Cấu trúc tinh thể của một RNA stem-loop có ái lực cao liên kết với vỏ virus bacteriophage MS2: Những thách thức tiếp theo trong mô hình hóa tương tác ligand–RNA
Tóm tắt
Chúng tôi đã xác định cấu trúc của một aptamer RNA (F5), chứa 2′-deoxy-2-aminopurine (2AP) tại vị trí −10, kết hợp với protein vỏ MS2 bằng cách ngâm RNA vào các hạt MS2 đã được tinh thể hóa trước. Vị trí −10 của RNA là một yếu tố quan trọng quyết định ái lực liên kết với protein vỏ. Adenine tại vị trí này trong các cấu trúc RNA stem-loop khác tạo ra ba liên kết hydro với các nhóm chức năng của protein. Việc thay thế 2AP cho adenine tại vị trí −10 trong aptamer F5 tạo ra một RNA có ái lực cao nhất được báo cáo cho đến nay đối với protein vỏ. Cấu trúc X-ray đã tinh chỉnh cho thấy cơ sở 2AP tạo ra một liên kết hydro bổ sung với protein so với adenine, điều này có thể là nguồn gốc chính của sự gia tăng ái lực. Cũng có một số thay đổi nhỏ trong vị trí của xương phosphate so với F5 chưa được chỉnh sửa, điều này cũng có thể góp phần vào ái lực. Những chuyển động phosphate như vậy là phổ biến trong cấu trúc của các RNA gắn với vỏ protein MS2
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
2001, RNA, 7, 1616
Kleywegt, G.J. and Jones, T.A. 1994. Halloween. . .masks and bones. In From first map to final model (eds. S. Bailey et al.), pp. 59–66. SERC Daresbury Laboratory, Warnington, England.