Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Giải mã toàn bộ trình tự genom và phân loại thuế Pantoea sp. được phân lập từ mẫu môi trường ở Israel
Tóm tắt
Trong khuôn khổ một nghiên cứu nhằm cách ly các vi khuẩn tiết ra các hợp chất ức chế sự phát triển, các mẫu môi trường đã được cấy các chủng Francisella tularensis và theo dõi vùng ức chế trên môi trường agar. Hai vi khuẩn tiết ra hợp chất tương tự kháng sinh đã được phân lập, trình tự gen của chúng đã được giải mã và phân tích phân loại thuế cho thấy chúng thuộc về chi Pantoea. Hai chủng vi khuẩn cho thấy vùng ức chế đối với F. tularensis (LVS) đã được phân tích bằng công nghệ Oxford Nanopore (ONT). Việc lắp ráp de novo ban đầu của các đọc đã được thực hiện, sau đó là phân loại thuế dựa trên Phân tích Chuỗi Đa Locus (MLSA) và áp dụng thước đo Độ tương đồng Nucleotide Trung bình (ANI). Các trình tự gen đã dẫn đến việc xác định hai loài Pantoea khác nhau, được ký hiệu là EnvD và EnvH. Việc lắp ráp gen de novo tiếp theo đã tạo ra 5 và 10 contig cho EnvD và EnvH, tương ứng. Contig lớn nhất (4.008.183 bps cho EnvD và 3.740.753 bps cho EnvH) có sự chồng lặp lớn với nhiễm sắc thể của các loài Pantoea có liên quan chặt chẽ. Giá trị ANI được tính cho cả hai chủng đã tiết lộ hai loài dường như mới thuộc chi Pantoea. Nghiên cứu của chúng tôi đã làm sáng tỏ danh tính của hai vi khuẩn sản xuất hợp chất tương tự kháng sinh, và trình tự gen tiết lộ rằng chúng đại diện cho các loài Pantoea khác nhau.
Từ khóa
#Pantoea #Francisella tularensis #kháng sinh #giải mã gen #phân loại thuếTài liệu tham khảo
Tambong JT. Taxogenomics and systematics of the genus Pantoea. Front Microbiol. 2019;10:2463.
Agarwal G, Choudhary D, Stice SP, MyersGitaitis BKRD, Venter SN, et al. Pan-genome-wide analysis of Pantoea ananatis identified genes linked to pathogenicity in onion. Front Microbiol. 2021;12:684756.
Agarwal G, Gitaitis RD, Dutta B. Pan-Genome of novel Pantoea stewartii subsp indologenes reveals genes involved in onion pathogenicity and evidence of lateral gene transfer. Microorganisms. 2021;9(8):1761.
Stice SP, Shin GY, De Armas S, Koirala S, Galvan GA, Siri MI, et al. The distribution of onion virulence gene clusters among Pantoea spp. Front Plant Sci. 2021;12:643787.
Data file 1: Sequencing and assembly metrics. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15111765.v1 (2021).
Kolmogorov M, Bickhart DM, Behsaz B, Gurevich A, Rayko M, Shin SB, et al. metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs. Nat Methods. 2020;17(11):1103–10.
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 1990;215(3):403–10.
Darling AC, Mau B, Blattner FR, Perna NT. Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements. Genome Res. 2004;14(7):1394–403.
Data file 2: Alignment of contigs to a reference genome. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15105198.v1 (2021).
Figueras MJ, Beaz-Hidalgo R, Hossain MJ, Liles MR. Taxonomic affiliation of new genomes should be verified using average nucleotide identity and multilocus phylogenetic analysis. Genome Announc. 2014;2(6):e00927-14.
Arahal DR. Whole-genome analyses: Average Nucleotide Identity. Methods in Microbiology. 2014;41:103–22.
Jain C, Rodriguez RL, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S. High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nat Commun. 2018;9(1):5114.
Konstantinidis KT, Tiedje JM. Genomic insights that advance the species definition for prokaryotes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(7):2567–72.
Goris J, Konstantinidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, Tiedje JM. DNA-DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities. Int J Syst Evol Microbiol. 2007;57(Pt 1):81–91.
Data file 3: Table of ANI scores for Pantoea sp. EnvD and Pantoea sp. EnvH. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19204658.v2 (2022).
Richter M, Rossello-Mora R. Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106(45):19126–31.
Tambong JT, Xu R, Kaneza CA, Nshogozabahizi JC. An in-depth analysis of a multilocus phylogeny identifies leuS As a reliable phylogenetic marker for the genus Pantoea. Evol Bioinform Online. 2014;10:115–25.
Deletoile A, Decre D, Courant S, Passet V, Audo J, Grimont P, et al. Phylogeny and identification of Pantoea species and typing of Pantoea agglomerans strains by multilocus gene sequencing. J Clin Microbiol. 2009;47(2):300–10.
Katoh K, Standley DM. MAFFT: iterative refinement and additional methods. Methods Mol Biol. 2014;1079:131–46.
Guindon S, Dufayard JF, Lefort V, Anisimova M, Hordijk W, Gascuel O. New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0. Syst Biol. 2010;59(3):307–21.
Lemoine F, Correia D, Lefort V, Doppelt-Azeroual O, Mareuil F, Cohen-Boulakia S, et al. NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists. Nucleic Acids Res. 2019;47(W1):W260–5.
Data file 4: Phylogenetics analyses. Figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15111588.v3 (2021).
National Center for Biotechnology Information. Sequence Read Archive. https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP316834 (2021).
National Center for Biotechnology Information. Assembly. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/JAGTWO01?display=contigs (2021).
National Center for Biotechnology Information. Assembly. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/JAGTWN01?display=contigs (2021).