Phân tích cộng đồng vi sinh vật với năng suất cực cao trên nền tảng Illumina HiSeq và MiSeq

ISME Journal - Tập 6 Số 8 - Trang 1621-1624 - 2012
J. Gregory Caporaso1, Christian L. Lauber2, William A. Walters3, Donna Berg-Lyons2, James S Huntley4, Noah Fierer2,5, Sarah M. Owens6, Jason Betley7, Louise Fraser7, Markus Bauer7, Niall Gormley7, Jack A. Gilbert8,9, Geoff Smith7, Rob Knight10,11
1Department of Computer Science, Northern Arizona University , Flagstaff, AZ , USA
2Cooperative Institute for Research in Environmental Sciences, UCB 216, University of Colorado , Boulder, CO , USA
3Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology, UCB 347, University of Colorado , Boulder, CO , USA
4Colorado Initiative in Molecular Biotechnology, UCB 347, University of Colorado , Boulder, CO , USA
5Department of Ecology and Evolutionary Biology, UCB 334, University of Colorado , Boulder, Colorado , USA
6Argonne National Laboratory, Argonne, IL, USA
7Illumina Cambridge Ltd., Chesterford Research Park, Saffron Walden , Essex , UK
8Department of Ecology and Evolution, University of Chicago , Chicago, IL , USA
9Department of Ecology and Evolution, University of Chicago, Chicago, IL, USA
10Department of Chemistry and Biochemistry, UCB 215, University of Colorado , Boulder, CO , USA
11Howard Hughes Medical Institute, University of Colorado at Boulder, UCB 215 , Boulder, CO , USA

Tóm tắt

Tóm tắt Giải trình tự DNA tiếp tục giảm chi phí, với Illumina HiSeq2000 có thể tạo ra tới 600 Gb dữ liệu đọc cặp 100 nucleotide trong một chu kỳ mười ngày. Trong nghiên cứu này, chúng tôi trình bày một giao thức cho việc giải trình tự amplicon cộng đồng trên các nền tảng HiSeq2000 và MiSeq của Illumina, và áp dụng giao thức này để giải trình tự 24 cộng đồng vi sinh vật từ các môi trường liên kết với vật chủ và sống tự do. Một câu hỏi quan trọng khi ngày càng có nhiều nền tảng giải trình tự ra đời là liệu các kết luận sinh học dựa trên một nền tảng có nhất quán với những gì sẽ nhận được từ một nền tảng khác hay không. Chúng tôi đã chỉ ra rằng giao thức phát triển cho các thiết bị này đã lấy lại thành công các kết quả sinh học đã biết, và thêm vào đó, các kết luận sinh học là nhất quán giữa các nền tảng giải trình tự (HiSeq2000 so với MiSeq) và giữa các vùng được giải trình tự của các amplicon.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Bartram, 2011, Generation of multimillion-sequence 16S rRNA gene libraries from complex microbial communities by assembling paired-end illumina reads, Appl Environ Microbiol, 77, 3846, 10.1128/AEM.02772-10

Caporaso, 2011, Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample, Proc Natl Acad Sci USA, 108, 4516, 10.1073/pnas.1000080107

Costello, 2009, Bacterial community variation in human body habitats across space and time, Science, 326, 1694, 10.1126/science.1177486

Gilbert, 2010, The Earth Microbiome Project: meeting report of the ‘1 EMP meeting on sample selection and acquisition’ at Argonne National Laboratory October 6 2010, Stand Genomic Sci, 3, 249, 10.4056/aigs.1443528

Gower, 1975, Generalized procrustes analysis, Psychometrika, 40, 33, 10.1007/BF02291478

Kuczynski, 2010, Microbial community resemblance methods differ in their ability to detect biologically relevant patterns, Nat Methods, 7, 813, 10.1038/nmeth.1499

Ley, 2008, Worlds within worlds: evolution of the vertebrate gut microbiota, Nat Rev Microbiol, 6, 776, 10.1038/nrmicro1978

Tringe, 2008, A renaissance for the pioneering 16S rRNA gene, Curr Opin Microbiol, 11, 442, 10.1016/j.mib.2008.09.011

Zhou, 2011, BIPES, a cost-effective high-throughput method for assessing microbial diversity, ISME J, 5, 741, 10.1038/ismej.2010.160

Thông tin
Thông tin xuất bản

ISME Journal

Tập 6 Số 8

1621-1624

Thông tin tác giả