Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Hồ sơ TRS-PCR tương quan với các đa hình của vùng gen o454-nlpD, bộ yếu tố độc lực và nhóm phân loại giữa các chuỗi Escherichia coli gây bệnh đường tiết niệu được phân lập từ bệnh nhân tại khu vực Lodz, Ba Lan
Gut Pathogens - 2024
Tóm tắt
Các nhiễm trùng đường tiết niệu ngoài ruột chủ yếu do các chủng E. coli gây bệnh đường tiết niệu (UPEC) gây ra. UPEC là một nhóm đa dạng các chủng có nhiều gen liên quan đến tính độc lực. Đã có nghiên cứu cho thấy sự thay đổi trong thành phần của vùng o454-nlpD và biến thể di truyền trong vùng nhiễm sắc thể mutS-rpoS ở các chuỗi ExPEC có tương quan với tính độc lực của chúng, đặc biệt là ở những chuỗi có vùng o454-nlpD kiểu III và thuộc nhóm phân loại B2. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã điều tra sự hiện diện và phân phối của đa hình vùng gen o454-nlpD trong tập hợp 124 chuỗi E. coli gây bệnh đường tiết niệu của chúng tôi, xem xét mối tương quan giữa các kiểu vùng o454-nlpD với các yếu tố độc lực đã được nghiên cứu. Các phát hiện của chúng tôi cho thấy có sự liên kết tích cực giữa một số yếu tố độc lực trong các chuỗi UPEC và sự hiện diện của kiểu III trong vùng o454-nlpD. Thêm vào đó, tất cả những chuỗi này đều được phân loại vào nhóm phân loại B2. Chúng tôi cũng chỉ ra rằng nhóm E. coli gây bệnh cao được xác định thông qua việc nghiên cứu đa hình vùng o454-nlpD phù hợp với nhóm e. coli gây bệnh cao mà chúng tôi xác định trong phân tích TRS-PCR trung bình.
Từ khóa
#UPEC #đa hình o454-nlpD #yếu tố độc lực #các nhóm phân loại #Escherichia coliTài liệu tham khảo
Russo TA, Johnson JR. Medical and economic impact of extraintestinal infections due to Escherichia coli: focus on an increasingly important endemic problem. Microbes Infect Inst Pasteur. 2003;5:449–56.
Ewers C, Dematheis F, Singamaneni HD, Nandanwar N, Fruth A, Diehl I, Semmler T, Wieler LH. Correlation between the genomic o454-nlpD region polymorphisms, virulence gene equipment and phylogenetic group of extraintestinal Escherichia coli (ExPEC) enables pathotyping irrespective of host, disease and source of isolation. Gut Pathog. 2014;6:37. https://doi.org/10.1186/s13099-014-0037-x.
Pitout JDD. Extraintestinal pathogenic Escherichia coli: a combination of virulence with antibiotic resistance. Front Microbiol. 2012. https://doi.org/10.3389/fmicb.2012.00009.
Johnson JR, Russo TA. Extraintestinal pathogenic Escherichia coli: “the other bad E. coli”. J Lab Clin Med. 2002;139:155–62.
Kaper JB, Nataro JP, Mobley HLT. Pathogenic Escherichia coli. Nat Rev Microbiol. 2004;2:123–40.
Köhler C-D, Dobrindt U. What defines extraintestinal pathogenic Escherichia coli? Int J Med Microbiol. 2011;301:642–7. https://doi.org/10.1016/j.ijmm.2011.09.006.
Foxman B. The epidemiology of urinary tract infection. Nat Rev Urol. 2010;7:653–60. https://doi.org/10.1038/nrurol.2010.190.
Mann R, Mediati DG, Duggin IG, Harry EJ, Bottomley AL. Metabolic adaptations of uropathogenic E. coli in the urinary tract. Front Cell Infect Microbiol. 2017. https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00241.
Flores-Mireles AL, Walker JN, Caparon M, Hultgren SJ. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat Rev Microbiol. 2015;13:269–84. https://doi.org/10.1038/nrmicro3432.
Muller D, Greune L, Heusipp G, Karch H, Fruth A, Tschape H, Schmidt MA. Identification of unconventional intestinal pathogenic Escherichia coli isolates expressing intermediate virulence factor profiles by using a novel single-step multiplex PCR. Appl Environ Microbiol. 2007;73:3380–90. https://doi.org/10.1128/AEM.02855-06.
Subashchandrabose S, Mobley HLT. Virulence and fitness determinants of uropathogenic Escherichia coli. Microbiol Spectr. 2015. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.UTI-0015-2012.
Adamus-Bialek W, Wojtasik A, Majchrzak M, Sosnowski M, Parniewski P. (CGG)4-based PCR as a novel tool for discrimination of uropathogenic Escherichia coli strains: comparison with enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR. J Clin Microbiol. 2009;47:3937–44. https://doi.org/10.1128/JCM.01036-09.
Terlizzi ME, Gribaudo G, Maffei ME. UroPathogenic Escherichia coli (UPEC) infections: virulence factors, bladder responses, antibiotic, and non-antibiotic antimicrobial strategies. Front Microbiol. 2017. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01566.
Sabaté M, Moreno E, Pérez T, Andreu A, Prats G. Pathogenicity island markers in commensal and uropathogenic Escherichia coli isolates. Clin Microbiol Infect. 2006;12:880–6. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2006.01461.x.
da Silva LC, de Mello Santos AC, Silva RM. Uropathogenic Escherichia coli pathogenicity islands and other ExPEC virulence genes may contribute to the genome variability of enteroinvasive E. coli. BMC Microbiol. 2017;17:68. https://doi.org/10.1186/s12866-017-0979-5.
Bien J, Sokolova O, Bozko P. Role of uropathogenic Escherichia coli virulence factors in development of urinary tract infection and kidney damage. Int J Nephrol. 2012. https://doi.org/10.1155/2012/681473.
Hannan TJ, Totsika M, Mansfield KJ, Moore KH, Schembri MA, Hultgren SJ. Host–pathogen checkpoints and population bottlenecks in persistent and intracellular uropathogenic Escherichia coli bladder infection. FEMS Microbiol Rev. 2012;36:616–48. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2012.00339.x.
Zaw MT, Yamasaki E, Yamamoto S, Nair GB, Kawamoto K, Kurazono H. Uropathogenic specific protein-encoding gene, highly distributed in extraintestinal uropathogenic Escherichia coli, encodes a new member of H-N-H nuclease superfamily. Gut Pathog. 2013;5:13. https://doi.org/10.1186/1757-4749-5-13.
Nipič D, Podlesek Z, Budič M, Črnigoj M, Žgur-Bertok D. Escherichia coli uropathogenic-specific protein, Usp, is a bacteriocin-like genotoxin. J Infect Dis. 2013;208:1545–52. https://doi.org/10.1093/infdis/jit480.
Lüthje P, Brauner A. Virulence factors of uropathogenic E. coli and their interaction with the host. Adv Microb Physiol. 2014;65:337–72. https://doi.org/10.1016/bs.ampbs.2014.08.006.
Brzuszkiewicz E, Gottschalk G, Ron E, Hacker J, Dobrindt U. Adaptation of pathogenic E. coli to various niches: genome flexibility is the key. Microb Pathog. 2009;6:110–25. https://doi.org/10.1159/000235766.
Culham DE, Wood JM. An Escherichia coli reference collection group B2- and uropathogen-associated polymorphism in the rpoS-mutS region of the E. coli chromosome. J Bacteriol. 2000;182:6272–6.
Brown EW, LeClerc JE, Li B, Payne WL, Cebula TA. Phylogenetic evidence for horizontal transfer of mutS alleles among naturally, occurring Escherichia coli strains. J Bacteriol. 2001;183:1631–44. https://doi.org/10.1128/JB.183.5.1631-1644.2001.
Lindstedt B-A, Finton MD, Porcellato D, Brandal LT. High frequency of hybrid Escherichia coli strains with combined intestinal pathogenic Escherichia coli (IPEC) and extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) virulence factors isolated from human fecal samples. BMC Infect Dis. 2018. https://doi.org/10.1186/s12879-018-3449-2.
Kubiak-Szeligowska AB, Bartnicka M, Jarych D, Majchrzak M. TRS-PCR profiling for discrimination of Escherichia coli strains isolated from children with diarrhea under 5 years of age in Lodz region, Poland. Mol Biol Rep. 2016;43:871–80. https://doi.org/10.1007/s11033-016-4031-x.
Majchrzak M, Kubiak-Szeligowska AB, Jarych D, Parniewski P. Numerical interpretation of TRS-PCR profiling results for Escherichia coli strains isolated from patients with bacteriuria in Lodz region, Poland. Mol Biol Rep. 2019;46:5543–53. https://doi.org/10.1007/s11033-019-04932-2.
Clermont O, Christenson JK, Denamur E, Gordon DM. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups. Environ Microbiol Rep. 2013;5:58–65. https://doi.org/10.1111/1758-2229.12019.
Bielaszewska M, Dobrindt U, Gärtner J, Gallitz I, Hacker J, Karch H, Müller D, Schubert S, Alexander Schmidt M, Sorsa LJ, Zdziarski J. Aspects of genome plasticity in pathogenic Escherichia coli. Int J Med Microbiol. 2007;297:625–39. https://doi.org/10.1016/j.ijmm.2007.03.001.
Karch H, Denamur E, Dobrindt U, Finlay BB, Hengge R, Johannes L, Ron EZ, Tønjum T, Sansonetti PJ, Vicente M. The enemy within us: lessons from the 2011 European Escherichia coli O104:H4 outbreak. EMBO Mol Med. 2012;4:841–8. https://doi.org/10.1002/emmm.201201662.
Bartoszek K, Majchrzak M, Sakowski S, Kubiak-Szeligowska AB, Kaj I, Parniewski P. Predicting pathogenicity behavior in Escherichia coli population through a state dependent model and TRS profiling. PLOS Comput Biol. 2018;14: e1005931. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005931.