Xử lý proteolytic của đơn vị alpha11.2 kênh Ca2+ loại L trong tế bào thần kinh Dịch bởi AI F1000Research - Tập 6 - Trang 1166
Olivia R. Buonarati, Peter B. Henderson, Geoffrey G. Murphy, Mary C. Horne, Johannes Hell
Bối cảnh: Kênh Ca2+ loại L Cav1.2 là một yếu tố điều chỉnh nổi bật trong tính kích thích của tế bào thần kinh, tính dẻo của synap và biểu hiện gen. Yếu tố trung tâm của Cav1.2 là đơn vị α11.2 tạo lỗ. Đơn vị này tồn tại dưới hai dạng kích thước chính, mà khối lượng phân tử của chúng đã được chứng minh là khó xác định chính xác. Công trình nghiên cứu gần đây gợi ý rằng α11.2 bị cắt đứt proteolytic ở vị trí giữa miền tạo lỗ thứ hai và thứ ba trong tổng số bốn miền tạo lỗ của nó (Michailidiset al, 2014).Phương pháp: Để xác định khối lượng phân tử rõ ràng (MR) của các dạng kích thước α11.2, một loạt các thí nghiệm Western blot hệ thống trên mô não và cả dạng đầy đủ lẫn dạng α11.2 bị cắt ngắn ở phần C-terminus được tiến hành sử dụng sáu kháng thể đặc hiệu vùng khác nhau chống lại α11.2.Kết quả: Dạng đầy đủ của α11.2 di chuyển như mong đợi, với MR rõ ràng ~250 kDa. Một dạng ngắn hơn có độ phổ biến tương đương với MR rõ ràng ~210 kDa chỉ có thể được phát hiện trong các blots miễn dịch được kiểm tra bằng các kháng thể nhận biết α11.2 tại một epitope 400 hoặc nhiều hơn residues phía thượng lưu của C-terminus.Kết luận: Hai dạng kích thước chính của α11.2 là dạng đầy đủ và một dạng ngắn hơn, thiếu ~350 residues tách biệt ở C-terminus. Việc cắt đứt giữa kênh như được gợi ý bởi Michailidiset al (2014) là rất ít xảy ra trong mô não.
Phân tích dữ liệu bền vững với Snakemake Dịch bởi AI F1000Research - Tập 10 - Trang 33
Felix Mölder, Kim Philipp Jablonski, Brice Letcher, Michael B. Hall, Christopher H. Tomkins-Tinch, Vanessa Sochat, Jan Förster, Soohyun Lee, Sven Twardziok, Alexander Kanitz, Andreas Wilm, Manuel Holtgrewe, Sven Rahmann, Sven Nahnsen, Johannes Köster
Phân tích dữ liệu thường bao gồm nhiều bước không đồng nhất, từ việc áp dụng các công cụ dòng lệnh khác nhau đến việc sử dụng các ngôn ngữ kịch bản như R hoặc Python để tạo ra các biểu đồ và bảng. Điều này được công nhận rộng rãi rằng phân tích dữ liệu lý tưởng nên được thực hiện theo cách có thể tái lập. Tính tái lập cho phép xác thực kỹ thuật và tái tạo kết quả trên dữ liệu gốc hoặc thậm chí trên dữ liệu mới. Tuy nhiên, chỉ tính tái lập là không đủ để cung cấp một phân tích có ảnh hưởng lâu dài (tức là bền vững) cho lĩnh vực, hoặc thậm chí chỉ cho một nhóm nghiên cứu. Chúng tôi cho rằng việc đảm bảo khả năng thích ứng và tính minh bạch cũng quan trọng không kém. Khả năng thích ứng mô tả khả năng điều chỉnh phân tích để trả lời các câu hỏi nghiên cứu mở rộng hoặc hơi khác biệt. Tính minh bạch mô tả khả năng hiểu phân tích để đánh giá xem nó không chỉ hợp lệ về mặt kỹ thuật, mà còn hợp lệ về phương pháp học.Tại đây, chúng tôi phân tích các thuộc tính cần thiết cho một phân tích dữ liệu trở nên có thể tái lập, thích ứng và minh bạch. Chúng tôi cho thấy cách hệ thống quản lý quy trình làm việc phổ biến Snakemake có thể được sử dụng để đảm bảo điều này, và cách nó cho phép một biểu diễn thống nhất, kết hợp và thuận tiện cho tất cả các bước liên quan trong phân tích dữ liệu, từ việc xử lý dữ liệu thô, đến kiểm soát chất lượng và khám phá và vẽ biểu đồ các kết quả cuối cùng một cách chi tiết, tương tác.
Phân tích mạng sinh học với CentiScaPe: tích hợp các chỉ số trung tâm và tập dữ liệu thực nghiệm Dịch bởi AI F1000Research - Tập 3 - Trang 139
Giovanni Scardoni, Gabriele Tosadori, Mohammed Faizan, Fausto Spoto, Franco Fabbri, Carlo Laudanna
Sự gia tăng kích thước và độ phức tạp của dữ liệu thực nghiệm có sẵn tạo ra mạng sinh học đã làm tăng nhu cầu về các công cụ cho phép phân loại các nút theo mức độ liên quan của chúng trong các mạng sinh học. Ở đây, chúng tôi giới thiệu CentiScaPe, một ứng dụng Cytoscape được thiết kế đặc biệt để tính toán các chỉ số trung tâm nhằm xác định các nút quan trọng nhất của một mạng. CentiScaPe là một bộ thuật toán toàn diện dành riêng cho phân tích độ trung tâm của các nút mạng, tính toán nhiều chỉ số trung tâm cho các mạng không có hướng, có hướng và có trọng số. Các kết quả của phân tích hình thái có thể được tích hợp với các tập dữ liệu từ các thí nghiệm trong phòng lab, chẳng hạn như mức độ biểu hiện hoặc phosphoryl hóa của các protein được đại diện trong mạng, bằng cách sử dụng các tính năng đồ họa của công cụ. Điều này mở ra một góc nhìn mới trong phân tích các mạng sinh học, bởi vì việc tích hợp phân tích hình thái với dữ liệu thực nghiệm có thể tăng cường khả năng dự đoán của một phân tích sinh tin học.
#Mạng sinh học #Phân tích Trung tâm #Tập dữ liệu Thực nghiệm #Cytoscape #Tính toán trung tâm
Biến đổi khí hậu là một yếu tố căng thẳng chính gây ra các kết quả thai kỳ kém và sự phát triển của trẻ em Dịch bởi AI F1000Research - Tập 9 - Trang 1222
David M. Olson, Gerlinde A. S. Metz
Cuộc khủng hoảng khí hậu là mối đe dọa tồn vong trong thời đại của chúng ta và cho các thế hệ tiếp theo. Đây không còn là một mối đe dọa mà là một thực tế đang ảnh hưởng đến chúng ta, con cái của chúng ta và các thế hệ sẽ đến. Các bà mẹ mang thai, bào thai của họ và những đứa trẻ của họ là những đối tượng có nguy cơ cao nhất trong mọi cộng đồng và mọi khu vực. Một điều đáng lưu ý là sức khỏe của các nhóm sắc tộc, những người đặc biệt dễ bị tổn thương do sự hội tụ của nhiều yếu tố rủi ro mà biến đổi khí hậu càng làm trầm trọng thêm. Trong số đó có các cộng đồng bản địa, những người bị đe dọa trực tiếp nhất bởi biến đổi khí hậu. Bài tổng quan này thảo luận về những thách thức chính về sức khỏe mà các bà mẹ, ông bố và con cái của họ phải đối mặt trong cuộc khủng hoảng khí hậu, tập trung vào sức khỏe tâm thần như một yếu tố nguyên nhân. Khám phá chủ đề này bao gồm vai trò của những căng thẳng trước khi sinh ở mẹ và cha, gánh nặng allostatic, và tác động của sự xuống cấp của môi trường và các hệ sinh thái lên từng cá nhân. Những vấn đề này sẽ được xem xét liên quan đến các kết quả thai kỳ bất lợi và các lộ trình phát triển thay đổi của trẻ. Cuộc khủng hoảng khí hậu là một yếu tố khuếch đại các mối đe dọa về sức khỏe, làm gia tăng những bất bình đẳng về sức khỏe của các cộng đồng và cá nhân có nguy cơ cao nhất. Nó gia tăng tốc độ gia tăng gánh nặng allostatic của những người có nguy cơ. Con đường bi thảm bắt đầu từ gánh nặng allostatic tích lũy, làm vượt quá cả khả năng phục hồi cá nhân và xã hội- sinh thái. Điều này có thể dẫn đến sức khỏe tâm thần xấu hơn, bao gồm trầm cảm và lo âu và, trong trường hợp của các bà mẹ mang thai và con cái của họ, nhiều kết quả thai kỳ bất lợi hơn và các lộ trình phát triển bị suy giảm cho những đứa trẻ mới sinh. Chúng tôi lập luận rằng cần phải phát triển những công cụ mới (hoặc khám phá lại hoặc tái sử dụng các công cụ hiện có) để dự đoán các cộng đồng và cá nhân đang trải qua mức độ nguy hiểm liên quan đến khí hậu cao nhất và can thiệp để giảm căng thẳng và tăng cường khả năng phục hồi cho phụ nữ và nam giới trước khi thụ thai, phụ nữ mang thai và sau sinh, cũng như những trẻ nhỏ của họ.
Những tiến bộ gần đây trong việc hiểu và quản lý u nội mạc tử cung Dịch bởi AI F1000Research - Tập 8 - Trang 283
Silvia Vannuccini, Felice Petraglia
U nội mạc tử cung là một rối loạn lành tính của tử cung, trong đó các tuyến và mô đệm nội mạc được chứng minh bệnh lý trong cơ tử cung. Đây được coi là một thực thể cụ thể trong phân loại PALM-COEIN FIGO (polyp; u nội mạc tử cung; u xơ tử cung; ung thư và tăng sinh; rối loạn đông máu; rối loạn rụng trứng; nội mạc tử cung; do y học; và chưa được phân loại – Liên đoàn Quốc tế về Sản phụ khoa và Sản khoa) về nguyên nhân gây chảy máu tử cung bất thường (AUB). Mặc dù từ trước đến nay luôn được coi là tình trạng kinh điển của những phụ nữ đã sinh đẻ trên 40 tuổi có triệu chứng đau và chảy máu kinh nguyệt nhiều, được chẩn đoán khi phẫu thuật cắt bỏ tử cung, nhưng tình hình dịch tễ học đã hoàn toàn thay đổi. U nội mạc tử cung ngày càng được phát hiện ở những phụ nữ trẻ có triệu chứng đau, AUB, vô sinh, hoặc không có triệu chứng qua việc sử dụng các kỹ thuật hình ảnh như siêu âm qua âm đạo và cộng hưởng từ. Tuy nhiên, chưa có sự đồng thuận về định nghĩa và phân loại tổn thương u nội mạc từ góc độ mô bệnh học và hình ảnh, và việc chẩn đoán vẫn còn khó khăn và mơ hồ. Một hệ thống báo cáo đồng nhất và chia sẻ cần được thực hiện để cải thiện sự hiểu biết của chúng ta về các đặc điểm hình ảnh, mối quan hệ của chúng với các lý thuyết bệnh sinh, và tầm quan trọng của chúng về mặt triệu chứng lâm sàng và phản ứng với điều trị. Thực tế, cơ chế bệnh sinh của u nội mạc vẫn mơ hồ và không có lý thuyết nào có thể giải thích tất cả các kiểu hình khác nhau của bệnh. Hơn nữa, u nội mạc thường đồng xuất hiện với các tình trạng sản phụ khoa khác, như lạc nội mạc tử cung và u xơ tử cung, làm gia tăng tính không đồng nhất của dữ liệu có sẵn. Việc điều trị yêu cầu một kế hoạch quản lý suốt đời, vì căn bệnh này có ảnh hưởng tiêu cực đến chất lượng cuộc sống về mặt triệu chứng kinh nguyệt, khả năng sinh sản và kết quả thai kỳ, và có nguy cơ cao về sẩy thai và các biến chứng sản khoa.
Báo cáo trường hợp: Rối loạn cơ hoành hai bên do Borrelia Burgdorferi Dịch bởi AI F1000Research - Tập 3 - Trang 235
Suhail Basunaid, Chris van der Grinten, Nicole A.M. Cobben, Astrid Otte, Roy T.M. Sprooten, Rohde Gernot
Tóm tắt:Trong báo cáo trường hợp này, chúng tôi mô tả một trường hợp hiếm gặp của rối loạn cơ hoành hai bên do bệnh Lyme.Báo cáo trường hợp:Một nam giới 62 tuổi đến bệnh viện với các triệu chứng giống như cúm. Trong quá trình đánh giá ban đầu, đã quan sát thấy yếu cơ hoành hai bên với tình trạng khó thở khi nằm và giảm thông khí ban đêm mà không rõ nguyên nhân. Chứng tỏ tình trạng liệt cơ hoành hai bên được xác nhận bằng fluoroscopy với kết quả thử nghiệm ngửi dương tính. Bệnh nhân đã được chuyển đến trung tâm của chúng tôi để điều trị thông khí không xâm lấn vào ban đêm (cNPPV). Các cuộc điều tra tiếp theo cho thấy có bằng chứng về hoạt động kháng thể chống Borrelia trong EIA-IgG và IgG-blot, gợi ý một nhiễm trùng gần đây với bệnh Lyme, và đã dẫn đến việc điều trị bằng doxycycline đường uống trong 4 tuần. Các triệu chứng giảm thông khí ban đêm đã được cải thiện thành công với cNPPV. Tuy nhiên, bệnh nhân của chúng tôi vẫn cho thấy chức năng cơ hoành bị suy giảm, nhưng không còn phụ thuộc hoàn toàn vào hỗ trợ thông khí ban đêm nữa.Kết luận:Bệnh Lyme nên được xem xét trong chẩn đoán phân biệt của rối loạn chức năng cơ hoành. Đây là một bệnh lây lan qua bọ ve do một trong ba loài bệnh gây ra của xoắn khuẩn Borrelia burgdorferi gây ra, được tìm thấy ở Châu Âu. Việc chậm trễ nhận biết các triệu chứng có thể ảnh hưởng tiêu cực đến thành công của điều trị. Thông khí cơ học không xâm lấn (NIV) được coi là một lựa chọn điều trị cho những bệnh nhân bị liệt cơ hoành.
Sự tiếp nhận miRNA từ sữa trong chế độ ăn của người lớn: một nghiên cứu xác thực Dịch bởi AI F1000Research - Tập 5 - Trang 721
A. Auerbach, Gopi Vyas, Anne Li, Marc K. Halushka, Kenneth W. Witwer
Sữa mẹ rất giàu chất dinh dưỡng cũng như axit nucleic bao gồm cả microRNA (miRNA). Trong một báo cáo gần đây, những người trưởng thành uống sữa bò dường như có mức lưu hành của các miRNA miR-29b-3p và miR-200c-3p tăng lên. Bởi vì các miRNA này là đồng đẳng giữa người và bò, nên kết quả này có thể được giải thích bởi sự xâm nhập của xeno-miRNA, điều chỉnh miRNA nội sinh, hoặc cả hai. Cần thêm nhiều dữ liệu để xác thực kết quả và khám phá những thay đổi liên quan đến sữa khác trong các miRNA lưu hành. Mẫu từ nghiên cứu đã công bố được thu thập, và 223 đặc trưng RNA nhỏ đã được lập hồ sơ bằng OpenArray tùy chỉnh, tiếp theo là các thử nghiệm PCR định lượng riêng lẻ cho các miRNA được chọn. Thêm vào đó, dữ liệu giải trình tự RNA nhỏ (RNA-seq) thu được từ các mẫu huyết tương của cùng một dự án đã được phân tích để tìm miRNA của người và miRNA duy nhất của bò. OpenArray không tiết lộ tín hiệu miRNA nào bị thay đổi đáng kể sau khi tiêu thụ sữa, và điều này đã được xác nhận bởi qPCR. Dữ liệu giải trình tự huyết tương không chứa các đọc miR-29b hoặc miR-200c và không có sự lập bản đồ nhất quán của các miRNA duy nhất của bò theo lượng tiêu thụ. Kết luận, các kết quả không hỗ trợ sự chuyển giao của xeno-miRNA từ chế độ ăn uống vào tuần hoàn của người trưởng thành.
#miRNA #sữa bò #người trưởng thành #chế độ ăn uống #xeno-miRNA
Những câu hỏi về cấu trúc giống Mimivirus bất thường được quan sát trong tế bào người Dịch bởi AI F1000Research - Tập 6 - Trang 262
Elena Angela Lusi, Dan Maloney, Federico Caicci, P. Guarascio
Thông tin nền: Mimivirus hoặc virus khổng lồ lây nhiễm vào amip có khả năng giữ lại nhuộm Gram, thường được sử dụng để nhuộm vi khuẩn. Có một số bằng chứng cho thấy Mimivirus cũng có thể lây nhiễm vào tế bào con người. Dựa trên các tiền đề này, chúng tôi đã thực hiện một nhuộm Gram thông thường trên nhiều mẫu bệnh phẩm của người để xem liệu chúng tôi có thể phát hiện các hạt màu xanh dương dương tính với Gram tương tự như các hạt xác định Mimivirus trong amip hay không. Phương pháp: Chúng tôi đã phân tích 24 mẫu bệnh phẩm khác nhau của con người (gan, não, thận, hạch bạch huyết và buồng trứng) bằng cách sử dụng hoá sinh nhuộm Gram, vi sinh điện tử miễn dịch vàng, khối phổ độ phân giải cao và nhận diện protein. Kết quả: Chúng tôi đã phát hiện trong các tế bào người những hạt màu xanh dương dương tính với Gram khác biệt với vi khuẩn. Các hạt màu xanh dương tinh vi hiển thị cùng mẫu hình với các hạt dương tính với Gram chẩn đoán Mimivirus trong bào tương của amip. Kính hiển vi điện tử đã xác nhận sự hiện diện của các cấu trúc giống Mimivirus ở người và khối phổ đã xác định các peptide histone H4, có cùng dấu hiệu như các virus khổng lồ. Tuy nhiên, một số sự khác biệt đã được ghi nhận: cấu trúc giống Mimivirus được xác định trong tế bào người rất phổ biến và thể hiện một tình trạng kháng nguyên retrovirus đặc trưng của động vật có vú. Kết luận: Các giả thuyết chính của chúng tôi là những cấu trúc có thể là virus khổng lồ có tình trạng kháng nguyên retrovirus hoặc các thành phần tế bào tổ tiên có nguồn gốc vi rút. Tuy nhiên, những lựa chọn khả thi khác đã được đề xuất để giải thích bản chất và chức năng của các cấu trúc mới được xác định này.
#Mimivirus #virus khổng lồ #nhuộm Gram #tế bào người #kháng nguyên retrovirus
FreeSASA: Thư viện C mã nguồn mở cho tính toán diện tích bề mặt có thể tiếp xúc với dung môi Dịch bởi AI F1000Research - Tập 5 - Trang 189
Simon Mitternacht
Tính toán diện tích bề mặt có thể tiếp xúc với dung môi (SASA) là một phép tính phổ biến trong sinh học cấu trúc. Mặc dù có nhiều chương trình có sẵn cho phép tính này, nhưng không có công cụ mã nguồn mở độc lập nào được thiết kế cho việc tích hợp dễ dàng vào chuỗi công cụ. FreeSASA là một thư viện C mã nguồn mở cho các phép tính SASA, cung cấp cả giao diện dòng lệnh và Python bên cạnh API C của nó. Thư viện thực hiện cả phương pháp gần đúng của Lee và Richards cùng với Shrake và Rupley, và có thể cấu hình cao cho phép người dùng kiểm soát các tham số phân tử, độ chính xác và độ mịn đầu ra. Nó chỉ phụ thuộc vào các thư viện C tiêu chuẩn và do đó nên dễ dàng biên dịch và cài đặt trên bất kỳ nền tảng nào. Thư viện được tài liệu hóa tốt, ổn định và hiệu quả. Giao diện dòng lệnh có thể dễ dàng thay thế các chương trình di sản mã nguồn đóng, với độ chính xác và tốc độ tương đương hoặc tốt hơn, cùng với một số chức năng bổ sung.
Khám phá các mẫu đồng tác giả trong khoa học xã hội của Việt Nam với các chỉ số mạng cơ bản từ dữ liệu Scopus 2008-2017. Dịch bởi AI F1000Research - Tập 6 - Trang 1559 - 2017
Tung Manh Ho, Ha Viet Nguyen, Thu-Trang Vuong, Quang-Minh Dam, Hiep-Hung Pham, Quan-Hoang Vuong
Bối cảnh: Hợp tác là một hiện tượng phổ biến trong giới khoa học Việt Nam; tuy nhiên, những hiểu biết về sự hợp tác khoa học của Việt Nam vẫn còn hạn chế. Mặt khác, việc áp dụng phân tích mạng xã hội trong nghiên cứu hợp tác khoa học đã thu hút được nhiều sự chú ý trên toàn thế giới. Kỹ thuật này có thể được sử dụng để khám phá cộng đồng khoa học Việt Nam. Phương pháp: Bài báo này sử dụng lý thuyết mạng để khám phá các đặc điểm của một mạng lưới gồm 412 nhà khoa học xã hội Việt Nam mà các công trình của họ được lập chỉ mục trong cơ sở dữ liệu Scopus. Hai chỉ số mạng cơ bản, mật độ và hệ số cụm, đã được thu thập, và toàn bộ mạng lưới đã được nghiên cứu so sánh với hai thành phần lớn nhất của nó. Kết quả: Các kết nối trong mạng lưới rất thưa thớt, với mật độ chỉ đạt 0,47%, trong khi hệ số cụm là rất cao (58,64%). Điều này cho thấy việc truyền bá thông tin, kiến thức và chuyên môn trong mạng lưới là không hiệu quả. Thứ hai, sự chênh lệch trong mức độ kết nối giữa các cá nhân cho thấy rằng mạng lưới rất dễ bị tan vỡ nếu một vài nút có kết nối cao bị loại bỏ. Cuối cùng, hai thành phần lớn nhất của mạng lưới được phát hiện có sự khác biệt so với toàn bộ mạng trong các chỉ số và đều được dẫn dắt bởi các nhà nghiên cứu có năng suất và kết nối tốt nhất. Kết luận: Hệ số cụm cao và mật độ thấp dường như liên quan đến việc truyền bá chuyên môn không hiệu quả giữa các nhà khoa học xã hội Việt Nam và do đó dẫn đến sản lượng khoa học thấp. Ngoài ra, mạng lưới còn kém vững chắc, cho thấy tiềm năng của một tầng lớp trí thức ưu tú gồm những cá nhân có sự kết nối tốt, có năng suất và có vai trò xã hội quan trọng.
#Social network analysis #network characteristics #network visualization #research output. #science collaboration