Journal of Systematics and Evolution

Công bố khoa học tiêu biểu

* Dữ liệu chỉ mang tính chất tham khảo

Sắp xếp:  
Phân tích phylô gen và so sánh của Rheum (Polygonaceae, Polygonoideae) Dịch bởi AI
Journal of Systematics and Evolution - Tập 60 Số 6 - Trang 1229-1240 - 2022
Huajie Zhang, Xu Zhang, Jacob B. Landis, Yanxia Sun, Jiao Sun, Tianhui Kuang, Lijuan Li, Bashir B. Tiamiyu, Tao Deng, Hang Sun, Hengchang Wang
Tóm tắt

Các loài Rheum có giá trị dược liệu cao, với trung tâm đa dạng sinh học nằm ở Cao nguyên Thanh Hải - Tây Tạng (QTP) và các khu vực lân cận. Tuy nhiên, mối quan hệ phát sinh loài của Rheum vẫn chưa rõ ràng do các dấu hiệu phân mảnh cung cấp các vị trí thông tin không đủ. Ở đây, chúng tôi đã giải trình tự và chú thích plastome của chín loài Rheum, và so sánh cấu trúc gen giữa chín loài mới cùng với ba loài đã được công bố. Các phân tích so sánh cho thấy plastome của Rheum có cấu trúc tương đối bảo tồn. Năm vùng phân kỳ cao (accD, ccsA, matK, ndhF, và ndhH) có thể được sử dụng làm các dấu hiệu phân tử quý giá cho việc phân loại loài và các nghiên cứu di truyền quần thể trong tương lai. Hai mươi hai mẫu đại diện cho 17 loài đã được sử dụng cho phân tích phylô, tạo ra một cây phylô vững chắc và tiết lộ hai nhánh chính trong Rheum. Kết quả phân tích phylô cho thấy các cấu trúc nhà kính và chậu của Rheum là kết quả của sự tiến hóa song song trong quá trình thích ứng với các môi trường tương tự. Một sự không nhất quán trong hình thái cây giữa các phương pháp ghép nối và đồng hiện đã được phát hiện, hàm ý rằng có thể đã xảy ra phân đoạn dòng không hoàn chỉnh và lai ghép trong lịch sử tiến hóa của Rheum. Ước tính thời gian phân kỳ dựa trên hai phép định chuẩn hóa thạch và ba định chuẩn hóa phụ cho thấy nguồn gốc của Rheum từ Miocene đến giữa Oligocene. Nghiên cứu của chúng tôi cung cấp nguồn tài nguyên gen quý giá cho chi Rheum có giá trị dược liệu quan trọng, đồng thời mang lại những hiểu biết hữu ích về hệ thống học và tiến hóa của nó.

Phylotranscriptomics tiết lộ sự nhân bản gen rộng rãi trong tiểu tộc Gentianinae (Gentianaceae) Dịch bởi AI
Journal of Systematics and Evolution - Tập 59 Số 6 - Trang 1198-1208 - 2021
Chunlin Chen, Lei Zhang, Jialiang Li, Xingxing Mao, Lushui Zhang, Quanjun Hu, Jianquan Liu, Zhenxiang Xi
Tóm tắt

Sự nhân bản gen đóng vai trò quan trọng trong việc đa dạng hóa và thích ứng của thực vật với các môi trường sống mới. Trong nghiên cứu này, chúng tôi hướng tới việc tái cấu trúc hệ cây phát sinh ở quy mô toàn bộ bộ gen và xác định các sự kiện nhân bản gen quy mô lớn cho tiểu tộc Gentianinae (Gentianaceae), biểu tượng nổi bật của các loài thực vật miền núi cao ở Cao nguyên Thanh Hải-Tây Tạng. Chúng tôi đã giải trình tự và lắp ráp 70 bộ gen từ 67 loài, đại diện cho cả sáu chi đã được công nhận trong tiểu tộc Gentianinae cùng với các nhóm ngoài có liên quan chặt chẽ. Sử dụng các phương pháp phát sinh hệ gen, mối quan hệ cơ bản của Gentianinae đã được giải quyết gần như hoàn toàn với sự hỗ trợ cao từ bootstrap. Mặc dù đã quan sát được một số bất đồng giữa cây phát sinh hạt nhân và plastid, sáu nhánh chính của Gentianinae đã được tái phát hiện nhất quán trong cả hai cây phát sinh. Ngoài ra, chúng tôi đã phát hiện ra mức độ xảy ra cao của các gen bị nhân bản trong các lắp ráp transcriptome của chúng tôi. Sử dụng một số phương pháp hòa giải cây gen, chúng tôi đã xác định được 10 nút trong cây loài với nồng độ lớn các gen bị nhân bản. Phân tích thêm cho thấy rằng nhiều gen bị nhân bản này có thể phát sinh từ đa bội lai bất thường, điều này cũng có thể giải thích cho một số sự không tương thích hình thái giữa cây phát sinh hạt nhân và plastid trong Gentianinae.

Phân tích hệ gene di truyền của lục lạp làm sáng tỏ các mối quan hệ quan trọng trong dương xỉ Dịch bởi AI
Journal of Systematics and Evolution - Tập 53 Số 5 - Trang 448-457 - 2015
Jin‐Mei Lu, Ning Zhang, Xin‐Yu Du, Jun Wen, Li D
Tóm tắt

Các nghiên cứu về hệ gen lục lạp của dương xỉ và tộc Lycophytes tương đối ít so với các loài thực vật có hạt. Mặc dù một khung phân loại phát sinh học cơ bản của các loài dương xỉ hiện tại đã có, nhưng các mối quan hệ giữa một số nút chính vẫn chưa được giải quyết hoặc hỗ trợ kém. Mục tiêu chính của nghiên cứu này là khám phá tính hữu ích của dữ liệu gene lục lạp lớn trong việc giải quyết các nút sâu khó khăn ở dương xỉ. Chúng tôi đã giải trình tự hệ gen lục lạp từ Cyrtomium devexiscapulae (Koidz.) Ching (eupolypod I) và Woodwardia unigemmata (Makino) Nakai (eupolypod II), và xây dựng phát sinh học của dương xỉ dựa trên cả 48 gene và 64 gene. Cả hai cây phát sinh học dựa trên 48 gene và 64 gene đều giống nhau về cấu trúc, chỉ khác nhau về giá trị hỗ trợ cho bốn nút, ba trong số đó cho thấy giá trị hỗ trợ cao hơn cho tập dữ liệu 48 gene. Equisetum L. được xác định là có quan hệ chị-em với nhánh Psilotales–Ophioglossales, và nhánh Equisetales–Psilotales–Ophioglossales là chị-em với nhánh của các loài dương xỉ leptosporangiate và marattioid. Mối quan hệ chị-em giữa nhánh dương xỉ cây và các polypods được hỗ trợ bởi giá trị bootstrap 82% và 100% trong các cây phát sinh 64 gene và 48 gene, tương ứng. Trong số các loài dương xỉ polypod, họ Pteridaceae là nhánh chị-em với nhánh của họ Dennstaedtiaceae và eupolypods với giá trị hỗ trợ cao, và mối quan hệ giữa Dennstaedtiaceae–eupolypods được hỗ trợ mạnh mẽ. Với những tiến bộ song song gần đây trong phân loại phát sinh học của dương xỉ sử dụng dữ liệu nhân tế bào, phylogenomics lục lạp cho thấy tiềm năng lớn trong việc cung cấp khung để kiểm tra tác động của tiến hóa mạng lưới trong sự phát triển ban đầu của dương xỉ.

Phân loại hệ phát sinh chủng loài toàn cầu của họ Poaceae (Gramineae) II: Cập nhật và so sánh hai phân loại năm 2015 Dịch bởi AI
Journal of Systematics and Evolution - Tập 55 Số 4 - Trang 259-290 - 2017
Robert J. Soreng, Paul M. Peterson, Konstantin Romaschenko, Gerrit Davidse, Jordan K. Teisher, Lynn G. Clark, Patricia Barberá, Lynn J. Gillespie, Fernando O. Zuloaga
Tóm tắt

Chúng tôi trình bày một phân loại phylogenetic toàn cầu mới của 11.506 loài cỏ trong 768 chi, 12 phân họ, bảy siêu bộ, 52 bộ, năm siêu bộ phụ, và 90 bộ phụ; và so sánh hai phân loại phylogenetic của họ cỏ được công bố vào năm 2015 (Soreng et al. và Kellogg). Các phân họ (theo thứ tự giảm dần dựa trên số lượng loài) bao gồm: Pooideae với 3.968 loài trong 202 chi, 15 bộ, và 30 bộ phụ; Panicoideae với 3.241 loài trong 247 chi, 13 bộ, và 19 bộ phụ; Bambusoideae với 1.670 loài trong 125 chi, ba bộ, và 15 bộ phụ; Chloridoideae với 1.602 loài trong 124 chi, năm bộ, và 26 bộ phụ; Aristidoideae với 367 loài trong ba chi, và một bộ; Danthonioideae với 292 loài trong 19 chi, và một bộ; Micrairoideae với 184 loài trong tám chi, và ba bộ; Oryzoideae với 115 loài trong 19 chi, bốn bộ, và hai bộ phụ; Arundinoideae với 40 loài trong 14 chi, hai bộ, và hai bộ phụ; Pharoideae với 12 loài trong ba chi, và một bộ; Puelioideae với 11 loài trong hai chi, và hai bộ; và Anomochlooideae với bốn loài trong hai chi, và hai bộ. Chúng tôi cũng bao gồm một cây tỏa tròn minh họa mối quan hệ phân cấp giữa các bộ phụ, bộ và phân họ. Các taxa mới được mô tả bao gồm: siêu bộ Melicodae và Nardodae; siêu bộ phụ Agrostidodinae, Boutelouodinae, Gouiniodinae, Loliodinae, và Poodinae; và bộ phụ Echinopogoninae và Ventenatinae.

Phân loại hệ phát sinh thế giới của Poaceae (Gramineae) Dịch bởi AI
Journal of Systematics and Evolution - Tập 53 Số 2 - Trang 117-137 - 2015
Robert J. Soreng, Paul M. Peterson, Konstantin Romaschenko, Gerrit Davidse, Fernando O. Zuloaga, Emmet J. Judziewicz, Tarciso S. Filgueiras, Jerrold I. Davis, Osvaldo Morrone
Résumé

Dựa trên các nghiên cứu phân tử và hình thái học gần đây, chúng tôi trình bày một phân loại phát sinh hệ thống hiện đại cho khoảng 12.074 loài cỏ trên toàn thế giới và phân loại 771 chi cỏ vào 12 họ nhỏ (Anomochlooideae, Aristidoideae, Arundinoideae, Bambusoideae, Chloridoideae, Danthonioideae, Micraioideae, Oryzoideae, Panicoideae, Pharoideae, Puelioideae và Pooideae), 6 siêu bộ (Andropogonodae, Arundinarodae, Bambusodae, Panicodae, Poodae, Triticodae), 51 bộ (Ampelodesmeae, Andropogoneae, Anomochloeae, Aristideae, Arundinarieae, Arundineae, Arundinelleae, Atractocarpeae, Bambuseae, Brachyelytreae, Brachypodieae, Bromeae, Brylkinieae, Centotheceae, Centropodieae, Chasmanthieae, Cynodonteae, Cyperochloeae, Danthonieae, Diarrheneae, Ehrharteae, Eragrostideae, Eriachneae, Guaduellieae, Gynerieae, Hubbardieae, Isachneae, Littledaleeae, Lygeeae, Meliceae, Micraireae, Molinieae, Nardeae, Olyreae, Oryzeae, Paniceae, Paspaleae, Phaenospermateae, Phareae, Phyllorachideae, Poeae, Steyermarkochloeae, Stipeae, Streptochaeteae, Streptogyneae, Thysanolaeneae, Triraphideae, Tristachyideae, Triticeae, Zeugiteae và Zoysieae), và 80 tiểu bộ (Aeluropodinae, Agrostidinae, Airinae, Ammochloinae, Andropogoninae, Anthephorinae, Anthistiriinae, Anthoxanthinae, Arthraxoninae, Arthropogoninae, Arthrostylidiinae, Arundinariinae, Aveninae, Bambusinae, Boivinellinae, Boutelouinae, Brizinae, Buergersiochloinae, Calothecinae, Cenchrinae, Chionachninae, Chusqueinae, Coicinae, Coleanthinae, Cotteinae, Cteniinae, Cynosurinae, Dactylidinae, Dichantheliinae, Dimeriinae, Duthieinae, Eleusininae, Eragrostidinae, Farragininae, Germainiinae, Gouiniinae, Guaduinae, Gymnopogoninae, Hickeliinae, Hilariinae, Holcinae, Hordeinae, Ischaeminae, Loliinae, Melinidinae, Melocanninae, Miliinae, Monanthochloinae, Muhlenbergiinae, Neurachninae, Olyrinae, Orcuttiinae, Oryzinae, Otachyriinae, Panicinae, Pappophorinae, Parapholiinae, Parianinae, Paspalinae, Perotidinae, Phalaridinae, Poinae, Racemobambosinae, Rottboelliinae, Saccharinae, Scleropogoninae, Scolochloinae, Sesleriinae, Sorghinae, Sporobolinae, Torreyochloinae, Traginae, Trichoneurinae, Triodiinae, Tripogoninae, Tripsacinae, Triticinae, Unioliinae, Zizaniinae, và Zoysiinae). Ngoài ra, chúng tôi bao gồm một cây phân nhánh minh họa các mối quan hệ phân cấp giữa các tiểu bộ, bộ và họ nhỏ. Chúng tôi sử dụng tên họ nhỏ, Oryzoideae, thay vì Ehrhartoideae vì cái sau được xuất bản ban đầu như một cấp bậc sai và chúng tôi xác định Molinieae để bao gồm 13 chi Arundinoideae. Tiểu bộ Calothecinae mới được mô tả và bộ Littledaleeae là mới ở cấp bậc đó.

#Phylogenetic classification #Poaceae #Gramineae #grass genera #subfamilies #tribes #subtribes
Sự hình thành loài thực vật qua các biến đổi môi trường và sự xuất hiện cũng như tính chất của các vùng lai Dịch bởi AI
Journal of Systematics and Evolution - Tập 55 Số 4 - Trang 238-258 - 2017
Richard J. Abbott
Các biến đổi môi trường rất phổ biến và nhiều loài thực vật đã phản ứng lại chúng thông qua sự thay đổi di truyền thích ứng. Đây có thể là bước đầu trong quá trình thay đổi liên tục dẫn đến sự xuất hiện của các dạng hoàn toàn cách ly về mặt sinh sản, tức là các 'loài sinh học'. Trước khi cách ly sinh sản hoàn toàn được thiết lập, các vùng lai có thể hình thành giữa các dòng khác nhau thông qua hòa nhập ban đầu hoặc tiếp xúc thứ cấp. Trong bài viết này, tôi tổng hợp các nghiên cứu về các vùng lai thực vật giữa các loài bản địa và nhấn mạnh các khía cạnh: cách thức hình thành (hòa nhập ban đầu so với tiếp xúc thứ cấp); phân bố giữa các họ thực vật, chi và dạng sống; loại và thành phần di truyền liên quan đến độ mạnh và loại cách ly sinh sản giữa các dòng cha mẹ; bản chất của các rào cản sinh sản trước và sau giao tử; mức độ và hướng di truyền; và sự ổn định của các vùng lai trong bối cảnh biến đổi khí hậu. Tổng số các vùng lai thực vật được phát hiện trong một cuộc tìm kiếm tài liệu đáng ngạc nhiên là nhỏ (137). Điều này vẫn đúng ngay cả đối với những khu vực có lịch sử nghiên cứu lâu đời về sự tiến hóa thực vật, sinh thái học và hệ thống học. Những lý do cho điều này được thảo luận, bao gồm khả năng rằng các vùng lai thực vật tự nhiên là hiếm có trong tự nhiên. Chỉ với một vài vùng lai đã có nỗ lực phân biệt hình thành do hòa nhập ban đầu hay tiếp xúc thứ cấp, và người ta cho rằng phần lớn các vùng lai bắt nguồn từ việc tiếp xúc thứ cấp. Từ lượng thông tin hạn chế hiện có, có vẻ như các vùng lai thực vật có thể thường di chuyển để phản ứng với biến đổi khí hậu, nhưng cần có các nghiên cứu dài hạn để xác nhận điều này.
#biến đổi môi trường #loài sinh học #vùng lai thực vật #hòa nhập ban đầu #tiếp xúc thứ cấp #cách ly sinh sản #biến đổi khí hậu
Plastid genome sequencing, comparative genomics, and phylogenomics: Current status and prospects
Journal of Systematics and Evolution - Tập 48 Số 2 - Trang 77-93 - 2010
Lei Gao, Yingjuan Su, Ting Wang
Tổng số: 7   
  • 1