SỰ TRUNG GIAN CỦA NƯỚC TRONG QUÁ TRÌNH GẬP PROTEIN VÀ NHẬN DIỆN PHÂN TỬ

Annual Reviews - Tập 35 Số 1 - Trang 389-415 - 2006
Yaakov Levy1, José N. Onuchic2
1Center for Theoretical Biological Physics and Department of Physics, University of California at San Diego, La Jolla, California 92093, USA.
2Center for Theoretical Biological Physics and Department of Physics, University of California at San Diego, La Jolla, California 92093

Tóm tắt

Nước là yếu tố thiết yếu cho sự sống theo nhiều cách, và nếu không có nó, các phân tử sinh học có thể không còn thực sự là các phân tử sinh học. Đặc biệt, nước đóng vai trò quan trọng đối với cấu trúc, tính ổn định, động lực học và chức năng của các đại phân tử sinh học. Trong quá trình gập protein, nước trung gian hóa việc co rút chuỗi và tìm kiếm hình thái tự nhiên thông qua một cảnh quan năng lượng hình phễu. Nước tham gia tích cực vào việc nhận diện phân tử bằng cách trung gian hóa các tương tác giữa các đối tác liên kết và góp phần vào việc ổn định nhiệt hay entropic. Do đó, nước phải được đưa vào các mã nhận diện và dự đoán cấu trúc để nắm bắt tính đặc hiệu. Vì vậy, nước không nên được coi như một môi trường trơ, mà thực sự là một thành phần tích cực và không thể tách rời của các hệ thống phân tử sinh học, nơi nó có cả vai trò động học và cấu trúc. Việc tập trung vào nước làm sáng tỏ vật lý và chức năng của các máy móc sinh học và quá trình tự lắp ghép, đồng thời có thể nâng cao sự hiểu biết của chúng ta về thiết kế tự nhiên của protein và axit nucleic.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/0009-2614(95)00905-J

10.1126/science.1615323

10.1529/biophysj.104.056671

10.1021/jp047994q

10.1016/j.sbi.2005.02.001

Ball P, 1999, H2O: A Biography of Water

10.1038/4361084a

10.1021/bi971323j

10.1016/j.cbpa.2004.10.003

10.1073/pnas.0930122100

10.1073/pnas.0308633101

10.1073/pnas.91.3.1089

10.1021/jp020100m

10.1002/anie.199315451

10.1006/jmbi.1998.1843

10.1002/prot.340210302

10.1073/pnas.84.21.7524

10.1016/S0969-2126(99)80064-1

Calladine CR, 2004, Understanding DNA: The Molecule and How It Works

10.1016/S0076-6879(04)80016-8

10.1038/nature04162

10.1021/ja049510+

10.1038/33653

10.1073/pnas.022387699

10.1073/pnas.0502495102

10.1016/j.jmb.2004.10.083

10.1073/pnas.100547897

10.1006/jmbi.2000.3693

10.1006/jmbi.2001.4482

10.1146/annurev.ph.54.030192.003051

10.1016/j.cpc.2005.03.030

10.1038/333816a0

10.1016/S0022-2836(02)00386-8

10.1073/pnas.0501748102

10.1006/jmbi.1994.0055

10.1038/6692

10.1021/bi00483a001

10.1146/annurev.biophys.34.040204.144517

10.1098/rstb.2004.1494

10.1021/bi9607214

10.1038/319199a0

10.1006/jmbi.1995.0250

10.1073/pnas.0403486101

10.1021/ja00145a047

10.1126/science.7892604

10.1002/prot.10377

10.1016/j.sbi.2004.03.009

10.1073/pnas.212637899

10.1073/pnas.0136888100

10.1073/pnas.0304180101

10.1016/j.jmb.2005.09.078

10.1016/S0022-2836(03)00720-4

10.1074/jbc.M505706200

10.1039/fd9960300001

10.1063/1.1668057

10.1002/(SICI)1097-0134(20000215)38:3<261::AID-PROT3>3.0.CO;2-Q

10.1073/pnas.2335541100

10.1073/pnas.89.19.9029

10.1016/S0006-3495(03)74454-3

10.1073/pnas.0308315101

10.1110/ps.0217702

10.1016/j.cplett.2004.09.140

10.1110/ps.0214002

10.1073/pnas.96.26.14848

10.1111/j.1464-5491.1993.tb00176.x

10.1063/1.1766017

10.1073/pnas.1934837100

10.1016/S0301-0104(00)00115-4

10.1016/S0969-2126(00)88333-1

10.1146/annurev.biophys.33.110502.140414

10.1016/S0969-2126(00)00501-3

10.1073/pnas.93.1.13

10.1073/pnas.0731771100

10.1016/S0065-3233(08)60608-7

10.1016/S0022-2836(02)01434-1

10.1529/biophysj.104.057471

10.1021/ja00085a066

10.1038/35051719

10.1073/pnas.0404570101

10.1006/jmbi.2001.5037

10.1016/j.febslet.2005.03.056

10.1021/ja00332a006

10.1016/S1074-5521(96)90164-7

10.1002/(SICI)1097-0134(19990501)35:2<133::AID-PROT1>3.0.CO;2-N

10.1016/S0958-1669(02)00337-3

10.1073/pnas.89.18.8721

10.1016/0969-2126(93)90011-5

10.1016/j.jmb.2004.04.028

10.1016/j.jmb.2004.12.021

10.1073/pnas.041611998

10.1073/pnas.0400157101

10.1021/ar040204a

10.1560/XGCB-WUHN-JRJC-BV0Y

10.1073/pnas.2534828100

10.1038/nature03926

10.1016/j.jmb.2005.03.084

10.1021/jp984327m

10.1021/ar0100273

10.1016/S0968-0004(02)02067-4

10.1002/pro.5560011203

10.1016/j.jmb.2004.10.036

10.1073/pnas.2232868100

10.1021/ja049701c

10.1021/jp045903j

10.1146/annurev.physchem.48.1.545

10.1016/j.sbi.2004.01.009

10.1126/science.1948083

10.1016/0076-6879(86)31045-0

10.1073/pnas.042697899

10.1021/cr020689l

10.1073/pnas.0307851100

10.1021/ja034729u

10.1002/prot.20511

10.1073/pnas.96.2.481

10.1016/j.jmb.2004.02.039

10.1021/cr000692+

10.1002/pro.5560060210

10.1002/(SICI)1097-0134(19990101)34:1<17::AID-PROT3>3.0.CO;2-1

10.1073/pnas.0307898101

10.1006/jmbi.1993.1586

10.1002/prot.20478

10.1016/S0301-4622(98)00226-9

10.1016/S0006-3495(04)74252-6

10.1021/bi9626057

10.1016/0076-6879(86)27014-7

10.1016/S0959-440X(02)00287-7

10.1016/S0959-440X(97)80016-4

10.1016/j.jmb.2004.08.105

10.1038/368469a0

10.1126/science.2011744

10.1073/pnas.96.22.12512

10.1073/pnas.242293099

10.1006/jmbi.1998.1688

10.1073/pnas.160259697

10.1038/6640

10.1006/jmbi.1999.2929

10.1016/S1359-0278(98)00068-6

10.1021/jp990434k

10.1016/j.jmb.2004.02.024

10.1021/bi00166a011

10.1016/S0065-3233(08)60241-7

10.1103/PhysRevLett.88.138101

10.1016/S0065-3233(08)60656-7

10.1002/bip.10290

10.1021/bi970247h

10.1016/S0006-3495(98)77660-X

10.1093/protein/10.9.999

10.1073/pnas.142430099

10.1126/science.1101176

10.1021/ja004206b

Thông tin
Thông tin xuất bản

Annual Reviews

Tập 35 Số 1

389-415

Thông tin tác giả