Hướng dẫn MIQE: Thông tin Tối thiểu cho Công bố các Thí nghiệm PCR Thời gian thực Định lượng

Clinical Chemistry - Tập 55 Số 4 - Trang 611-622 - 2009
Stephen A. Bustin1, Vladimı́r Beneš2, Jeremy A. Garson3,4, Jan Hellemans5, Jim F. Huggett6, Mikael Kubista7,8, Reinhold Mueller9, Tania Nolan10, Michael W. Pfaffl11, Gregory L. Shipley12, Jo Vandesompele5, Carl T. Wittwer13,14
1Centre for Academic Surgery, Institute of Cell and Molecular Science, Barts and the London School of Medicine and Dentistry, London, UK
2Genomics Core Facility, EMBL Heidelberg, Heidelberg, Germany
3Centre for Virology, Department of Infection, University College London, London, UK
4Department of Virology, UCL Hospitals NHS Foundation Trust, London, UK
5Center For Medical Genetics, Ghent University Hospital, Ghent, Belgium
6Centre for Infectious Diseases, University College London, London, UK
7Institute of Biotechnology AS CR, Prague, Czech Republic
8TATAA Biocenter, Göteborg, Sweden
9Sequenom, San Diego, California, USA
10Sigma–Aldrich, Haverhill, UK
11Physiology Weihenstephan, Technical University Munich, Freising, Germany
12Quantitative Genomics Core Laboratory, Department of Integrative Biology and Pharmacology, University of Texas Health Science Center, Houston, Texas, USA
13ARUP Institute for Clinical and Experimental Pathology, Salt Lake City, Utah, USA
14Department of Pathology, University of Utah, Salt Lake City, Utah USA

Tóm tắt

Tóm tắtBối cảnh: Hiện nay, vẫn chưa có sự thống nhất về cách thực hiện và diễn giải các thí nghiệm PCR định lượng thời gian thực (qPCR) tốt nhất. Vấn đề càng trở nên trầm trọng hơn do thiếu chi tiết thí nghiệm đầy đủ trong nhiều ấn phẩm, gây cản trở khả năng đánh giá phê bình chất lượng của các kết quả được trình bày hoặc thực hiện lại các thí nghiệm.Nội dung: Hướng dẫn về Thông tin Tối thiểu cho Công bố Các Thí nghiệm PCR Thời gian thực Định lượng (MIQE) nhằm vào độ tin cậy của kết quả để giúp đảm bảo tính toàn vẹn của tài liệu khoa học, thúc đẩy sự nhất quán giữa các phòng thí nghiệm, và tăng cường tính minh bạch của thí nghiệm. MIQE là một tập hợp các hướng dẫn mô tả thông tin tối thiểu cần thiết cho việc đánh giá các thí nghiệm qPCR. Bao gồm là một danh sách kiểm tra đi kèm với sự gửi ban đầu của một bản thảo đến nhà xuất bản. Bằng cách cung cấp tất cả các điều kiện thí nghiệm và đặc điểm thử nghiệm liên quan, những người đánh giá có thể đánh giá tính hợp lệ của các giao thức đã sử dụng. Cần phải tiết lộ đầy đủ tất cả các thuốc thử, trình tự, và phương pháp phân tích để các nhà nghiên cứu khác có thể tái tạo kết quả. Chi tiết MIQE nên được công bố dưới dạng rút gọn hoặc như một phụ lục trực tuyến.Tóm tắt: Việc tuân theo các hướng dẫn này sẽ khuyến khích thực hành thí nghiệm tốt hơn, cho phép diễn giải kết quả qPCR đáng tin cậy và rõ ràng hơn.

Từ khóa

#MIQE #qPCR #tính toàn vẹn khoa học #hướng dẫn #thống nhất thí nghiệm #minh bạch #tính hợp lệ #chi tiết thí nghiệm

Tài liệu tham khảo

1992, Biotechnology (N Y), 10, 413, 10.1038/nbt0492-413

1993, Biotechnology (N Y), 11, 1026

1997, Biotechniques, 22, 130, 10.2144/97221bi01

2000, J Mol Endocrinol, 25, 169, 10.1677/jme.0.0250169

2006, Mol Aspects Med, 27, 95, 10.1016/j.mam.2005.12.007

2002, Clin Chem, 48, 1178, 10.1093/clinchem/48.8.1178

2002, Nucleic Acids Res, 30, 1292, 10.1093/nar/30.6.1292

2004, Clin Microbiol Infect, 10, 190, 10.1111/j.1198-743X.2004.00722.x

2005, Clin Sci (Lond), 109, 365, 10.1042/CS20050086

2006, Mol Aspects Med, 27, 192, 10.1016/j.mam.2005.12.002

2007, J Med Microbiol, 56, 36, 10.1099/jmm.0.46680-0

2004, J Biomol Tech, 15, 155

2009, Forthcoming

2005, Science, 309, 1694, 10.1126/science.1117768

2007, Science, 316, 367

2001, Nat Genet, 29, 365, 10.1038/ng1201-365

2007, Nat Biotechnol, 25, 887, 10.1038/nbt1329

2008, Nat Biotechnol, 26, 541, 10.1038/nbt1360

2006, Nat Methods, 3, 777, 10.1038/nmeth1006-777

2007, Pharmacogenomics, 8, 1037, 10.2217/14622416.8.8.1037

2007, Nat Biotechnol, 25, 846

2008, Nat Biotechnol, 26, 889, 10.1038/nbt.1411

2004, Anal Bioanal Chem, 378, 1616, 10.1007/s00216-003-2441-9

2005, BMC Biotechnol, 5, 31, 10.1186/1472-6750-5-31

2006, BMC Biotechnol, 6, 33, 10.1186/1472-6750-6-33

2008, Eur Food Res Technol, 226, 1513, 10.1007/s00217-007-0683-z

2004, Molecular microbiology: diagnostic principles and practice, p 71

2008, Nat Protoc, 3, 1101, 10.1038/nprot.2008.73

2007, Genome Biol, 8, R19, 10.1186/gb-2007-8-2-r19

2007, BMC Bioinformatics, 8, 180, 10.1186/1471-2105-8-180

2008, J Biol Chem, 283, 1229, 10.1074/jbc.R700033200

2008, Genome Res, 18, 771, 10.1101/gr.073254.107

2006, Nucleic Acids Res, 34, D684, 10.1093/nar/gkj155

2003, Nucleic Acids Res, 31, 122, 10.1093/nar/gkg011

1999, Mol Cell Biol, 19, 1720, 10.1128/MCB.19.3.1720

2007, Mol Syst Biol, 3, 79, 10.1038/msb4100117

2008, Carcinogenesis, 29, 579

2004, Clin Chem, 50, 1464, 10.1373/clinchem.2004.035675

2004, BMC Genomics, 5, 20, 10.1186/1471-2164-5-20

2004, Clin Chem, 50, 1289, 10.1373/clinchem.2003.030072

2004, Clin Chem, 50, 1290, 10.1373/clinchem.2004.032441

2005, J Mol Endocrinol, 34, 597, 10.1677/jme.1.01755

2006, Clin Chem, 52, 1584, 10.1373/clinchem.2005.066019

2008, J Clin Microbiol, 46, 2088, 10.1128/JCM.00126-08

2006, Lab Invest, 86, 202, 10.1038/labinvest.3700372

2007, Biotechniques, 43, 41, 10.2144/000112497

2005, Expert Rev Mol Diagn, 5, 493, 10.1586/14737159.5.4.493

2007, Cell, 131, 660, 10.1016/j.cell.2007.10.041

2006, Mol Aspects Med, 27, 126, 10.1016/j.mam.2005.12.003

2006, Nat Protoc, 1, 1559, 10.1038/nprot.2006.236

2006, Anal Biochem, 351, 308, 10.1016/j.ab.2006.01.051

2006, J Virol Methods, 135, 102, 10.1016/j.jviromet.2006.02.005

2007, Forensic Sci Int, 170, 35, 10.1016/j.forsciint.2006.09.002

2005, J Virol Methods, 126, 207, 10.1016/j.jviromet.2005.03.001

2008, BMC Res Notes, 1, 70, 10.1186/1756-0500-1-70

2003, Clin Chem, 49, 51, 10.1373/49.1.51

2004, Clin Chem, 50, 509, 10.1373/clinchem.2003.026161

2004, Clin Chem, 50, 1678, 10.1373/clinchem.2004.035469

2008, Biotechnol Biotechnol Equip, 22, 824, 10.1080/13102818.2008.10817561

1997, Anal Biochem, 245, 154, 10.1006/abio.1996.9916

2001, Nucleic Acids Res, 29, E45, 10.1093/nar/29.9.e45

2008, PLoS ONE, 3, e2876, 10.1371/journal.pone.0002876

1999, Proc Natl Acad Sci U S A, 96, 9236, 10.1073/pnas.96.16.9236

2000, Clin Microbiol Rev, 13, 559, 10.1128/CMR.13.4.559

2001, Methods, 25, 430, 10.1006/meth.2001.1265

2001, Nat Med, 7, 249, 10.1038/84708

2007, BMC Bioinformatics, 8, 131, 10.1186/1471-2105-8-131

2005, Genes Immun, 6, 279, 10.1038/sj.gene.6364190

2008, Plant Biotechnol J, 6, 609, 10.1111/j.1467-7652.2008.00346.x

2002, Genome Biol, 3, RESEARCH0034, 10.1186/gb-2002-3-7-reports0034

2002, Nucleic Acids Res, 30, e36, 10.1093/nar/30.9.e36

2004, Cancer Res, 64, 5245, 10.1158/0008-5472.CAN-04-0496

2008, Anal Biochem, 379, 127, 10.1016/j.ab.2008.04.036

2005, J Clin Microbiol, 43, 5835, 10.1128/JCM.43.12.5835-5841.2005

2006, Dev Biol (Basel), 126, 79

2004, Endocrine Relat Cancer, 11, 489, 10.1677/erc.1.00808

1999, Br J Cancer, 80, 883, 10.1038/sj.bjc.6690436

2003, Leukemia, 17, 2318, 10.1038/sj.leu.2403135

2004, J Clin Virol, 30, 291, 10.1016/j.jcv.2003.11.002

2004, Int J Biol Markers, 19, 141, 10.1177/172460080401900209

2005, Clin Chem Lab Med, 43, 542

2007, Clin Chem, 53, 1401, 10.1373/clinchem.2007.087510

2006, BMC Bioinformatics, 7, 378, 10.1186/1471-2105-7-378

1993, J Clin Microbiol, 31, 2960, 10.1128/JCM.31.11.2960-2966.1993

2007, Leukemia, 21, 706, 10.1038/sj.leu.2404535

Thông tin
Thông tin xuất bản

Clinical Chemistry

Tập 55 Số 4

611-622

Thông tin tác giả