Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Chương trình XEASY cho phân tích phổ NMR hỗ trợ bởi máy tính của các đại phân tử sinh học
Tóm tắt
Một gói chương trình mới, XEASY, đã được viết để hỗ trợ tương tác máy tính trong phân tích phổ NMR nhằm xác định cấu trúc ba chiều của các đại phân tử sinh học. XEASY được phát triển để làm việc với các bộ dữ liệu NMR 2D, 3D và 4D. Nó bao gồm tất cả các chức năng được thực hiện bởi chương trình tiền thân EASY, được thiết kế cho phân tích phổ NMR 2D, tức là, chọn đỉnh và hỗ trợ phân công cộng hưởng đặc hiệu theo chuỗi, phân công đỉnh chéo, tích hợp đỉnh chéo và xác định hằng số tốc độ cho các quá trình động học. Vì chương trình sử dụng hệ thống X-window và tập hợp widget Motif, nó có thể chuyển đổi và sử dụng trên nhiều trạm làm việc UNIX khác nhau. Mục tiêu thiết kế là cung cấp hỗ trợ máy tính tối đa cho phân tích phổ, đồng thời đem lại cho người dùng quyền kiểm soát hoàn toàn đối với các phân công cộng hưởng cuối cùng. Các tính năng kỹ thuật quan trọng của XEASY bao gồm việc sử dụng và hiển thị trực quan linh hoạt các 'dải', tức là các vùng phổ hai chiều chứa các phần liên quan của phổ NMR 3D hoặc 4D, các quy trình sắp xếp tự động để thu hẹp các lựa chọn dải cần được xem xét tương tác trong một bước phân công nhất định, một giao thức phân công cộng hưởng có thể được sử dụng cho việc ghi chép đáng tin cậy, độc lập với chiến lược phân công được sử dụng, và khả năng xử lý đúng đắn vấn đề gấp khúc phổ cũng như truyền đạt hiệu quả các phân công cộng hưởng giữa các phổ khác loại và các chiều khác nhau, bao gồm các thí nghiệm ba cộng hưởng trong các chiều giảm dự kiến.
Từ khóa
#XEASY #phổ NMR #phân tích cấu trúc ba chiều #đại phân tử sinh học #cộng hưởng #máy tính hỗ trợTài liệu tham khảo
BartelsC. and WüthrichK. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 775–785.
BaxA., CloreG.M. and GronenbornA.M. (1990) J. Magn. Reson., 88, 425–431.
BaxA. and GrzesiekS. (1993) Acc. Chem. Res., 26, 131–138.
BernsteinR., CieslarC., RossA., OschkinatH., FreundJ. and HolakT.A. (1993) J. Biomol. NMR, 3, 245–251.
BilleterM., BasusV.J. and KuntzI.D. (1988) J. Magn. Reson., 76, 400–415.
BushwellerJ., BilleterM., HolmgrenA. and WüthrichK. (1994) J. Mol. Biol., 235, 1585–1597.
CieslarC., CloreG.M. and GronenbornA.M. (1988) J. Magn. Reson, 80, 119–127.
DriscollP.C., CloreG.M., MarionD., WingfieldP.T. and GronenbornA.M. (1990) Biochemistry, 29, 3542–3556.
EadsC.D. and KuntzI.D. (1989) J. Magn. Reson., 82, 467–482.
EcclesC., GüntertP., BilleterM. and WüthrichK. (1991) J. Biomol. NMR, 1, 111–130.
FesikS.W. and ZuiderwegE.R.P. (1988) J. Magn. Reson., 78, 588–593.
GarretD.S., PowersR., GronenbornA.M. and CloreG.M. (1991) J. Magn. Reson., 95, 214–220.
GlaserS. and KalbitzerH.R. (1987) J. Magn. Reson., 74, 450–463.
GrahnH., DelaglioF., DelsueM.A. and LevyG.C. (1988) J. Magn. Reson., 77, 294–307.
GrayB.N. and BrownL.R. (1991) J. Magn. Reson., 95, 320–340.
GrossK.-H. and KalbitzerH.R. (1988) J. Magn. Reson., 76, 87–99.
GrzesiekS. and BaxA. (1992a) J. Am. Chem. Soc., 114, 6291–6293.
GrzesiekS. and BaxA. (1992b) J. Magn. Reson, 99, 201–207.
GüntertP., QianY.Q., OttingG., MüllerM., GehringW. and WüthrichK. (1991) J. Mol. Biol., 217, 531–540.
GüntertP., DötschV., WiderG. and WüthrichK. (1992) J. Biomol. NMR, 2, 619–629.
GüntertP., BerndtK.D. and WüthrichK. (1993) J. Biomol. NMR, 3, 601–606.
HareB.J. and PrestegardJ.H. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 35–46.
HellerD. (1991) Motif Programming Manual, O'Reilly & Associates, Inc., Sebastopol, CA.
HochJ.C., HengyiS., KjærM., LudvigsenS. and PoulsenF.M. (1987) Carlsberg Res. Commun., 52, 111–122.
IkuraM., KayL.E., TschudinR. and BaxA. (1989) J. Magn. Reson., 86, 204–209.
IkuraM., KayL.E. and BaxA. (1990) Biochemistry, 29, 4659–4667.
JungnickelD. (1990) Graphen, Netzwerke und Algorithmen, Bibliographisches Institut Wissenschaftsverlag, Mannheim.
KleywegtG.J., LamerichsR.M.J.N., BoelensR. and KapteinR. (1989) J. Magn. Reson., 85, 186–197.
KleywegtG.J., BoelensR., CoxM., LlinásM. and KapteinR. (1991) J. Biomol. NMR, 1, 111–130.
KleywegtG.J., VuisterG.W., PadillaA., KnegtelR.M.A., BoelensR. and KapteinR. (1993) J. Magn. Reson. Ser. B. 102, 166–176.
KraulisP.J. (1989) J. Magn. Reson., 84, 627–633.
MeadowsR.P., OlejniczakE.T. and FesikS.W. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 79–96.
NeidigK.P., BodenmüllerH. and KalbitzerH.R. (1984) Biochem. Biophys. Res. Commun., 125, 1143–1150.
NovicM., OschkinatH., PfändlerP. and BodenhausenG. (1987) J. Magn. Reson., 73, 493–511.
O'ConnellJ.F., BenderR., EngelsJ.W., KollerK.P., ScharfM. and WüthrichK. (1994) Eur. J. Biochem., 220, 763–770.
PfändlerP., BodenhausenG., MeierB.U. and ErnstR.R. (1985) Anal. Chem., 57, 2510–2516.
PfändlerP. and BodenhausenG. (1990) J. Magn. Reson., 87, 26–45.
RicharzR. and WüthrichK. (1978) Biopolymers, 17, 2133–2141.
ScheiferR.W., GettysJ. and NewmanR. (1988) X Window System C Library and Protocol Reference, Digital Press, Bedford, MA.
SimorreJ.P., BrutscherB., CaffreyM.S. and MarionD. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 325–333.
SpitzfadenC., BraunW., WiderG., WidmerH. and WüthrichK. (1994) J. Biomol. NMR, 4, 463–482.
StatesD.J., HaberkornR.A. and RubenD.J. (1982) J. Magn. Reson., 48, 286–292.
StovenV., MikouA., PiveteauD., GuittetE. and LallemandJ.Y. (1989) J. Magn. Reson. 82, 163–168.
SzyperskiT., WiderG., BushwellerJ.H. and WüthrichK. (1993a) J. Biomol. NMR, 3, 127–132.
SzyperskiT., WiderG., BushwellerJ.H. and WüthrichK. (1993b) J. Am. Chem. Soc., 115, 9307–9308.
SzyperskiT., PellecchiaM. and WüthrichK. (1994a) J. Magn. Reson. Ser. B, 105, 188–191.
SzyperskiT., PellecchiaM., WallD., GeorgopoulosC. and WüthrichK. (1994b) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91, 11343–11347.
Van deVenF.J.M. (1990) J. Magn. Reson., 86, 633–644.
WeberP.L., MalikayilJ.A. and MüllerL. (1989) J. Magn. Reson., 82, 419–426.
WehrensR., LucasiusC., BuydensL. and KatemanG. (1993) J. Chem. Inf. Comput. Sci., 33, 245–251.
WüthrichK., BilleterM. and BraunW. (1983) J. Mol. Biol., 169, 949–961.
WüthrichK. (1986) NMR of Proteins and Nucleic Acids, Wiley, New York, NY.
WüthrichK., SpitzfadenC., MemmertK., WidmerH. and WiderG. (1991) FEBS Lett., 285, 237–247.