Cấu trúc tinh thể của một RNA stem-loop có ái lực cao liên kết với vỏ virus bacteriophage MS2: Những thách thức tiếp theo trong mô hình hóa tương tác ligand–RNA

RNA - Tập 10 Số 11 - Trang 1776-1782 - 2004
W.T. Horn1, M.A. Convery1, Nicola J. Stonehouse1, C.J. Adams1, Lars Liljas2, Simon E. V. Phillips1, Peter G. Stockley1
1Astbury Centre for Structural Molecular Biology, University of Leeds, Leeds LS2 9JT, United Kingdom,
2Department of Cell and Molecular Biology, Uppsala University, SE-751 24 Uppsala, Sweden

Tóm tắt

Chúng tôi đã xác định cấu trúc của một aptamer RNA (F5), chứa 2′-deoxy-2-aminopurine (2AP) tại vị trí −10, kết hợp với protein vỏ MS2 bằng cách ngâm RNA vào các hạt MS2 đã được tinh thể hóa trước. Vị trí −10 của RNA là một yếu tố quan trọng quyết định ái lực liên kết với protein vỏ. Adenine tại vị trí này trong các cấu trúc RNA stem-loop khác tạo ra ba liên kết hydro với các nhóm chức năng của protein. Việc thay thế 2AP cho adenine tại vị trí −10 trong aptamer F5 tạo ra một RNA có ái lực cao nhất được báo cáo cho đến nay đối với protein vỏ. Cấu trúc X-ray đã tinh chỉnh cho thấy cơ sở 2AP tạo ra một liên kết hydro bổ sung với protein so với adenine, điều này có thể là nguồn gốc chính của sự gia tăng ái lực. Cũng có một số thay đổi nhỏ trong vị trí của xương phosphate so với F5 chưa được chỉnh sửa, điều này cũng có thể góp phần vào ái lực. Những chuyển động phosphate như vậy là phổ biến trong cấu trúc của các RNA gắn với vỏ protein MS2 T = 3 và nêu bật những vấn đề trong việc thiết kế mới các ligand liên kết RNA.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1021/bi00019a030

10.1126/science.235.4787.458

2003, RNA, 9, 1282, 10.1261/rna.5102803

10.1107/S0907444994003112

10.1038/nsb0298-133

10.1017/S1355838201002217

10.1021/bi991769v

10.1107/S0108767391001071

10.1098/rsta.1986.0041

10.1006/jmbi.1993.1616

10.1093/nar/28.23.4611

2001, RNA, 7, 1616

10.1093/nar/gkf371

10.1023/A:1026401917416

10.1016/0022-2836(78)90210-3

10.1073/pnas.95.16.9244

1991, Acta Crystallogr. A, 47, 110, 10.1107/S0108767390010224

Kleywegt, G.J. and Jones, T.A. 1994. Halloween. . .masks and bones. In From first map to final model (eds. S. Bailey et al.), pp. 59–66. SERC Daresbury Laboratory, Warnington, England.

10.1016/S0076-6879(97)77029-0

10.1107/S0021889892009944

10.1080/07391102.1988.10506483

10.1016/0042-6822(70)90138-8

1993, J. Gen. Virol., 74, 541, 10.1099/0022-1317-74-4-541

10.1006/abio.1994.1157

10.1107/S0907444995011115

10.1093/nar/28.2.489

10.1038/2946

10.1016/0020-711X(94)90094-9

10.1093/nar/23.13.2512

10.1093/nar/18.12.3521

10.1016/0022-2836(86)90244-5

10.1038/371623a0

10.1006/jmbi.1997.1144

10.1007/BF00355047

10.1093/nar/26.5.1345

10.1016/S0079-6603(08)60842-9

Thông tin
Thông tin xuất bản

RNA

Tập 10 Số 11

1776-1782

Thông tin tác giả