Ứng dụng của điện di gel polyacrylamide hai chiều và phân tích hạ nguồn vào cộng đồng hỗn hợp các vi sinh vật nhân sơ
Tóm tắt
Trong kỷ nguyên hậu di truyền, trọng tâm của nhiều nhà nghiên cứu đã chuyển sang việc nghiên cứu các sản phẩm chức năng của quá trình biểu hiện gene. Trong vi sinh vật học, những phương pháp ‘omics’ này chủ yếu được giới hạn ở các nuôi cấy đơn thuần của vi sinh vật. Do đó, chúng không cung cấp thông tin về biểu hiện gene trong hỗn hợp phức tạp của vi sinh vật tồn tại trong môi trường. Phương pháp của chúng tôi đã có thể tách và tinh lọc thành công toàn bộ proteome từ một hệ thống bùn hoạt tính quy mô phòng thí nghiệm tối ưu hoá cho việc loại bỏ photpho sinh học nâng cao, thực hiện phân tách bằng điện di gel polyacrylamide hai chiều và lập bản đồ của metaproteome này. Các đốm protein biểu hiện cao đã được tách ra và xác định bằng phương pháp khối phổ bốn cực thời gian bay với chuỗi peptide
Từ khóa
#post-genomic era #gene expression #microbiology #omics #proteome #activated sludge system #two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis #metaproteome #quadrupole time-of-flight mass spectrometry #de novo peptide sequencing #outer membrane protein #acetyl coenzyme A acetyltransferase #ABC-type branched-chain amino acid transport system #Rhodocyclus #polyphosphate-accumulating organism #metaproteomicsTài liệu tham khảo
Amman R., 1996, Combination of 16S rRNA‐targeted oligonucleotide probes with flow cytometry for analyzing mixed microbial populations, Appl Environ Microbiol, 56, 1919, 10.1128/aem.56.6.1919-1925.1990
Bond P.L., 1999, Identification of some of the major groups of bacteria in efficient and nonefficient biological phosphorus removal activated sludge systems, Appl Environ Microbiol, 61, 4077, 10.1128/AEM.65.9.4077-4084.1999
Clesceri L.S., 1998, Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater
Ehlers M.M., 1999, Protein profiles of phosphorus‐ and nitrate‐removing activated sludge systems, Water SA (South Africa), 25, 351
Lee N., 2001, Microorganisms in Activated Sludge and Biofilm Processes, 114
Zilles J.L., 2001, Microorganisms in Activated Sludge, 75