Mới Và Các Phương Pháp Hiệu Quả Cho Suy Luận Phát Sinh Chủng Loài Trong Kỷ Nguyên Genom Dịch bởi AI Molecular Biology and Evolution - Tập 37 Số 5 - Trang 1530-1534 - 2020
Bùi Quang Minh, Heiko A. Schmidt, Olga Chernomor, Dominik Schrempf, Michael D. Woodhams, Arndt von Haeseler, Robert Lanfear
Tóm tắtIQ-TREE (http://www.iqtree.org, truy cập lần cuối vào ngày 6 tháng 2 năm 2020) là một gói phần mềm thân thiện với người dùng và được sử dụng rộng rãi cho suy luận phát sinh chủng loài dựa trên tiêu chí cực đại x-likelihood. Kể từ khi phát hành phiên bản 1 vào năm 2014, chúng tôi đã liên tục mở rộng IQ-TREE để tích hợp nhiều mô hình mới về sự tiến hóa của trình tự và các phương pháp tính toán hiệu quả cho suy luận phát sinh chủng loài nhằm xử lý dữ liệu hệ gen. Trong bài viết này, chúng tôi mô tả những tính năng nổi bật của phiên bản IQ-TREE 2 và nhấn mạnh những ưu điểm quan trọng so với các phần mềm khác.
#IQ-TREE #suy luận phát sinh chủng loài #tiêu chí cực đại x-likelihood #mô hình tiến hóa trình tự #kỷ nguyên genom
Identification of a Tibetan-Specific Mutation in the Hypoxic Gene EGLN1 and Its Contribution to High-Altitude AdaptationMolecular Biology and Evolution - Tập 30 Số 8 - Trang 1889-1898 - 2013
Kun Xiang, Ouzhuluobu, Yi Peng, Zhaohui Yang, Xiaoming Zhang, Chaoying Cui, Hui Zhang, Ming Li, Yanfeng Zhang, Bianba, Gonggalanzi, Basang, Ciwangsangbu, Tianyi Wu, Hua Chen, Hong Shi, Xuebin Qi, Bing Su
Genetic Variations in Tibetan Populations and High-Altitude Adaptation at the HimalayasMolecular Biology and Evolution - Tập 28 Số 2 - Trang 1075-1081 - 2011
Yi Peng, Zhaohui Yang, Hua Zhang, Cui Chen, Xiaopeng Qi, Xiaoping Luo, X. Tao, Ting Wu, Ouzhuluobu, Basang, Ciwangsangbu, Danzengduojie, Hua Chen, Hong Shi, Bing Su
A Genome-Wide Search for Signals of High-Altitude Adaptation in TibetansMolecular Biology and Evolution - Tập 28 Số 2 - Trang 1003-1011 - 2011
Shuhua Xu, Jing Wang, Jianxin Tan, Hua Jane Lou, Wenfei Jin, Li Yang, Xinwei Pan, Jian Wang, Yan Shen, Bai‐Lin Wu, Hongguang Wang, Jin Li
