MEGA7: Phân Tích Di Truyền Phân Tử Phiên Bản 7.0 cho Dữ Liệu Lớn Hơn
Tóm tắt
Chúng tôi giới thiệu phiên bản mới nhất của phần mềm Phân Tích Di Truyền Phân Tử (MEGA), bao gồm nhiều phương pháp và công cụ tinh vi cho phân loại gen và y học phân loại. Trong lần nâng cấp lớn này, MEGA đã được tối ưu hóa để sử dụng trên các hệ thống máy tính 64-bit nhằm phân tích các tập dữ liệu lớn hơn. Các nhà nghiên cứu giờ đây có thể khám phá và phân tích hàng chục nghìn chuỗi trong MEGA. Phiên bản mới cũng cung cấp một trình hướng dẫn nâng cao để xây dựng cây thời gian và bao gồm chức năng mới để tự động dự đoán các sự kiện sao chép gen trong các cây họ gen. MEGA 64-bit được cung cấp qua hai giao diện: đồ họa và dòng lệnh. Giao diện người dùng đồ họa (GUI) là một ứng dụng dành cho Microsoft Windows có thể sử dụng cả trên Mac OS X. Dòng lệnh MEGA có sẵn dưới dạng ứng dụng gốc cho Windows, Linux và Mac OS X. Chúng được thiết kế để sử dụng trong phân tích quy mô lớn và phân tích kịch bản. Cả hai phiên bản đều được cung cấp miễn phí từ www.megasoftware.net.
Từ khóa
#MEGA #phân tích di truyền #phân loại gen #y học phân loại #dữ liệu lớn #phần mềm khoa họcTài liệu tham khảo
Edgar, 2004, Muscle: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity, BMC Bioinformatics, 5, 113., 10.1186/1471-2105-5-113
Filipski, 2014, Prospects for building large timetrees using molecular data with incomplete gene coverage among species, Mol Biol Evol, 31, 2542, 10.1093/molbev/msu200
Hedges, 2015, Tree of life reveals clock-like speciation and diversification, Mol Biol Evol, 32, 835, 10.1093/molbev/msv037
Kumar, 2012, M ega-cc : computing core of molecular evolutionary genetics analysis program for automated and iterative data analysis, Bioinformatics, 28, 2685, 10.1093/bioinformatics/bts507
Kumar, 1994, M ega : molecular evolutionary genetics analysis software for microcomputers, Comput Appl Biosci, 10, 189
Quast, 2013, The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools, Nucleic Acids Res, 41, D590, 10.1093/nar/gks1219
Saitou, 1987, The neighbor-joining method—a new method for reconstructing phylogenetic trees, Mol Biol Evol, 4, 406
Tamura, 2012, Estimating divergence times in large molecular phylogenies, Proc Natl Acad Sci U S A, 109, 19333, 10.1073/pnas.1213199109
Tamura, 1993, Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial-DNA in humans and chimpanzees, Mol Biol Evol, 10, 512
Tamura, 2013, M ega 6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0, Mol Biol Evol, 30, 2725, 10.1093/molbev/mst197
Yilmaz, 2014, The SILVA and “All-species Living Tree Project (LTP)” taxonomic frameworks, Nucleic Acids Res, 42, D643, 10.1093/nar/gkt1209