Các đoạn khởi đầu plastid cho phép phát sinh loài và phát sinh địa lý của Angiosperm

Applications in Plant Sciences - Tập 3 Số 6 - 2015
Linda M. Prince1
1Department of Botany, The Field Museum, 1400 S. Lake Shore Drive, Chicago, Illinois 60605 USA.

Tóm tắt

Nền tảng của nghiên cứu:Các đoạn khởi đầu PCR có sẵn cho gần như mọi vùng của bộ gen plastid. Việc lựa chọn cặp đoạn khởi đầu nào để sử dụng chỉ đứng sau việc lựa chọn vùng gen. Điều này đặc biệt đúng với nghiên cứu ở giao diện loài/dân số.Phương pháp:Các cặp đoạn khởi đầu cho 130 vùng của bộ gen diệp lục đã được đánh giá trên 12 loài được phân bố trong nhóm Angiosperm. Khả năng thành công trong việc khuếch đại được suy ra dựa trên số lượng và vị trí của các sai khác so với chuỗi mục tiêu. Độ biến thiên chuỗi trong loài đã được đánh giá theo ba tiêu chí khác nhau trên bốn loài.Kết quả:Nhiều cặp đoạn khởi đầu đã được công bố nên hoạt động cho tất cả các thu mẫu, ngoại trừ những thất bại do sự kiện tổ chức lại bộ gen. Các đoạn khởi đầu mã vạch toàn cầu có tỷ lệ thành công thấp nhất (65%). Danh sách các vùng biến động nhất để sử dụng trong các loài có ít điểm tương đồng với các danh sách đã được xác định trong các nghiên cứu trước đó.Thảo luận:Các chuỗi đoạn khởi đầu được công bố nên khuếch đại một sự đa dạng của ADN thực vật có hoa, ngay cả những đoạn được thiết kế cho các nhóm phân loại cụ thể. Các đoạn khởi đầu "toàn cầu" có thể có tính ứng dụng cực kỳ hạn chế. Không có sự nhất quán nào trong khả năng thành công trong việc khuếch đại cho bất kỳ công bố nào giữa các dòng hoặc trong dòng giữa các công bố.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1093/dnares/11.2.93

10.2307/2657094

10.1093/aob/mct264

10.1186/1471-2229-11-80

10.1111/nph.12560

10.1186/1756-0500-1-61

10.2307/2419351

10.1007/s00294-004-0542-4

10.1371/journal.pone.0035071

10.1093/gbe/evt063

10.1093/dnares/dsr002

10.1111/j.1755-0998.2008.02320.x

10.1007/BF00161167

10.1093/molbev/msg159

10.1093/molbev/msh147

10.1093/molbev/msi173

10.1086/317583

10.1046/j.1471-8278.2001.00107.x

10.1186/1746-4811-3-4

10.1007/BF02464880

10.1038/nature11532

Hupfer H., 2000, Complete nucleotide sequence of the Oenothera elata plastid chromosome, representing plastome I of the five distinguishable Euoenothera plastomes, Molecular & General Genetics, 263, 581, 10.1007/PL00008686

IDT (Integrated DNA Technologies).2009.Degenerate sequences and non‐standard bases: A quick look. Technical publication downloaded fromhttp://www.idtdna.com/pages/support/technical‐vault/reading‐room/technical‐reports[accessed 3 December 2014].

10.1073/pnas.84.16.5818

10.1007/BF00384619

10.1093/dnares/7.6.323

10.1006/mpev.1997.0432

10.1007/s00239-009-9275-9

10.1111/j.1469-8137.2005.01647.x

10.1006/jmbi.1995.0460

10.1073/pnas.0708072104

10.1016/j.ympev.2012.08.026

10.1007/s00438-001-0606-9

Rambaut A., 1996, Se‐Al (v2.0a11) Sequence Alignment Editor

Rychlik W., 2002, Oligo Primer Analysis Software v. 6

10.1371/journal.pone.0082266

10.1007/s11103-005-8882-0

10.1007/s00122-007-0567-4

10.1093/dnares/6.5.283

10.1371/journal.pone.0019954

10.1023/A:1006478403810

10.1093/oxfordjournals.molbev.a004222

10.1016/j.gene.2004.06.008

10.3732/ajb.92.1.142

10.3732/ajb.94.3.275

10.3732/ajb.1400398

10.1002/j.1460-2075.1986.tb04464.x

10.1038/ng.740

10.1104/pp.103.031245

10.3732/ajb.94.3.302

10.1371/journal.pone.0037128

10.1186/1471-2148-13-84

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applications in Plant Sciences

Tập 3 Số 6

Thông tin tác giả