Andrew G. McArthur1, Nicholas Waglechner2, Fazmin Nizam2, Austin Yan2, Marisa Ann Azad2, Alison J. Baylay3, Kirandeep Bhullar2, Marc J. Canova2, Gianfranco De Pascale2, Linda Ejim2, Lindsay Kalan2, Andrew King2, Kalinka Koteva2, Mariya Morar2, Michael R. Mulvey4, J O’Brien2, A Pawłowski2, Laura J. V. Piddock3, Peter Spanogiannopoulos2, Arlene D. Sutherland2, Irene Tang2, Patricia L. Taylor2, Maulik Thaker2, Wenliang Wang2, Marie Yan2, Tennison Yu2, Gerard D. Wright2
1Andrew McArthur Consulting, Hamilton, Ontario, Canadab
2M.G. DeGroote Institute for Infectious Disease Research, Department of Biochemistry and Biomedical Sciences, McMaster University, Hamilton, Ontario, Canadaa
3School of Immunity and Infection and Institute of Microbiology and Infection, College of Medical and Dental Sciences, University of Birmingham, Birmingham, United Kingdomc
4National Microbiology Laboratory, Public Health Agency of Canada, Winnipeg, Manitoba, Canadad
Tóm tắt
TÓM TẮT
Lĩnh vực khám phá thuốc kháng sinh và theo dõi các yếu tố kháng kháng sinh mới chưa khai thác đầy đủ sức mạnh của cuộc cách mạng về gen. Mặc dù bộ gen đầu tiên được giải mã của các sinh vật sống tự do là của vi khuẩn, nhưng vẫn còn rất ít công cụ sinh tin học chuyên biệt được phát triển để khai thác khối lượng dữ liệu gen ngày càng tăng liên quan đến các tác nhân gây bệnh. Đặc biệt, có rất ít công cụ để nghiên cứu di truyền và gen của kháng kháng sinh cùng với cách mà chúng ảnh hưởng đến quần thể vi khuẩn, sinh thái và lâm sàng. Chúng tôi đã bắt đầu phát triển các công cụ như vậy dưới hình thức Cơ sở dữ liệu Nghiên cứu Kháng thuốc Kháng sinh Toàn diện (CARD;
http://arpcard.mcmaster.ca
). CARD tích hợp các dữ liệu phân tử và chuỗi khác nhau, cung cấp một nguyên tắc tổ chức độc đáo dưới hình thức Ontology Kháng kháng sinh (ARO), và có thể nhanh chóng xác định các gen kháng kháng sinh khả dĩ trong các chuỗi gen chưa được chú thích mới. Nền tảng độc đáo này cung cấp một công cụ tin học kết nối các lo ngại về kháng kháng sinh trong chăm sóc sức khỏe, nông nghiệp và môi trường.
