Các đoạn khởi đầu plastid cho phép phát sinh loài và phát sinh địa lý của Angiosperm
Tóm tắt
Các đoạn khởi đầu PCR có sẵn cho gần như mọi vùng của bộ gen plastid. Việc lựa chọn cặp đoạn khởi đầu nào để sử dụng chỉ đứng sau việc lựa chọn vùng gen. Điều này đặc biệt đúng với nghiên cứu ở giao diện loài/dân số.
Các cặp đoạn khởi đầu cho 130 vùng của bộ gen diệp lục đã được đánh giá trên 12 loài được phân bố trong nhóm Angiosperm. Khả năng thành công trong việc khuếch đại được suy ra dựa trên số lượng và vị trí của các sai khác so với chuỗi mục tiêu. Độ biến thiên chuỗi trong loài đã được đánh giá theo ba tiêu chí khác nhau trên bốn loài.
Nhiều cặp đoạn khởi đầu đã được công bố nên hoạt động cho tất cả các thu mẫu, ngoại trừ những thất bại do sự kiện tổ chức lại bộ gen. Các đoạn khởi đầu mã vạch toàn cầu có tỷ lệ thành công thấp nhất (65%). Danh sách các vùng biến động nhất để sử dụng trong các loài có ít điểm tương đồng với các danh sách đã được xác định trong các nghiên cứu trước đó.
Các chuỗi đoạn khởi đầu được công bố nên khuếch đại một sự đa dạng của ADN thực vật có hoa, ngay cả những đoạn được thiết kế cho các nhóm phân loại cụ thể. Các đoạn khởi đầu "toàn cầu" có thể có tính ứng dụng cực kỳ hạn chế. Không có sự nhất quán nào trong khả năng thành công trong việc khuếch đại cho bất kỳ công bố nào giữa các dòng hoặc trong dòng giữa các công bố.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Hupfer H., 2000, Complete nucleotide sequence of the Oenothera elata plastid chromosome, representing plastome I of the five distinguishable Euoenothera plastomes, Molecular & General Genetics, 263, 581, 10.1007/PL00008686
IDT (Integrated DNA Technologies).2009.Degenerate sequences and non‐standard bases: A quick look. Technical publication downloaded fromhttp://www.idtdna.com/pages/support/technical‐vault/reading‐room/technical‐reports[accessed 3 December 2014].
Rambaut A., 1996, Se‐Al (v2.0a11) Sequence Alignment Editor
Rychlik W., 2002, Oligo Primer Analysis Software v. 6