Revealing protein–lncRNA interaction

Singh, 2002, RNA-protein interactions that regulate pre-mRNA splicing, Gene Expr, 10, 79

10.1016/j.tig.2008.05.004

10.1093/bfgp/elq028

10.1038/nrg2673

10.1007/s11427-013-4553-6

10.1038/nature06992

10.1038/nrm3679

10.1016/j.cell.2007.05.022

10.1016/j.cell.2011.09.028

10.1038/nature09819

10.1038/nature11508

10.1016/j.molcel.2010.08.011

10.1016/j.tig.2013.01.004

10.1074/jbc.M409070200

10.1101/gad.1324305

10.1042/BC20070090

10.1186/gb-2014-15-1-r14

10.1007/s13277-014-2523-7

10.4149/neo_2014_075

10.1016/j.tibs.2012.02.005

10.1007/978-1-4614-0332-6_12

10.1016/j.molcel.2010.03.021

10.1093/hmg/ddq353

10.1186/1476-4598-10-38

10.1158/2159-8290.CD-11-0209

10.1158/0008-5472.CAN-10-2483

Nie, 2012, Long non-coding RNAs: versatile master regulators of gene expression and crucial players in cancer, Am J Transl Res, 4, 127

10.1038/nprot.2007.249

10.1093/emboj/19.10.2340

10.1016/S1046-2023(02)00019-1

10.1093/nar/gkr456

10.1371/journal.pbio.0060255

10.1016/j.febslet.2014.07.039

10.1186/gb4152

10.1093/bfgp/elu047

10.1126/science.2200121

10.1038/346818a0

10.1371/journal.pcbi.1000590

10.1016/j.celrep.2012.04.003

10.1371/journal.pone.0082667

10.1038/nbt.1550

10.1016/j.molcel.2014.04.016

10.1038/nbt.2880

10.1038/nprot.2006.372

10.1016/j.ymeth.2010.06.004

10.1093/nar/gks1252

Bailey, 1994, Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers, Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol, 2, 28

10.1371/journal.pcbi.1000071

10.1093/nar/gkl544

10.1093/bioinformatics/bts210

10.1016/j.jgg.2013.03.001

10.1093/nar/gkq032

10.1093/nar/gkq1069

10.1038/nature12311

10.1038/nprot.2006.47

10.1016/j.molcel.2010.12.011

Mukherjee, 2010, Integrative regulatory mapping indicates that the RNA-binding protein HuR couples pre-mRNA processing and mRNA stability, Mol Cell, 43, 327, 10.1016/j.molcel.2011.06.007

10.3748/wjg.v19.i23.3658

10.1016/j.ymeth.2005.07.018

10.1038/nature07488

10.1038/nbt.1873

Hafner, 2010, PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins, J Vis Exp, 41, 2034

Konig, 2011, iCLIP--transcriptome-wide mapping of protein-RNA interactions with individual nucleotide resolution, J Vis Exp, 50, 2638

10.1073/pnas.0901997106

Kloetgen A Münch PC Borkhardt A . Biochemical and bioinformatic methods for elucidating the role of RNA-protein interactions in posttranscriptional regulation. Brief Funct Genomics 2014;pii:elu020.

10.1186/1471-2164-14-S3-S2

10.1186/gb-2011-12-8-r79

10.1093/bioinformatics/bts569

10.1093/nar/gks697

10.1093/nar/gkt142

10.1371/journal.pone.0093248

10.1186/gb-2014-15-1-r18

10.1093/bioinformatics/btr570

10.1101/gr.132159.111

10.1093/nar/gkt1222

10.1093/nar/gku1060

10.1093/nar/gkq1138

10.1093/nar/gkn617

10.1186/gb-2010-11-2-r19

10.1128/MCB.17.6.3194

10.1016/j.gene.2004.11.043

10.1016/S0959-440X(99)80009-8

10.1002/wrna.1201

10.1093/bioinformatics/btk008

10.1073/pnas.0803169105

Foat, 2009, Discovering structural cis-regulatory elements by modeling the behaviors of mRNAs, Mol Syst Biol, 5, 268, 10.1038/msb.2009.24

10.1261/rna.2017210

10.1371/journal.pcbi.1000832

10.1093/nar/gkt463

10.1186/gb-2014-15-1-r17

10.1093/nar/gku1288

10.1038/nsmb.2344

Yoon JH De S Srikantan S . PAR-CLIP analysis uncovers AUF1 impact on target RNA fate and genome integrity. Nat Commun 2014;5:5248.

10.1038/nn.2778

10.1016/j.cell.2013.07.047

10.1016/j.molcel.2013.11.012

10.1038/nature12598

10.1016/j.ymeth.2012.06.020

10.1038/emboj.2013.188

10.1101/gr.151878.112

10.18632/oncotarget.1863

10.1002/hep.26537

10.1016/j.cell.2012.04.031

10.1016/j.molcel.2012.05.021

10.1038/nsmb.2638

10.1093/nar/28.1.235

10.1186/1471-2105-12-489

10.1038/nmeth.1611

10.1039/c2mb25292a

10.1186/1471-2164-14-651

10.1093/nar/gkv020

Cheng Z Zhou S Guan J . Computationally predicting protein-RNA interactions using only positive and unlabeled examples. J Bioinform Comput Biol 2015;1541005.

10.1186/1471-2105-15-123

10.1093/nar/gkr160

10.1093/nar/gkt1057

He, 2013, linc-UBC1 physically associates with polycomb repressive complex 2 (PRC2) and acts as a negative prognostic factor for lymph node metastasis and survival in bladder cancer, Biochim Biophys Acta, 1832, 1528, 10.1016/j.bbadis.2013.05.010

10.1038/nature11233

10.1093/nar/gks1193

10.1093/nar/gku1057

10.1093/nar/gku1180

10.1093/nar/gkq940

10.1093/nar/gkt1248

10.1093/nar/gku406

Bonnici, 2014, Comprehensive reconstruction and visualization of non-coding regulatory networks in human, Front Bioeng Biotechnol, 2, 69, 10.3389/fbioe.2014.00069

10.1039/C4MB00409D

10.1093/nar/gks1060

Li, 2015, Discovery of Protein-lncRNA Interactions by Integrating Large-Scale CLIP-Seq and RNA-Seq Datasets, Front Bioeng Biotechnol, 2, 88, 10.3389/fbioe.2014.00088

10.1093/nar/gks746

10.1016/j.molcel.2011.08.027

10.1073/pnas.1113536108

10.1007/978-1-4939-2253-6_11

10.1038/nsmb.2921

10.1073/pnas.1017386108

10.1016/j.cell.2013.03.043

10.1093/nar/gku283