Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Bộ phát DNA thường được sử dụng cho Escherichia coli bám dính khuếch tán phản ứng chéo với một tập con của Escherichia coli tụ tập vào ruột
Tóm tắt
Các vai trò của Escherichia coli (DAEC) bám dính khuếch tán và Escherichia coli tụ tập vào ruột (EAEC) trong bệnh tật vẫn chưa được hiểu rõ, một phần là do những hạn chế của các xét nghiệm chẩn đoán cho từng loại E. coli gây đi ngoài này. Phép thử bám dính HEp-2 được coi là tiêu chuẩn vàng để phát hiện cả EAEC và DAEC, nhưng các đầu dò DNA với độ nhạy hạn chế cũng được sử dụng. Chúng tôi chứng minh rằng đầu dò daaC, thường được dùng để phát hiện DAEC, phản ứng chéo với một tập con của các chủng thuộc loại EAEC. Sự hợp nhất chéo này là do 84% sự đồng nhất, ở cấp độ nucleotide, giữa locus daaC và gen cụm pili bám dính tụ tập II, aafC, có mặt trong một số chủng EAEC. Bởi vì EAEC dương tính với aaf cho thấy mối liên hệ tốt hơn với bệnh tiêu chảy so với các EAEC khác, sự hợp nhất chéo đặc hiệu này có thể đã góp phần vào việc ước lượng cao về mối liên hệ của daaC với bệnh tật trong một số nghiên cứu. Chúng tôi đã phát triển một quy trình PCR-RFLP phân biệt để xác định các chủng EAEC được phát hiện bởi đầu dò daaC trong các nghiên cứu dịch tễ học phân tử. Một quy trình PCR-RFLP được mô tả ở đây có thể được sử dụng để xác định EAEC dương tính với aaf và DAEC dương tính với daaC và để phân biệt hai loại E. coli gây tiêu chảy này, cả hai đều phản ứng với đầu dò daaC. Điều này sẽ giúp cải thiện sự hiểu biết hiện tại và các cuộc điều tra trong tương lai về dịch tễ học của DAEC và EAEC.
Từ khóa
#Escherichia coli #DAEC #EAEC #xét nghiệm chẩn đoán #dịch tễ học #PCR-RFLPTài liệu tham khảo
Nataro JP, Kaper JB: Diarrheagenic Escherichia coli. Clin Microbiol Rev. 1998, 11 (1): 142-201.
Le Bouguenec C, Servin AL: Diffusely adherent Escherichia coli strains expressing Afa/Dr adhesins (Afa/Dr DAEC): hitherto unrecognized pathogens. FEMS Microbiol Lett. 2006, 256 (2): 185-194. 10.1111/j.1574-6968.2006.00144.x.
Tacket CO, Moseley SL, Kay B, Losonsky G, Levine MM: Challenge studies in volunteers using Escherichia coli strains with diffuse adherence to HEp-2 cells. J Infect Dis. 1990, 162 (2): 550-552.
Okeke IN, Nataro JP: Enteroaggregative Escherichia coli. Lancet Infect Dis. 2001, 1 (5): 304-313. 10.1016/S1473-3099(01)00144-X.
Huang DB, Mohanty A, DuPont HL, Okhuysen PC, Chiang T: A review of an emerging enteric pathogen: enteroaggregative Escherichia coli. J Med Microbiol. 2006, 55 (Pt 10): 1303-1311. 10.1099/jmm.0.46674-0.
Baudry B, Savarino SJ, Vial P, Kaper JB, Levine MM: A sensitive and specific DNA probe to identify enteroaggregative Escherichia coli, a recently discovered diarrheal pathogen. J Infect Dis. 1990, 161 (6): 1249-1251.
Bilge S, Clausen C, Lau W, Moseley S: Molecular characterization of a fimbrial adhesin, F1845, mediating diffuse adherence of diarrhoea-associated Escherichia coli to HEp-2 cells. J Bacteriol. 1989, 171: 4281-4289.
Gomes TA, Vieira MA, Abe CM, Rodrigues D, Griffin PM, Ramos SR: Adherence patterns and adherence-related DNA sequences in Escherichia coli isolates from children with and without diarrhea in Sao Paulo city, Brazil. J Clin Microbiol. 1998, 36 (12): 3609-3613.
Scaletsky IC, Fabbricotti SH, Carvalho RL, Nunes CR, Maranhao HS, Morais MB, Fagundes-Neto U: Diffusely adherent Escherichia coli as a cause of acute diarrhea in young children in Northeast Brazil: a case-control study. J Clin Microbiol. 2002, 40 (2): 645-648. 10.1128/JCM.40.2.645-648.2002.
Forestier C, Meyer M, Favre-Bonte S, Rich C, Malpuech G, Le Bouguenec C, Sirot J, Joly B, De Champs C: Enteroadherent Escherichia coli and diarrhea in children: a prospective case-control study. J Clin Microbiol. 1996, 34 (12): 2897-2903.
Jallat C, Livrelli V, Darfeuille-Michaud A, Rich C, Joly B: Escherichia coli strains involved in diarrhea in France: high prevalence and heterogeneity of diffusely adhering strains. J Clin Microbiol. 1993, 31 (8): 2031-2037.
Okeke IN, Lamikanra A, Steinruck H, Kaper JB: Characterization of Escherichia coli strains from cases of childhood diarrhea in provincial southwestern Nigeria. J Clin Microbiol. 2000, 38 (1): 7-12.
Spano LC, Sadovsky AD, Segui PN, Saick KW, Kitagawa SM, Pereira FE, Fagundes-Neto U, Scaletsky IC: Age-specific prevalence of diffusely adherent Escherichia coli in Brazilian children with acute diarrhoea. J Med Microbiol. 2008, 57 (Pt 3): 359-363. 10.1099/jmm.0.47660-0.
Macfarlane L, Fletcher J, Ashton R, Chapman P, Snelling A, Okeke I: Utility of the CVD432 probe for identification of enteroaggregative Escherichia coli amongst isolates from travellers diarrhoea. Conference Abstract. Clin Microbiol Infect. 2004, 10 (Suppl 3): 258-
Sambrook J, Russell DW: Molecular cloning: a laboratory manual. 2001, Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 3rd
Vial PA, Mathewson JJ, DuPont HL, Guers L, Levine MM: Comparison of two assay methods for patterns of adherence to HEp-2 cells of Escherichia coli from patients with diarrhea. J Clin Microbiol. 1990, 28 (5): 882-885.
Czeczulin J, Whittam T, Henderson I, Navarro-Garcia F, Nataro J: Phylogenetic analysis of virulence genes in enteroaggregative and diffusely-adherent Escherichia coli. Infect Immun. 1999, 67: 2692-2699.
Bernier C, Gounon P, Le Bouguenec C: Identification of an aggregative adhesion fimbria (AAF) type III-encoding operon in enteroaggregative Escherichia coli as a sensitive probe for detecting the AAF-encoding operon family. Infect Immun. 2002, 70 (8): 4302-4311. 10.1128/IAI.70.8.4302-4311.2002.
Sheikh J, Czeczulin JR, Harrington S, Hicks S, Henderson IR, Le Bouguenec C, Gounon P, Phillips A, Nataro JP: A novel dispersin protein in enteroaggregative Escherichia coli. J Clin Invest. 2002, 110 (9): 1329-1337.
Henderson I, Czeczulin J, Eslava C, Noriega F, Nataro J: Characterization of pic, a secreted protease of Shigella flexneri and enteroaggregative Escherichia coli. Infect Immun. 1999, 67 (11): 5587-5596.
Elias WP, Czeczulin JR, Henderson IR, Trabulsi LR, Nataro JP: Organization of biogenesis genes for aggregative adherence fimbria II defines a virulence gene cluster in enteroaggregative Escherichia coli. J Bacteriol. 1999, 181 (6): 1779-1785.
Dudley EG, Thomson NR, Parkhill J, Morin NP, Nataro JP: Proteomic and microarray characterization of the AggR regulon identifies a pheU pathogenicity island in enteroaggregative Escherichia coli. Mol Microbiol. 2006, 61 (5): 1267-1282. 10.1111/j.1365-2958.2006.05281.x.
Escobar-Paramo P, Clermont O, Blanc-Potard AB, Bui H, Le Bouguenec C, Denamur E: A specific genetic background is required for acquisition and expression of virulence factors in Escherichia coli. Mol Biol Evol. 2004, 21 (6): 1085-1094. 10.1093/molbev/msh118.
Schultsz C, Ende van den J, Cobelens F, Vervoort T, van Gompel A, Wetsteyn JC, Dankert J: Diarrheagenic Escherichia coli and acute and persistent diarrhea in returned travelers. J Clin Microbiol. 2000, 38 (10): 3550-3554.
Smith HR, Scotland SM, Willshaw GA, Rowe B, Cravioto A, Eslava C: Isolates of Escherichia coli O44:H18 of diverse origin are enteroaggregative. J Infect Dis. 1994, 170 (6): 1610-1613.
Guerrant RL, Oria R, Bushen OY, Patrick PD, Houpt E, Lima AA: Global impact of diarrheal diseases that are sampled by travelers: the rest of the hippopotamus. Clin Infect Dis. 2005, 41 (Suppl 8): S524-530. 10.1086/432946.
Gicquelais KG, Baldini MM, Martinez J, Maggi L, Martin WC, Prado V, Kaper JB, Levine MM: Practical and economical method for using biotinylated DNA probes with bacterial colony blots to identify diarrhea-causing Escherichia coli. J Clin Microbiol. 1990, 28 (11): 2485-2490.
Aranda KR, Fagundes-Neto U, Scaletsky IC: Evaluation of multiplex PCRs for diagnosis of infection with diarrheagenic Escherichia coli and Shigella spp. J Clin Microbiol. 2004, 42 (12): 5849-5853. 10.1128/JCM.42.12.5849-5853.2004.
Girón JA, Jones T, Millan-Velasco F, Castro-Munoz E, Zarate L, Fry J, Frankel G, Moseley SL, Baudry B, Kaper JB, et al: Diffuse-adhering Escherichia coli (DAEC) as a putative cause of diarrhea in Mayan children in Mexico. J Infect Dis. 1991, 163 (3): 507-513.
Cegielski JP, Msengi AE, Dukes CS, Levine MM: Pathogenic Escherichia coli in children with and without chronic diarrhea in Tanzania. J Infect Dis. 1996, 174 (3): 675-677.
Baqui AH, Sack RB, Black RE, Haider K, Hossain A, Alim AR, Yunus M, Chowdhury HR, Siddique AK: Enteropathogens associated with acute and persistent diarrhea in Bangladeshi children less than 5 years of age. J Infect Dis. 1992, 166 (4): 792-796.
Scaletsky IC, Pedroso MZ, Oliva CA, Carvalho RL, Morais MB, Fagundes-Neto U: A localized adherence-like pattern as a second pattern of adherence of classic enteropathogenic Escherichia coli to HEp-2 cells that is associated with infantile diarrhea. Infect Immun. 1999, 67 (7): 3410-3415.
Scaletsky IC, Fabbricotti SH, Silva SO, Morais MB, Fagundes-Neto U: HEp-2-adherent Escherichia coli strains associated with acute infantile diarrhea, Sao Paulo, Brazil. Emerg Infect Dis. 2002, 8 (8): 855-858.
Tsukamoto T, Takeda Y: [Incidence and prevalence of serotypes of enteroaggregative Escherichia coli from diarrheal patients in Brazil, Myanmar and Japan]. Kansenshogaku Zasshi. 1993, 67 (4): 289-294.
Ochoa TJ, Ruiz J, Molina M, Del Valle LJ, Vargas M, Gil AI, Ecker L, Barletta F, Hall E, Cleary TG, et al: High frequency of antimicrobial drug resistance of diarrheagenic Escherichia coli in infants in Peru. Am J Trop Med Hyg. 2009, 81 (2): 296-301.
Levine MM, Ferreccio C, Prado V, Cayazzo M, Abrego P, Martinez J, Maggi L, Baldini MM, Martin W, Maneval D, et al: Epidemiologic studies of Escherichia coli diarrheal infections in a low socioeconomic level peri-urban community in Santiago, Chile. Am J Epidemiol. 1993, 138 (10): 849-869.
Germani Y, Begaud E, Duval P, Le Bouguenec C: Prevalence of enteropathogenic, enteroaggregative, and diffusely adherent Escherichia coli among isolates from children with diarrhea in new Caledonia. J Infect Dis. 1996, 174 (5): 1124-1126.
Cohen MB, Nataro JP, Bernstein DI, Hawkins J, Roberts N, Staat MA: Prevalence of diarrheagenic Escherichia coli in acute childhood enteritis: a prospective controlled study. J Pediatr. 2005, 146 (1): 54-61. 10.1016/j.jpeds.2004.08.059.
Gunzburg ST, Chang BJ, Elliott SJ, Burke V, Gracey M: Diffuse and enteroaggregative patterns of adherence of enteric Escherichia coli isolated from aboriginal children from the Kimberley region of Western Australia. J Infect Dis. 1993, 167 (3): 755-758.
Jenkins C, Chart H, Willshaw GA, Cheasty T, Tompkins DS: Association of putative pathogenicity genes with adherence characteristics and fimbrial genotypes in typical enteroaggregative Escherichia coli from patients with and without diarrhoea in the United Kingdom. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2007, 26 (12): 901-6. 10.1007/s10096-007-0388-z.
Huang DB, Nataro JP, DuPont HL, Kamat PP, Mhatre AD, Okhuysen PC, Chiang T: Enteroaggregative Escherichia coli is a cause of acute diarrheal illness: a meta-analysis. Clin Infect Dis. 2006, 43 (5): 556-563. 10.1086/505869.
Bouzari S, Jafari A, Azizi A, Oloomi M, Nataro JP: Short report: characterization of enteroaggregative Escherichia coli isolates from Iranian children. Am J Trop Med Hyg. 2001, 65 (1): 13-14.
Okeke I, Lamikanra A, Czeczulin J, Dubovsky F, Kaper J, Nataro J: Heterogeneous virulence of enteroaggregative Escherichia coli strains isolated from children in Southwest Nigeria. J Infect Dis. 2000, 181: 252-260. 10.1086/315204.
Cerna JF, Nataro JP, Estrada-Garcia T: Multiplex PCR for detection of three plasmid-borne genes of enteroaggregative Escherichia coli strains. J Clin Microbiol. 2003, 41 (5): 2138-2140. 10.1128/JCM.41.5.2138-2140.2003.
Carver TJ, Rutherford KM, Berriman M, Rajandream MA, Barrell BG, Parkhill J: ACT: the Artemis Comparison Tool. Bioinformatics. 2005, 21 (16): 3422-3423. 10.1093/bioinformatics/bti553.