Chẩn đoán huyết thanh virus Zika (ZIKV) bằng phương pháp ELISA mới dựa trên NS1 không có sự phản ứng chéo với kháng thể virus dengue: một nghiên cứu đa nhóm về hiệu suất xét nghiệm, 2015 đến 2016 Eurosurveillance - Tập 21 Số 50 - 2016
Katja Steinhagen, Christian Probst, Christiane Radzimski, Jonas Schmidt‐Chanasit, Petra Emmerich, Marjan Van Esbroeck, Janke Schinkel, Martin P. Grobusch, Abraham Goorhuis, Jens M. Warnecke, Erik Lattwein, Lars Komorowski, Andrea Deerberg, Sandra Saschenbrecker, W. Stöcker, W Schlumberger
Chẩn đoán huyết thanh virus Zika (ZIKV) gặp khó khăn do sự phản ứng chéo cao giữa các flavivirus. Chúng tôi đã đánh giá hiệu suất chẩn đoán của một phương pháp ELISA chống ZIKV mới dựa trên protein phi cấu trúc 1 (NS1) tái tổ hợp của virus Zika. Độ nhạy của xét nghiệm được kiểm tra bằng cách sử dụng huyết thanh từ 27 bệnh nhân có kết quả RT-PCR xác nhận và 85 bệnh nhân nghi ngờ nhiễm ZIKV. Tính đặc hiệu được phân tích bằng cách sử dụng huyết thanh từ 1.015 cá nhân khỏe mạnh. Mẫu từ 252 bệnh nhân nhiễm virus dengue (n = 93), virus Tây Nile (n = 34), virus viêm não Nhật Bản (n = 25), virus chikungunya (n = 19) hoặc Plasmodium spp. (n = 69) và từ 12 cá nhân đã tiêm vaccine sốt vàng cũng được kiểm tra. Trong các mẫu ZIKV xác nhận được thu thập trong vòng ≥ 6 ngày sau khi khởi phát triệu chứng, độ nhạy của ELISA là 58.8% (khoảng tin cậy (CI): 36.0–78.4) cho IgM, 88.2% (95% CI: 64.4–98.0) cho IgG, và 100% (95% CI: 78.4–100) cho IgM/IgG, với độ đặc hiệu 99.8% (95% CI: 99.2–100). Không phát hiện sự phản ứng chéo với kháng thể virus dengue ở mức cao. Trong số các bệnh nhân có khả năng có kháng thể phản ứng chéo, tỷ lệ dương tính với chống ZIKV lần lượt là 0.8% (95% CI: 0–3.0) và 0.4% (95% CI: 0–2.4) cho IgM và IgG. Cung cấp độ đặc hiệu cao và phản ứng chéo thấp, ELISA dựa trên NS1 có tiềm năng hỗ trợ trong việc tư vấn cho bệnh nhân, phụ nữ mang thai và khách du lịch sau khi trở về từ các vùng dịch ZIKV.
PCR đa mồi để phát hiện các yếu tố kháng colistin có thể chuyển giao qua plasmid, mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 và mcr-5 cho mục đích giám sát Eurosurveillance - Tập 23 Số 6 - 2018
Ana Rita Rebelo, Valeria Bortolaia, Jette Kjeldgaard, Susanne Karlsmose Pedersen, Pimlapas Leekitcharoenphon, Inge M. Hansen, Beatriz Guerra, Burkhard Malorny, Maria Borowiak, Jens A. Hammerl, Antonio Battisti, Alessia Franco, Patricia Alba, Agnès Perrin-Guyomard, Sophie A. Granier, Cristina De Frutos Escobar, Surbhi Malhotra‐Kumar, Laura Villa, Alessandra Carattoli, René S. Hendriksen
Bối cảnh và mục tiêu
Cơ chế kháng colistin trung gian qua plasmid đã được xác định trên toàn cầu trong những năm gần đây. Một phác đồ phản ứng đa mồi khuếch đại (PCR đa mồi) để phát hiện tất cả các gen kháng colistin có thể chuyển giao đã biết đến nay (mcr-1 đến mcr-5, và các biến thể) trong Enterobacteriaceae đã được phát triển cho mục đích giám sát hoặc nghiên cứu. Phương pháp: Chúng tôi đã thiết kế bốn cặp mồi mới để khuếch đại các sản phẩm gen mcr-1, mcr-2, mcr-3 và mcr-4 và sử dụng các mồi được mô tả ban đầu cho mcr-5 để đạt được sự phân tách từng bước khoảng 200 bp giữa các sản phẩm khuếch đại. Các cặp mồi và điều kiện khuếch đại cho phép phát hiện đơn hay đa các gen mcr đã được mô tả hiện nay và các biến thể của chúng có mặt trong Enterobacteriaceae. Phác đồ này đã được kiểm chứng bằng cách thử nghiệm 49 chủng Escherichia coli và Salmonella có nguồn gốc động vật ở châu Âu. Kết quả: Kết quả PCR đa mồi trong các chủng bò và lợn từ Tây Ban Nha, Đức, Pháp và Ý cho thấy sự tương thích hoàn toàn với dữ liệu trình tự toàn bộ genome. Phương pháp này đã phát hiện được mcr-1, mcr-3 và mcr-4 như các đơn lẻ hoặc kết hợp chúng, khi chúng có mặt trong các chủng kiểm tra. Một biến thể mới của mcr-4, mcr-4.6**, cũng đã được xác định. Kết luận: Phương pháp này cho phép nhận diện nhanh chóng vi khuẩn dương tính với mcr và vượt qua các thách thức trong phát hiện kháng colistin bằng kiểu hình. PCR đa mồi nên đặc biệt hữu ích trong các phòng thí nghiệm có nguồn lực hạn chế trong việc phân tích di truyền khi nó cung cấp thông tin về cơ chế kháng colistin mà không đòi hỏi trình tự genome.
#Colistin kháng #PCR đa mồi #mcr-1 đến mcr-5 #Enterobacteriaceae #giám sát #khoa học di truyền #kháng khuẩn #phương pháp phân tử #[Escherichia coli] #[Salmonella]
Phát hiện coronavirus mới 2019 (2019-nCoV) bằng kỹ thuật RT-PCR thời gian thực Eurosurveillance - Tập 25 Số 3 - 2020
Victor M. Corman, Olfert Landt, Marco Kaiser, Richard Molenkamp, Adam Meijer, Daniel K. W. Chu, Tobias Bleicker, Sebastian Brünink, Julia Schneider, Marie Luisa Schmidt, Daphne G.J.C. Mulders, Bart L. Haagmans, Bas van der Veer, Sharon van den Brink, Lisa Wijsman, Gabriel Goderski, Jean-Louis Romette, Joanna Ellis, Maria Zambon, Malik Peiris, Herman Goossens, Chantal Reusken, Marion Koopmans, Christian Drosten
Bối cảnh
Trong bối cảnh dịch bùng phát liên tục của coronavirus mới xuất hiện gần đây (2019-nCoV), các phòng thí nghiệm y tế công cộng đang gặp phải thách thức do chưa có được các mẫu virus cách ly, trong khi ngày càng có nhiều bằng chứng cho thấy dịch bệnh lan rộng hơn so với dự đoán ban đầu và sự lây lan quốc tế qua khách du lịch đang xảy ra.
Mục tiêu
Chúng tôi đặt mục tiêu phát triển và triển khai một phương pháp chẩn đoán mạnh mẽ để sử dụng trong môi trường phòng thí nghiệm y tế công cộng mà không cần có sẵn mẫu virus thực tế.
Phương pháp
Chúng tôi trình bày một quy trình chẩn đoán được xác thực cho 2019-nCoV, với thiết kế dựa trên quan hệ gen gần gũi của 2019-nCoV với coronavirus SARS, tận dụng công nghệ axit nucleic tổng hợp.
Kết quả
Quy trình này phát hiện chính xác 2019-nCoV và phân biệt 2019-nCoV với SARS-CoV. Thông qua sự phối hợp giữa các phòng thí nghiệm học thuật và công lập, chúng tôi đã xác nhận tính độc quyền của kết quả thử nghiệm dựa trên 297 mẫu lâm sàng gốc có chứa đầy đủ phổ virus đường hô hấp ở người. Vật liệu kiểm soát được cung cấp thông qua European Virus Archive – Global (EVAg), một dự án cơ sở hạ tầng của Liên minh Châu Âu.
Kết luận
Nghiên cứu hiện tại chứng minh năng lực phản ứng mạnh mẽ đạt được thông qua sự phối hợp giữa các phòng thí nghiệm học thuật và công lập trong các mạng lưới nghiên cứu quốc gia và châu Âu.
#2019-nCoV #chẩn đoán #RT-PCR #y tế công cộng #lây lan quốc tế #phối hợp phòng thí nghiệm #phương pháp mạnh mẽ #kiểm soát dịch bệnh #công nghệ axit nucleic tổng hợp
Where has all the influenza gone? The impact of COVID-19 on the circulation of influenza and other respiratory viruses, Australia, March to September 2020 Eurosurveillance - Tập 25 Số 47 - 2020
Sheena G. Sullivan, Sandra J. Carlson, Allen C. Cheng, Monique Chilver, Dominic E. Dwyer, Melissa Irwin, Jen Kok, Kristine Macartney, Jennifer H MacLachlan, Cara A Minney‐Smith, David W. Smith, Nigel Stocks, Bruce Taylor, Ian Barr
The coronavirus disease pandemic was declared in March 2020, as the southern hemisphere’s winter approached. Australia expected co-circulation of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, influenza and other seasonal respiratory viruses. However, influenza notifications were 7,029 (March–September) compared with an average 149,832 for the same period in 2015–2019*, despite substantial testing. Restrictions on movement within and into Australia may have temporarily eliminated influenza. Other respiratory pathogens also showed remarkably changed activity in 2020.
Monkeypox DNA levels correlate with virus infectivity in clinical samples, Israel, 2022 Eurosurveillance - Tập 27 Số 35 - 2022
Nir Paran, Yfat Yahalom-Ronen, Ohad Shifman, Shirley Lazar, Ronen Ben‐Ami, Michal Yakubovsky, Itzchak Levy, Anat Wieder-Feinsod, Sharon Amit, Michal Katzir, Noga Carmi-Oren, Ariela Levcovich, Mirit Hershman-Sarafov, Alona Paz, Rebecca Thomas, Hadas Tamir, Lilach Cherry-Mimran, Noam Erez, Sharon Melamed, Moria Barlev-Gross, Shay Karmi, Boaz Politi, Hagit Achdout, Shay Weiss, Haim Levy, Ofir Schuster, Adi Beth-Din, Tomer Israely
The current monkeypox virus global spread and lack of data regarding clinical specimens’ infectivity call for examining virus infectivity, and whether this correlates with results from PCR, the available diagnostic tool. We show strong correlation between viral DNA amount in clinical specimens and virus infectivity toward BSC-1 cell line. Moreover, we define a PCR threshold value (Cq ≥ 35, ≤ 4,300 DNA copies/mL), corresponding to negative viral cultures, which may assist risk-assessment and decision-making regarding protective-measures and guidelines for patients with monkeypox.
Community transmission of monkeypox in the United Kingdom, April to May 2022 Eurosurveillance - Tập 27 Số 22 - 2022
Roberto Vivancos, Charlotte Anderson, Paula Blomquist, Sooria Balasegaram, Anita Bell, Louise Bishop, Colin Brown, Yimmy Chow, Obaghe Edeghere, Isaac Florence, Sarah Logan, Petra Manley, William Crowe, Andrew McAuley, Ananda Giri Shankar, Borja Mora-Peris, Karthik Paranthaman, Mateo Prochazka, Cian Ryan, David Simons, Richard Vipond, Chloe Byers, Nicholas A. Watkins, William Welfare, Elizabeth Whittaker, Claire Dewsnap, Allegra Wilson, Yvonne Young, Meera Chand, Steven Riley, Susan Hopkins
Between 7 and 25 May, 86 monkeypox cases were confirmed in the United Kingdom (UK). Only one case is known to have travelled to a monkeypox virus (MPXV) endemic country. Seventy-nine cases with information were male and 66 reported being gay, bisexual, or other men who have sex with men. This is the first reported sustained MPXV transmission in the UK, with human-to-human transmission through close contacts, including in sexual networks. Improving case ascertainment and onward-transmission preventive measures are ongoing.
Family cluster of three cases of monkeypox imported from Nigeria to the United Kingdom, May 2021 Eurosurveillance - Tập 26 Số 32 - 2021
Gemma Hobson, James P. Adamson, Hugh Adler, Richard Firth, Susan Gould, Catherine Houlihan, Christopher Johnson, David A. Porter, Tommy Rampling, Libuše Ratcliffe, Katherine Russell, Ananda Giri Shankar, Tom Wingfield
Most reported cases of human monkeypox occur in Central and West Africa, where the causing virus is endemic. We describe the identification and public health response to an imported case of West African monkeypox from Nigeria to the United Kingdom (UK) in May 2021. Secondary transmission from the index case occurred within the family to another adult and a toddler. Concurrent COVID-19-related control measures upon arrival and at the hospital, facilitated detection and limited the number of potential contacts.
Letter to the editor: Plenty of coronaviruses but no SARS-CoV-2 Eurosurveillance - Tập 25 Số 8 - 2020
Philippe Colson, Bernard La Scola, Véra Esteves-Vieira, Läétitia Ninove, Christine Zandotti, Marie-Thérèse Jimeno, Céline Gazin, Marielle Bedotto, Véronique Filosa, Audrey Giraud‐Gatineau, Hervé Chaudet, Philippe Brouqui, Jean‐Christophe Lagier, Didier Raoult
Outbreak of West Nile virus infection in humans, Romania, July to October 2010 Eurosurveillance - Tập 16 Số 2 - 2011
Anca Sîrbu, Cornelia Svetlana Ceianu, Raluca Panculescu-Gatej, Ana Vázquez, Antônio Tenório, R Rebreanu, Matthias Niedrig, Gabriela Nicolescu, Adriana Pistol
Binary file ES_Abstracts_Final_ECDC.txt matches
Human case of autochthonous West Nile virus lineage 2 infection in Italy, September 2011 Eurosurveillance - Tập 16 Số 43 - 2011
Maria Carla Re, Katia Marinelli, D Trotta, Alessia Monachetti, Marcello Tavio, Romana del Gobbo, Maria Rosaria Capobianchi, Stefano Menzo, Loredana Nicoletti, Fabio Magurano, Pietro E. Varaldo
Binary file ES_Abstracts_Final_ECDC.txt matches
