Journal of Systematics and Evolution
Công bố khoa học tiêu biểu
* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo
Các loài
Sự nhân bản gen đóng vai trò quan trọng trong việc đa dạng hóa và thích ứng của thực vật với các môi trường sống mới. Trong nghiên cứu này, chúng tôi hướng tới việc tái cấu trúc hệ cây phát sinh ở quy mô toàn bộ bộ gen và xác định các sự kiện nhân bản gen quy mô lớn cho tiểu tộc Gentianinae (Gentianaceae), biểu tượng nổi bật của các loài thực vật miền núi cao ở Cao nguyên Thanh Hải-Tây Tạng. Chúng tôi đã giải trình tự và lắp ráp 70 bộ gen từ 67 loài, đại diện cho cả sáu chi đã được công nhận trong tiểu tộc Gentianinae cùng với các nhóm ngoài có liên quan chặt chẽ. Sử dụng các phương pháp phát sinh hệ gen, mối quan hệ cơ bản của Gentianinae đã được giải quyết gần như hoàn toàn với sự hỗ trợ cao từ bootstrap. Mặc dù đã quan sát được một số bất đồng giữa cây phát sinh hạt nhân và plastid, sáu nhánh chính của Gentianinae đã được tái phát hiện nhất quán trong cả hai cây phát sinh. Ngoài ra, chúng tôi đã phát hiện ra mức độ xảy ra cao của các gen bị nhân bản trong các lắp ráp transcriptome của chúng tôi. Sử dụng một số phương pháp hòa giải cây gen, chúng tôi đã xác định được 10 nút trong cây loài với nồng độ lớn các gen bị nhân bản. Phân tích thêm cho thấy rằng nhiều gen bị nhân bản này có thể phát sinh từ đa bội lai bất thường, điều này cũng có thể giải thích cho một số sự không tương thích hình thái giữa cây phát sinh hạt nhân và plastid trong Gentianinae.
Các nghiên cứu về hệ gen lục lạp của dương xỉ và tộc Lycophytes tương đối ít so với các loài thực vật có hạt. Mặc dù một khung phân loại phát sinh học cơ bản của các loài dương xỉ hiện tại đã có, nhưng các mối quan hệ giữa một số nút chính vẫn chưa được giải quyết hoặc hỗ trợ kém. Mục tiêu chính của nghiên cứu này là khám phá tính hữu ích của dữ liệu gene lục lạp lớn trong việc giải quyết các nút sâu khó khăn ở dương xỉ. Chúng tôi đã giải trình tự hệ gen lục lạp từ
Chúng tôi trình bày một phân loại phylogenetic toàn cầu mới của 11.506 loài cỏ trong 768 chi, 12 phân họ, bảy siêu bộ, 52 bộ, năm siêu bộ phụ, và 90 bộ phụ; và so sánh hai phân loại phylogenetic của họ cỏ được công bố vào năm 2015 (Soreng et al. và Kellogg). Các phân họ (theo thứ tự giảm dần dựa trên số lượng loài) bao gồm: Pooideae với 3.968 loài trong 202 chi, 15 bộ, và 30 bộ phụ; Panicoideae với 3.241 loài trong 247 chi, 13 bộ, và 19 bộ phụ; Bambusoideae với 1.670 loài trong 125 chi, ba bộ, và 15 bộ phụ; Chloridoideae với 1.602 loài trong 124 chi, năm bộ, và 26 bộ phụ; Aristidoideae với 367 loài trong ba chi, và một bộ; Danthonioideae với 292 loài trong 19 chi, và một bộ; Micrairoideae với 184 loài trong tám chi, và ba bộ; Oryzoideae với 115 loài trong 19 chi, bốn bộ, và hai bộ phụ; Arundinoideae với 40 loài trong 14 chi, hai bộ, và hai bộ phụ; Pharoideae với 12 loài trong ba chi, và một bộ; Puelioideae với 11 loài trong hai chi, và hai bộ; và Anomochlooideae với bốn loài trong hai chi, và hai bộ. Chúng tôi cũng bao gồm một cây tỏa tròn minh họa mối quan hệ phân cấp giữa các bộ phụ, bộ và phân họ. Các taxa mới được mô tả bao gồm: siêu bộ Melicodae và Nardodae; siêu bộ phụ Agrostidodinae, Boutelouodinae, Gouiniodinae, Loliodinae, và Poodinae; và bộ phụ Echinopogoninae và Ventenatinae.
Dựa trên các nghiên cứu phân tử và hình thái học gần đây, chúng tôi trình bày một phân loại phát sinh hệ thống hiện đại cho khoảng 12.074 loài cỏ trên toàn thế giới và phân loại 771 chi cỏ vào 12 họ nhỏ (Anomochlooideae, Aristidoideae, Arundinoideae, Bambusoideae, Chloridoideae, Danthonioideae, Micraioideae, Oryzoideae, Panicoideae, Pharoideae, Puelioideae và Pooideae), 6 siêu bộ (Andropogonodae, Arundinarodae, Bambusodae, Panicodae, Poodae, Triticodae), 51 bộ (Ampelodesmeae, Andropogoneae, Anomochloeae, Aristideae, Arundinarieae, Arundineae, Arundinelleae, Atractocarpeae, Bambuseae, Brachyelytreae, Brachypodieae, Bromeae, Brylkinieae, Centotheceae, Centropodieae, Chasmanthieae, Cynodonteae, Cyperochloeae, Danthonieae, Diarrheneae, Ehrharteae, Eragrostideae, Eriachneae, Guaduellieae, Gynerieae, Hubbardieae, Isachneae, Littledaleeae, Lygeeae, Meliceae, Micraireae, Molinieae, Nardeae, Olyreae, Oryzeae, Paniceae, Paspaleae, Phaenospermateae, Phareae, Phyllorachideae, Poeae, Steyermarkochloeae, Stipeae, Streptochaeteae, Streptogyneae, Thysanolaeneae, Triraphideae, Tristachyideae, Triticeae, Zeugiteae và Zoysieae), và 80 tiểu bộ (Aeluropodinae, Agrostidinae, Airinae, Ammochloinae, Andropogoninae, Anthephorinae, Anthistiriinae, Anthoxanthinae, Arthraxoninae, Arthropogoninae, Arthrostylidiinae, Arundinariinae, Aveninae, Bambusinae, Boivinellinae, Boutelouinae, Brizinae, Buergersiochloinae, Calothecinae, Cenchrinae, Chionachninae, Chusqueinae, Coicinae, Coleanthinae, Cotteinae, Cteniinae, Cynosurinae, Dactylidinae, Dichantheliinae, Dimeriinae, Duthieinae, Eleusininae, Eragrostidinae, Farragininae, Germainiinae, Gouiniinae, Guaduinae, Gymnopogoninae, Hickeliinae, Hilariinae, Holcinae, Hordeinae, Ischaeminae, Loliinae, Melinidinae, Melocanninae, Miliinae, Monanthochloinae, Muhlenbergiinae, Neurachninae, Olyrinae, Orcuttiinae, Oryzinae, Otachyriinae, Panicinae, Pappophorinae, Parapholiinae, Parianinae, Paspalinae, Perotidinae, Phalaridinae, Poinae, Racemobambosinae, Rottboelliinae, Saccharinae, Scleropogoninae, Scolochloinae, Sesleriinae, Sorghinae, Sporobolinae, Torreyochloinae, Traginae, Trichoneurinae, Triodiinae, Tripogoninae, Tripsacinae, Triticinae, Unioliinae, Zizaniinae, và Zoysiinae). Ngoài ra, chúng tôi bao gồm một cây phân nhánh minh họa các mối quan hệ phân cấp giữa các tiểu bộ, bộ và họ nhỏ. Chúng tôi sử dụng tên họ nhỏ, Oryzoideae, thay vì Ehrhartoideae vì cái sau được xuất bản ban đầu như một cấp bậc sai và chúng tôi xác định Molinieae để bao gồm 13 chi Arundinoideae. Tiểu bộ Calothecinae mới được mô tả và bộ Littledaleeae là mới ở cấp bậc đó.
- 1