International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

Streptomyces griseus and related species form the biggest but least well-defined clade in the whole Streptomyces 16S rRNA gene tree. Multilocus sequence analysis (MLSA) has shown promising potential for refining Streptomyces systematics. In this investigation, strains of 18 additional S. griseus clade species were analysed and data from a previous pilot study were integrated in a larger MLSA phylogeny. The results demonstrated that MLSA of five housekeeping genes (atpD, gyrB, recA, rpoB and trpB) is better than the previous six-gene scheme, as it provides equally good resolution and stability and is more cost-effective; MLSA using three or four of the genes also shows good resolution and robustness for differentiating most of the strains and is therefore of value for everyday use. MLSA is more suitable for discriminating strains that show >99 % 16S rRNA gene sequence similarity. DNA–DNA hybridization (DDH) between strains with representative MLSA distances revealed a strong correlation between the data of MLSA and DDH. The 70 % DDH value for current species definition corresponds to a five-gene MLSA distance of 0.007, which could be considered as the species cut-off for the S. griseus clade. It is concluded that the MLSA procedure can be a practical, reliable and robust alternative to DDH for the identification and classification of streptomycetes at the species and intraspecies levels. Based on the data from MLSA and DDH, as well as cultural and morphological characteristics, 18 species and three subspecies of the S. griseus clade are considered to be later heterotypic synonyms of 11 genomic species: Streptomyces griseinus and Streptomyces mediolani as synonyms of Streptomyces albovinaceus; Streptomyces praecox as a synonym of Streptomyces anulatus; Streptomyces olivoviridis as a synonym of Streptomyces atroolivaceus; Streptomyces griseobrunneus as a synonym of Streptomyces bacillaris; Streptomyces cavourensis subsp. washingtonensis as a synonym of Streptomyces cyaneofuscatus; Streptomyces acrimycini, Streptomyces baarnensis, Streptomyces caviscabies and Streptomyces flavofuscus as synonyms of Streptomyces fimicarius; Streptomyces flavogriseus as a synonym of Streptomyces flavovirens; Streptomyces erumpens, ‘Streptomyces ornatus’ and Streptomyces setonii as synonyms of Streptomyces griseus; Streptomyces graminofaciens as a synonym of Streptomyces halstedii; Streptomyces alboviridis, Streptomyces griseus subsp. alpha, Streptomyces griseus subsp. cretosus and Streptomyces luridiscabiei as synonyms of Streptomyces microflavus; and Streptomyces californicus and Streptomyces floridae as synonyms of Streptomyces puniceus.

Một chủng (được ký hiệu là HHS02^T) đã được phân lập từ tôm Trung Quốc (Penaeus chinensis, O'sbeck) và xác định là một thành viên của chi Vibrio. Chỉ thị HHS02^T bao gồm các tế bào hình que hơi cong, không sinh bào tử, Gram âm, âm tính với Catalase, dương tính với Oxidase, nhạy cảm với O/129 và là kỵ khí tùy nghi, có khả năng vận động bằng một roi đặc trưng. Sự phát triển của chủng HHS02^T xảy ra trong khoảng 0.5–7 % (w/v) NaCl [tối ưu ở 1–3 % (w/v) NaCl] và trong khoảng pH 7.0 đến 10.0 (tối ưu ở pH 8.0–9.0). Chủng này cho thấy sự phát triển trong khoảng nhiệt độ từ 16 đến 30 °C (tối ưu 20 °C). Phân tích bằng cách sử dụng trình tự gen 16S rRNA, gapA, gyrB, mreB, pyrH, recA và topA của chủng phân lập mới cho thấy rằng sinh vật này thuộc về chi Vibrio, với độ tương đồng trình tự là ∼98, 98, 90, 88, 92, 89 và 83 % tương ứng so với các đại diện của chi Vibrio. Các thí nghiệm lai DNA–DNA chỉ ra rằng chủng mới này khác biệt với các loài đã được công nhận của chi Vibrio. Các thành phần acid béo chính được tổng hợp là thành phần 3 (C_16 : 1 ω7c và/hoặc iso-C_15 : 0 2-OH, 38.7 %), C_16 : 0 (22.9 %) và C_18 : 1 ω7c (12.5 %). Nội dung G+C của DNA toàn bộ là 44.4 mol%. Dựa trên các bằng chứng phân loại đa dạng được trình bày trong nghiên cứu này, kết luận rằng chủng HHS02^T nên được phân loại là một loài mới của chi Vibrio, với tên gọi được đề xuất là Vibrio atypicus sp. nov. Chủng tiêu chuẩn là HHS02^T (=CGMCC 1.8461^T=LMG 24781^T).

Hai dòng vi khuẩn Vibrio mới, MSSRF3^T và MSSRF10, có hoạt tính kháng khuẩn chống lại các tác nhân gây bệnh thực vật đã được phân lập từ khu vực rễ của lúa hoang liên kết với cây đước (Porteresia coarctata Tateoka) tại Pichavaram, Ấn Độ. Các tế bào đều Gram âm, kỵ khí tùy ý, có hình dạng que và di chuyển bằng cách sử dụng một roi cực phía. Cả hai dòng đều dương tính với catalase và âm tính với oxidase, có khả năng phát triển trong môi trường chứa 0.1–10 % NaCl (với mức phát triển tối ưu ở 2 % NaCl) và ở nhiệt độ từ 20–42 °C (mức phát triển tối ưu là 25–30 °C). Cả hai dòng đều sinh acid và khí từ d-glucose trong điều kiện kỵ khí và sử dụng một loạt hợp chất làm nguồn carbon và năng lượng duy nhất. Hàm lượng DNA G+C được xác định là 51.3 mol% cho dòng MSSRF3^T và 51.0 mol% cho dòng MSSRF10. Phân tích phát sinh chủng loại dựa trên trình tự gen 16S rRNA, rpoA, recA và pyrH cho thấy các dòng MSSRF3^T và MSSRF10 thuộc về chi Vibrio và rất gần gũi với Vibrio ruber JCM 11486^T, với mức độ tương đồng trình tự gen là 98.3–98.5 % (16S rRNA), 98.3–99.7 % (rpoA), 90.2–99.8 % (recA) và 91.3–99.4 % (pyrH), tương ứng. Mức độ liên quan DNA–DNA là 44 % giữa các dòng MSSRF3^T và MSSRF10, 80 % giữa dòng MSSRF10 và V. ruber JCM 11486^T và 45 % giữa dòng MSSRF3^T và V. ruber JCM 11486^T. Dòng MSSRF3^T có mức độ tương đồng hình thái với V. ruber JCM 11486^T. Tuy nhiên, không có khả năng khử nitrate thành nitrite, có khả năng phát triển trong 0.1 % NaCl và sự hiện diện của caseinase là những đặc điểm cho phép phân biệt giữa V. ruber JCM 11486^T và dòng MSSRF3^T. Bên cạnh đó, dòng MSSRF3^T có thể được phân biệt với dòng MSSRF10 và người họ hàng gần nhất là V. ruber JCM 11486^T dựa trên phân tích vân gen (DNA đa hình ngẫu nhiên, GTG₅, BOX, PCR–phân đoạn dài hạn cắt và ribotyping). Do đó, dựa trên các phân tích hình thái, gen, phát sinh chủng loại và phân tích lai DNA–DNA, dòng MSSRF3^T (=LMG 23790^T=DSM 18581^T) nên được phân loại là đại diện cho dòng vật chủ một loài mới trong chi Vibrio, với tên gọi mới là Vibrio rhizosphaerae sp. nov. được đề xuất.

Các nghiên cứu hình thái và phân loại đã được thực hiện trên ba chủng vi khuẩn Gram âm, hình que được thu thập từ các loài chim chết thuộc họ tit (tit xanh, tit than và tit có đuôi dài). Các nghiên cứu về hình thái, văn hóa và sinh hóa chỉ ra rằng các sinh vật này có mối quan hệ với họ Cardiobacteriaceae trong phân lớp gamma của Proteobacteria. Các nghiên cứu so sánh chuỗi gen 16S rRNA đã xác nhận những phát hiện này và chứng tỏ rằng vi khuẩn này đại diện cho một phân dòng chưa được biết đến trước đây trong họ này. Là họ hàng phân loại gần nhất của các chủng vi khuẩn được thu thập từ các con chim, Suttonella indologenes được xác định, mặc dù sự phân kỳ chuỗi khoảng 5% cho thấy rằng vi khuẩn chưa biết này đại diện cho một loài mới. Dựa trên kết quả phân tích phân loại và tiêu chí hình thái, được đề xuất rằng vi khuẩn thu được từ các con chim mắc bệnh đại diện cho một loài mới, Suttonella ornithocola sp. nov., với chủng B6/99/2^T (=CCUG 49457^T=NCTC 13337^T) là chủng loại mẫu.

Các vi tảo thuộc chi Asterochloris là các phycobiont ưa thích trong các loài địa y Cladonia, Lepraria và Stereocaulon. Các nghiên cứu gần đây đã làm nổi bật sự đa dạng tiềm ẩn của chi này, mặc dù các phycobionts sống ký sinh trong các loài thuộc chi Cladonia trong các hệ sinh thái Địa Trung Hải và Canary vẫn chưa được khám phá nhiều. Các phân tích phân loại gen được thực hiện bằng cách nối ghép các trình tự thu được từ một plastid – LSU rDNA – và hai loại hạt nhân – nội bộ được phiên mã (ITS) rDNA và actin – các dấu hiệu phân tử của phycobionts sống trong nhiều quần thể của phức hợp Cladonia convoluta-Cladonia foliacea, Cladonia rangiformis và Cladonia cervicornis s. str. phân bố rộng rãi trong các khu vực này trên một loạt các cơ chất và môi trường sống. Một nhánh được hỗ trợ mạnh mẽ mới đã được thu được liên quan đến các phân loại gen Asterochloris đã được công bố trước đó. Sự biến đổi gen tối thiểu được phát hiện giữa các haplotype của chúng tôi và các trình tự khác có sẵn trong cơ sở dữ liệu GenBank. Việc xác định chính xác các đối tác nấm đã được xác nhận bằng mã vạch rDNA ITS. Trong nghiên cứu này, chúng tôi cung cấp một đặc điểm chi tiết bao gồm hình thái của plastid, và các phân tích siêu cấu trúc và phân loại gen của một loài phycobiont mới, được mô tả ở đây là Asterochloris mediterranea sp. nov. Barreno, Chiva, Moya và Škaloud. Một mẫu holotype được bảo quản lạnh đã được gửi đến Bộ sưu tập văn hóa tảo của Đại học Charles ở Praha, Cộng hòa Séc (CAUP) với mã số CAUP H 1015. Chúng tôi đề xuất việc sử dụng sự kết hợp của một số dấu hiệu phân tử hạt nhân và plastid, cũng như các kỹ thuật siêu cấu trúc (kính hiển vi điện tử truyền qua và kính hiển vi huỳnh quang) cả trong nuôi cấy và trong trạng thái cộng sinh, để cải thiện việc phân định các loài mới của phycobionts trong các loài địa y.

Các vi khuẩn lam heterocytous hình thành một nhóm đơn ngành dựa trên dữ liệu chuỗi gen 16S rRNA. Trong nhóm này, các nghiên cứu về phát sinh chủng loài và hình thái đã chỉ ra rằng các chi như Anabaena và Aphanizomenon có sự trộn lẫn. Hơn nữa, phát sinh chủng loài của chi Trichormus, gần đây đã được tách ra từ Anabaena, vẫn chưa được nghiên cứu. Mục tiêu là nghiên cứu phân loại của các chi Anabaena, Aphanizomenon, Nostoc và Trichormus thuộc họ Nostocaceae (phân đoạn IV.I) thông qua phân tích hình thái và phát sinh chủng loài của gen 16S rRNA, rpoB và rbcLX. Các dòng mới đã được phân lập để tránh các vấn đề xác định do sự thay đổi hình thái của các dòng trong quá trình nuôi cấy. Dữ liệu hình thái và phát sinh chủng loài cho thấy các dòng Anabaena sống dưới đáy và nổi lên có sự trộn lẫn. Ngoài ra, nghiên cứu hiện tại đã xác nhận rằng các dòng Anabaena và Aphanizomenon không phải là đơn ngành, như đã được chứng minh trước đó. Khoảng cách tiến hóa giữa các dòng chỉ ra rằng các dòng Anabaena và Aphanizomenon sống nổi cũng như năm dòng Anabaena sống dưới đáy trong cụm 1 có thể được gán cho một chi duy nhất. Dựa trên các chuỗi gen 16S rRNA, rpoB và rbcLX, các dòng Anabaena/Aphanizomenon (cụm 1) được chia thành chín phân cụm được hỗ trợ có thể được phân tách hình thái, và do đó có thể đại diện cho các loài khác nhau. Các dòng Trichormus có tính không đồng nhất về hình thái và phát sinh chủng loài và không tạo thành một cụm đơn ngành. Những dòng Trichormus này, đại diện cho ba loài khác nhau, có thể thực sự thuộc về ba chi khác nhau dựa trên khoảng cách tiến hóa. Các dòng Nostoc cũng không đồng nhất và dường như tạo thành một cụm đơn ngành, có thể chứa nhiều hơn một chi. Chúng tôi nhận thấy rằng một số đặc điểm hình thái ổn định và có thể được sử dụng để phân tách các cụm phát sinh chủng loài khác nhau. Ví dụ, chiều rộng và chiều dài của akinetes là các đặc điểm hữu ích cho việc phân loại các dòng Anabaena/Aphanizomenon trong cụm 1. Nghiên cứu hình thái và phát sinh chủng loài này với các dòng tách riêng mới cho thấy rằng phân loại hiện tại của các chi anabaenoid này cần phải được xem xét lại.