Cơ sở dữ liệu bộ gen Burkholderia: hỗ trợ truy vấn linh hoạt và phân tích so sánh

Bioinformatics (Oxford, England) - Tập 24 Số 23 - Trang 2803-2804 - 2008
Geoffrey L. Winsor1, Bhavjinder K. Khaira1, Thea Van Rossum1, Raymond Lo1, Matthew D. Whiteside1, Fiona S. L. Brinkman1
1Department of Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada V5A 1S6

Tóm tắt

Tóm tắt Tóm tắt: Khi các chuỗi gen của nhiều chủng thuộc một loài vi khuẩn được tạo ra, các cơ sở dữ liệu bộ gen vi khuẩn tổng quát có thể được bổ sung bởi các cơ sở dữ liệu tập trung vào cung cấp nhiều thông tin hơn dành cho một nhóm phát sinh loài vi khuẩn cụ thể và cộng đồng nghiên cứu liên quan của nó. Cơ sở dữ liệu bộ gen Burkholderia đại diện cho một mô hình cho một cơ sở dữ liệu như vậy, cung cấp một giao diện tìm kiếm và phân tích so sánh mạnh mẽ, dễ sử dụng với các tính năng không có trong các cơ sở dữ liệu bộ gen khác. Nó chứa các thông tin chú giải bộ gen Burkholderia cepacia complex được cập nhật liên tục, giám sát và hiệu đính, cộng với các bộ gen loài Burkholderia khác để so sánh, cung cấp một nguồn tài liệu chất lượng cao cho cộng đồng nghiên cứu xơ nang mục tiêu của nó. Truy cập: http://www.burkholderia.com. Mã nguồn: GNU GPL. Liên hệ: [email protected].

Từ khóa

#Burkholderia #cơ sở dữ liệu bộ gen #phân tích so sánh #xơ nang #phát sinh loài

Tài liệu tham khảo

Alm, 2005, The MicrobesOnline web site for comparative genomics, Genome Res, 15, 1015, 10.1101/gr.3844805

Fulton, 2006, Improving the specificity of high-throughput ortholog prediction, BMC Bioinformatics, 7, 270, 10.1186/1471-2105-7-270

Glasner, 2008, Enteropathogen Resource Integration Center (ERIC): bioinformatics support for research on biodefense-relevant enterobacteria, Nucleic Acids Res, 36, D519, 10.1093/nar/gkm973

Greene, 2007, National Institute of Allergy and Infectious Diseases bioinformatics resource centers: new assets for pathogen informatics, Infect. Immun, 75, 3212, 10.1128/IAI.00105-07

Mahenthiralingam, 2005, Taxonomy and pathogenesis of the Burkholderia cepacia complex, Chron. Respir. Dis, 2, 209, 10.1191/1479972305cd053ra

Markowitz, 2006, The integrated microbial genomes (IMG) system, Nucleic Acids Res, 34, D344, 10.1093/nar/gkj024

Peterson, 2001, The comprehensive microbial resource, Nucleic Acids Res, 29, 123, 10.1093/nar/29.1.123

Stein, 2002, The generic genome browser: a building block for a model organism system database, Genome Res, 12, 1599, 10.1101/gr.403602

Wheeler, 2007, Database resources of the National Center for Biotechnology Information, Nucleic Acids Res, 35, D5, 10.1093/nar/gkl1031

Winsor, 2005, Pseudomonas aeruginosa Genome Database and PseudoCAP: facilitating community-based, continually updated, genome annotation, Nucleic Acids Res, 33, D338, 10.1093/nar/gki047

Thông tin
Thông tin xuất bản

Bioinformatics (Oxford, England)

Tập 24 Số 23

2803-2804

Thông tin tác giả