Phân tích chức năng miền của chitin oligosaccharide deacetylase từ Vibrio parahaemolyticus dựa trên cấu trúc

FEBS Letters - Tập 589 - Trang 145-151 - 2015
Takako Hirano1, Kanako Sugiyama2, Yuta Sakaki1, Wataru Hakamata1, Sam-Yong Park2, Toshiyuki Nishio1
1Department of Chemistry and Life Science, College of Bioresource Sciences, Nihon University, 1866 Kameino, Fujisawa, Kanagawa 252-0880, Japan
2Drug Design Laboratory, Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University, 1-7-29 Suehiro, Tsurumi, Yokohama, Kanagawa 230-0045, Japan

Tóm tắt

Cấu trúc tinh thể X‐quang của chitin oligosaccharide deacetylase từ Vibrio parahaemolyticus (Vp‐COD) đã được xác định với độ phân giải 1.35 Å. Chuỗi axit amin và cấu trúc của Vp‐COD cho thấy enzyme này bao gồm một miền deacetylase polysaccharide (PDD) và hai miền liên kết carbohydrate (CBDs). Dựa trên thử nghiệm liên kết chitin với Vp‐COD và đột biến thiếu CBDs của nó, đã xác nhận rằng CBDs có thể bám vào chitin. Hoạt tính xúc tác của đột biến thiếu CBDs chỉ bị giảm nhẹ so với Vp‐COD, cho thấy rằng CBDs khó có thể ảnh hưởng đến cấu hình của các dư lượng trung tâm hoạt động tại vị trí hoạt động của PDD.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1007/s00253-006-0831-6 10.1093/glycob/cwp088 10.1111/j.1472-765X.2011.03083.x 10.1271/bbb.61.1113 10.1093/glycob/cwm096 10.5458/jag.56.273 Hirano T., 2013, Chitin oligosaccharide deacetylase from Vibrio harveyi ATCC BAA‐1116: gene cloning, overexpression, purification, and characterization, Chitin Chitosan Res., 19, 321 10.1002/anie.201400220 10.1073/pnas.90.7.2564 10.1271/bbb.60.1598 10.1093/jb/117.2.257 10.1074/jbc.270.44.26286 10.1016/S0141-0229(03)00048-6 10.1021/bi0606694 10.1007/s10529-007-9386-6 10.1016/S0021-9258(19)50982-6 10.1016/S0021-9258(19)52451-6 10.1016/S0076-6879(97)76066-X 10.1107/S0907444909052925 10.1107/S0907444904019158 10.1107/S0907444909042073 10.1107/S0907444911007281 10.1016/j.abb.2004.08.006 10.1073/pnas.0504339102 10.1074/jbc.M513066200 10.1093/nar/gkg556 10.1042/BJ20040892 10.1074/jbc.275.18.13654 10.1016/0959-440X(91)90172-P 10.1042/bst0210442 10.1007/PL00006478 10.1007/s00253-009-2331-y
Thông tin
Thông tin xuất bản

FEBS Letters

Tập 589

145-151

Thông tin tác giả