Chuỗi đồng thuận của tâm động vật Kluyveromyces lactis cho thấy tính tương đồng với DNA tâm động chức năng từ Saccharomyces cerevisiae

Springer Science and Business Media LLC - Tập 236 - Trang 355-362 - 1993
Joris J. Hens1, Ben J. M. Zonneveld1, H. Yde Steensma1, Johan A. van den Berg1
1Department of Cell Biology and Genetics, Leiden University, AL Leiden, The Netherlands

Tóm tắt

Chuỗi nucleotide của năm trong sáu tâm động của nấm men Kluyveromyces lactis đã được xác định. Việc so sánh lẫn nhau giữa các chuỗi này dẫn đến đồng thuận như sau: một hộp ngắn được bảo tồn cao (5′-ATCACGTGA-3′) được bao quanh bởi một đoạn giàu AT (±90%) dài khoảng ±160 bp, theo sau là một hộp bảo tồn khác (5′-TNNTTTATGTTTCCGAAAATTAATAT-3′). Ba yếu tố này lần lượt được đặt tên là K1CDEI, K1CDEII và K1CDEIII, theo tương tự với tình huống trong Saccharomyces cerevisiae. Ngoài ra, một yếu tố thứ hai dài 100 bp giàu AT (±90%), được đặt tên là K1CDE0, đã được tìm thấy khoảng ±150 bp ở phía thượng nguồn của K1CDEI. Các chuỗi của cả K1CDEI và K1CDEIII được bảo tồn cao giữa K. lactis và S. cerevisiae; tuy nhiên, các tâm động của K. lactis không hoạt động trong S. cerevisiae và ngược lại. Sự khác biệt rõ ràng nhất giữa các tâm động của hai loài nấm men là độ dài của CDEII giàu AT, là 161–164 bp ở K. lactis so với 78–86 bp ở S. cerevisiae và sự hiện diện của K1CDE0 ở K. lactis, mà không tìm thấy ở S. cerevisiae.

Từ khóa

#Kluyveromyces lactis #tâm động #chuỗi nucleotide #DNA tâm động #Saccharomyces cerevisiae #bảo tồn gen

Tài liệu tham khảo

Bloom KS, Carbon J (1982) Yeast centromere DNA is in a unique and highly ordered structure in chromosomes and small circular minichromosomes. Cell 29:305–317 Bloom KS, Fitzgerald-Hayes M, Carbon J (1982) Structural analysis and sequence organization of yeast centromeres. Cold Spring Harbor Symp Quant Biol 47:1175–1185 Brain RJ, Kornberg RD (1987) Isolation of a Saccharomyces cerevisiae centromere DNA-binding protein, its human homolog, and its possible role as a transcription factor. Mol Cell Biol 7:403–409 Bullock WO, Fernandez JM, Short JM (1987) XL1-Blue: A high efficiency plasmid transforming recA Escherichia coli strain with beta-galactosidase selection. BioTechniques 5:376–380 Casabadan MJ, Cohen SN (1980) Analysis of gene control signals by DNA fusion and cloning in Escherichia coli. J Mol Biol 138:179–207 Chikashige Y, Kinoshita N, Nakaseko Y, Matsumoto T, Murakami S, Niwa O, Yanagida M (1989) Composite motifs and repeat symmetry in S. pombe centromeres: Direct analysis by integration of NotI restriction sites. Cell 57:739–751 Clarke L (1990) Centromeres of budding and fission yeasts. Trends Genet 6:150–154 Clarke L, Carbon J (1980) Isolation of a yeast centromere and construction on functional small circular chromosomes. Nature 287:504–509 Cottarel G, Shero JH, Hieter P, Hegemann JH (1989) A 125-basepair CEN6 DNA fragment is sufficient for complete meiotic and mitotic centromere function in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 9:3342–3349 Dente L, Cesareni G, Cortese R (1983) pEMBL: A new family of single stranded plasmids. Nucleic Acids Res 11:1645–1655 Devereux J, Haeberli P, Smithies O (1984) A comprehensive set of sequence analysis programs for the VAX. Nucleic Acids Res 12:387–395 Dorsman JC, Van Heeswijk WC, Grivell LA (1990) Yeast general transcription factor GFI: sequence requirements for binding to DNA and evolutionary conservation. Nucleic Acids Res 18:2769–2776 Dower WJ (1988) Transformation of E. coli to extremely high efficiency by electroporation. Mol Biol Reports 6:3–4 Enea V, Zinder ND (1982) Interference resistant mutants of phage f1. Virology 122:222–226 Fitzgerald-Hayes M (1987) Yeast centromeres. Yeast 3:187–200 Hadlaczky G, Prznovszky T, Cserpán I, Keresö J, Péterfy M, Kelemen I, Atalay E, Szeles A, Szelei J, Tubak V, Burg K (1991) Centromere formation in mouse cells cotransformed with human DNA and a dominant marker gene. Proc Natl Acad Sci USA 88:8106–8110 Hegemann JH, Pridmore RD, Schneider R, Philippsen P (1986) Mutations in the right boundary of Saccharomyces cerevisiae centromere 6 lead to nonfunctional or partially functional centromeres. Mol Gen Genet 205:305–311 Hegemann JH, Shero JH, Cottarel G, Philippsen P, Hieter P (1988) Mutational analysis of centromere DNA from chromosome VI of Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 8:2523–2535 Hendriks L, Goris A, Van de Peer Y, Neefs J-M, Vancanneyt M, Kersters K, Berny J-F, Hennebert GL, De Wachter R (1992) Phylogenetic relationships among ascomycetes and ascomycetelike yeasts as deduced from small ribosomal subunit RNA sequences. System Appl Microbiol 15:98–104 Heus JJ, Zonneveld BJM, Steensma HY, Van den Berg JA (1990) Centromeric DNA of Kluyveromyces lactis. Curr Genet 18:517–522 Hieter P, Pridmore D, Hegemann JH, Thomas M, Davis RW, Philippsen P (1985) Functional selection and analysis of yeast centromeric DNA. Cell 42:913–921 Ito H, Fukuda Y, Murata K, Kimura A (1983) Transformation of intact yeast cells treated with alkali cations. J Bacteriol 153:163–168 Jäger D (1990) Investigations and constructions with and on functional elements of Saccharomyces cerevisiae chromosomes. PhD thesis, University of Giessen, Giessen, FRG Jehn B, Niedenthal R, Hegemann JH (1991) In vivo analysis of the Saccharomyces cerevisiae centromere CDEIII sequence: Requirements for mitotic chromosome segregation. Mol Cell Biol 11:5212–5221 Lechner J, Carbon J (1991) A 240-kd multisubunit protein complex, CBF3, is a major component of the budding yeast centromere. Cell 64:717–725 McGrew J, Diehl B, Fitzgerald-Hayes M (1986) Single base-pair mutations in centromere element III cause aberrant chromosome segregation in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 6:530–538 Mellor J, Jiang W, Funk M, Rathjen J, Barnes CA, Hinz T, Hegemann JH, Philippsen P (1990) CPF1, a yeast protein which functions in centromeres and promoters. EMBO J 9:4017–4026 Murphy M, Fitzgerald-Hayes M (1990) Cis- and trans-acting factors involved in centromere function in Saccharomyces cerevisiae. Mol Microbiol 4:329–336 Nakaseko Y, Adachi Y, Funahashi S, Niwa O, Yanagida M (1986) Chromosome walking shows a highly homologous repetitive sequence present in all the centromere regions of fission yeast. EMBO J 5:1011–1021 Ng R, Carbon J (1987) Mutational and in vitro protein-binding studies on centromere DNA from Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 7:4522–4534 Niedenthal R, Stoll R, Hegemann JH (1991) In vivo characterization of the Saccharomyces cerevisiae centromere DNA element I, a binding site for the helix-loop-helix protein CPF1. Mol Cell Biol 11:3545–3553 Richards EJ, Goodman HM, Ausubel FM (1991) The centromere region of Arabidopsis thaliana chromosome 1 contains telomeresimilar sequences. Nucleic Acids Res 19:3351–3357 Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T (1989) Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd edn. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York Sherman F, Fink G, Lawrence C (1979) Methods in yeast genetics. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York Sikorski RS, Hieter P (1989) A system of shuttle vectors and yeast host strains designed for efficient manipulation of DNA in Saccharomyces cerevisiae. Genetics 122:19–27 Sreekrishna K, Webster TD, Dickson RC (1984) Transformation of Kluyveromyces lactis with the kanamycin (G418) resistance gene of TOW. Gene 28:73–81 Wanner G, Formanek H, Martin R, Herrmann RG (1991) High resolution scanning electron microscopy of plant chromosomes. Chromosoma 100:103–109 Yanisch-Perron C, Vieira J, Messing J (1985) Improved M13 phage cloning vectors and host strains: Nucleotide sequences of the M13mp18 and pUC19 vectors. Gene 33:103–119 Zonneveld BJM (1986) Cheap and simple yeast media. J Microbiol Meth 4:287–291