phytools: một gói R cho sinh học so sánh phát sinh chủng loài (và những điều khác)

Methods in Ecology and Evolution - Tập 3 Số 2 - Trang 217-223 - 2012
Liam J. Revell

Tóm tắt

Tóm tắt

1. Tại đây, tôi trình bày một gói phần mềm phát sinh chủng loài đa chức năng mới, phytools, dành cho môi trường tính toán thống kê R.

2. Trọng tâm của gói này là các phương pháp cho sinh học so sánh phát sinh chủng loài; tuy nhiên, nó cũng bao gồm các công cụ cho việc suy diễn cây, nhập/xuất phát sinh chủng loài, vẽ đồ thị, thao tác và một số nhiệm vụ khác.

3. Tôi mô tả và lập bảng các phương pháp chính được triển khai trong phytools, và bên cạnh đó cung cấp một số minh họa về cách sử dụng nó dưới dạng hai ví dụ tiêu biểu.

4. Cuối cùng, tôi kết luận bằng cách mô tả ngắn gọn một blog trực tuyến mà tôi sử dụng để tài liệu hóa các phát triển hiện tại và tương lai cho phytools. Tôi cũng lưu ý các tài nguyên web khác dành cho phát sinh chủng loài trong môi trường tính toán R.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.2307/1222480

10.1016/j.tree.2004.03.015

10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x

10.1186/1471-2105-7-88

Bradley J.‐C., 2011, Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research, 425

10.1038/436020a

10.1007/s00122-008-0801-8

Csardi G., 2006, The igraph software package for complex network research, InterJournal, Complex Systems, 1695

10.1086/284325

Felsenstein J., 2004, Inferring Phylogenies

10.1086/343873

10.1093/sysbio/42.3.265

Genz A.&Azzalini A.(2011)mnormt: The Multivariate Normal and t Distributions. R Package Version 1.4‐0.http://cran.r‐project.org/package=mnormt.

Gilbert P.(2011)numDeriv: Accurate Numerical Derivatives. R package Version 2010.11‐1.http://cran.r‐project.org/package=numDeriv.

Graffelman J.(2010)calibrate: Calibration of Scatterplot and Biplot Axes. R Package Version 1.7.http://cran.r‐project.org/package=calibrate.

10.1093/bioinformatics/btm538

Harvey P.H., 1991, The Comparative Method in Evolutionary Biology, 10.1093/oso/9780198546412.001.0001

10.1080/10635150390192780

10.1080/10635150701313830

10.18637/jss.v038.i08

10.1111/j.1420-9101.2010.01983.x

10.1525/9780520943735

10.1086/660020

10.1111/j.1558-5646.2010.01026.x

10.1080/10635150290102393

10.1111/j.0014-3820.2006.tb01171.x

10.1038/44766

10.1007/978-0-387-35100-1

10.1093/bioinformatics/btg412

Plummer M., 2006, CODA: convergence diagnosis and output analysis for MCMC, R News, 6, 7

10.1098/rspb.2000.1278

R Development Core Team, 2011, R: A Language and Environment for Statistical Computing

R Hackathon(alphabetically: Bolker B. Butler M. Cowan P. de Vienne D. Eddelbuettel D. Holder M. Jombart T. Kembel S. Michonneau F. Orme D. O’Meara B. Paradis E. Regetz J. Zwickl D.) (2011)phylobase: Base Package for Phylogenetic Structures and Comparative Data. R Package Version 0.6.3.http://cran.r‐project.org/package=phylobase.

10.1016/1055-7903(92)90035-F

10.1086/588078

10.1111/j.1558-5646.2009.00804.x

10.1111/j.2041-210X.2010.00044.x

10.1111/j.1558-5646.2009.00616.x

10.1080/10635150802302427

10.1093/bioinformatics/btn065

Revell L.J., A new method for identifying exceptional phenotypic diversification, Evolution

10.1093/bioinformatics/btq706

10.1111/j.1558-5646.2008.00519.x

Turlach B.A.&Weingessel A.(2010)quadprog: Functions to Solve Quadratic Programming Problems. R Package Version 1.5‐3.http://cran.r‐project.org/package=quadprog.

Xie Y.(2011)animation: A Gallery of Animations in Statistics and Utilities to Create Animations. R Package Version 2.0‐4.http://cran.r‐project.org/package=animation.