Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) Tập 9 Số 9 - 2008
Yong Zhang, Tao Liu, Clifford A. Meyer, Jérôme Eeckhoute, David S. Johnson, B Bernstein, Chad Nusbaum, R Myers, Myles Brown, Wei Li, X. Shirley Liu
Ghi nhãn cấu trúc gen eukaryote tự động bằng EVidenceModeler và Chương trình lắp ghép các căn chỉnh đã cắt ghép Dịch bởi AI Tập 9 Số 1
Brian J. Haas, Steven L. Salzberg, Wei Zhu, Mihaela Pertea, Jonathan Allen, Joshua Orvis, Owen White, C. Robin Buell, Jennifer R. Wortman
Tóm tắtEVidenceModeler (EVM) được trình bày như một công cụ ghi nhãn cấu trúc gen eukaryote tự động, báo cáo các cấu trúc gen eukaryote dưới dạng sự đồng thuận có trọng số của tất cả các bằng chứng hiện có. Khi được kết hợp với Chương trình lắp ghép các căn chỉnh đã cắt ghép (PASA), EVM tạo ra một hệ thống ghi nhãn toàn diện và có thể cấu hình để dự đoán các gen mã...... hiện toàn bộ
A survey of best practices for RNA-seq data analysis Tập 17 Số 1 - 2016
Ana Conesa, Pedro Madrigal, Sonia Tarazona, David Gomez-Cabrero, Alejandra Cervera, Andrew McPherson, Michał Wojciech Szcześniak, Daniel J. Gaffney, Laura L. Elo, Xuegong Zhang, A Mortazavi
Đánh giá các thuật toán chấm điểm off-target và on-target và tích hợp vào công cụ lựa chọn RNA hướng dẫn CRISPOR Dịch bởi AI Tập 17 Số 1 - 2016
Maximilian Haeussler, Kai Shi, Hélène Eckert, Alexis Eschstruth, Joffrey Mianné, Jean Renaud, Sylvie Schneider‐Maunoury, Alena Shkumatava, Lydia Teboul, J. H. Kent, Jean‐Stéphane Joly, Jean‐Paul Concordet
Tóm tắt
Giới thiệu
Thành công của công nghệ chỉnh sửa gen CRISPR/Cas9 phụ thuộc vào việc lựa chọn trình tự RNA hướng dẫn, điều này được hỗ trợ bởi nhiều trang web khác nhau. Mặc dù tầm quan trọng và sự phổ biến của các thuật toán này, nhưng vẫn chưa rõ mức độ đồng thuận giữa các dự đoán của chúng...... hiện toàn bộ
BioGPS: an extensible and customizable portal for querying and organizing gene annotation resources Tập 10 Số 11 - 2009
Chunlei Wu, Camilo Alberto Madariaga Orozco, Jason Boyer, Marc Leglise, James Goodale, Serge Batalov, Christopher L Hodge, J. Haase, Jeff Janes, Jon W. Huss, Andrew I. Su