Đánh giá đồng thời các lô quy định tính trạng định lượng epistatic liên kết chặt chẽ bằng cách kết hợp sự không cân bằng liên kết và liên kết với phả hệ tổng quát

Springer Science and Business Media LLC - Tập 40 - Trang 1-14 - 2008
Sang Hong Lee1,2, Julius H.J. van der Werf1
1The Institute for Genetics and Bioinformatics, School of Rural Science and Agriculture, University of New England, Armidale, Australia
2National Institute of Animal Science, Cheon An, Korea

Tóm tắt

Các đột biến nguyên nhân và sự tương tác giữa chúng trong và giữa các locus đóng vai trò then chốt trong sự biến đổi của các tính trạng phức tạp. Việc phát hiện các locus tính trạng định lượng epistatic (QTL) thường không dễ dàng do yêu cầu cấu trúc quần thể phức tạp để phát hiện các hiệu ứng epistatic trong các nghiên cứu phân tích liên kết, cũng như do các hiệu ứng chính thường bị ẩn đi bởi các hiệu ứng tương tác. Việc xác định vị trí của chúng càng khó khăn hơn khi chúng gần nhau về mặt liên kết. Yêu cầu về cấu trúc dữ liệu có thể được vượt qua khi thông tin về sự không cân bằng liên kết được sử dụng. Chúng tôi trình bày một phương pháp sử dụng mô hình tuyến tính hỗn hợp nằm trong một phương pháp Bayes trải nghiệm, mà đồng thời xem xét các hiệu ứng cộng gộp, thống trị và epistatic do nhiều QTL. Cấu trúc hiệp phương sai được sử dụng trong mô hình tuyến tính hỗn hợp dựa trên thông tin liên kết kết hợp và sự không cân bằng liên kết. Trong một nghiên cứu mô phỏng, trong đó có các tương tác epistatic phức tạp giữa các QTL, có thể đồng thời xác định vị trí các QTL tương tác vào một khu vực nhỏ bằng cách sử dụng phương pháp được đề xuất. Các thành phần phương sai ước lượng là chính xác và ít thiên lệch với phương pháp được đề xuất so với các mô hình truyền thống.

Từ khóa

#đột biến nguyên nhân #tương tác locus #tính trạng phức tạp #QTL epistatic #mô hình tuyến tính hỗn hợp #không cân bằng liên kết