Một số tiến bộ trong phát hiện virus thực vật: Metagenomics virus

Phytopathology - Tập 105 Số 6 - Trang 716-727 - 2015
Marilyn J. Roossinck1,2,3, Darren P. Martin1,2,3, Philippe Roumagnac1,2,3
1CIRAD, UMR BGPI, Campus International de Montferrier-Baillarguet, 34398 Montpellier Cedex-5, France.
2Computational Biology Group, Institute of Infectious Diseases and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, 7925, South Africa
3First author: Department of Plant Pathology and Environmental Microbiology, Center for Infectious Disease Dynamics, Pennsylvania State University, University Park, PA 16802; second author: Computational Biology Group, Institute of Infectious Diseases and Molecular Medicine, University of Cape Town, Cape Town, 7925 South Africa; and third author: CIRAD, UMR BGPI, Campus International de Montferrier-Baillarguet, 34398 Montpellier Cedex-5, France.

Tóm tắt

Trong những năm gần đây, virus thực vật đã được phát hiện từ nhiều môi trường khác nhau, bao gồm cây trồng và cây hoang dã cũng như các giao diện giữa các hệ thống này - nguồn nước, phân của nhiều loài động vật và côn trùng. Đã có một loạt các phương pháp được sử dụng để nghiên cứu đa dạng sinh học virus thực vật, bao gồm việc làm giàu cho các hạt giống virus hoặc RNA hoặc DNA đặc hiệu cho virus, hoặc chiết xuất axit nucleic tổng hợp, tiếp theo là giải trình tự sâu thế hệ tiếp theo và phân tích sinh tin học. Tất cả các phương pháp này đều có một số hạn chế, nhưng tổng thể các nghiên cứu này đã tiết lộ sự thiếu hiểu biết đáng ngạc nhiên của chúng ta về virus thực vật và chỉ ra nhu cầu cần có những nghiên cứu toàn diện hơn. Thêm vào đó, nhiều virus mới đã được phát hiện, với phần lớn các nhiễm virus ở cây hoang dã xuất hiện không có triệu chứng, điều này gợi ý rằng bệnh virus có thể là sản phẩm phụ của quá trình thuần hoá. Đối với các chuyên gia bệnh lý thực vật, các nghiên cứu này đang cung cấp các công cụ hữu ích để phát hiện virus và có thể dự đoán những vấn đề tương lai có thể đe doạ đến cây trồng.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1111/j.1365-3059.2012.02690.x

10.1007/s00705-014-2215-z

10.1007/s00705-012-1546-x

10.1111/j.1364-3703.2009.00545.x

10.1371/journal.pone.0109125

10.1073/pnas.211424698

10.1016/j.mib.2013.05.007

10.1038/340467a0

Bernardo, P. 2014. Ecologie, diversité et découverte de phytovirus à l’échelle de deux agro-écosystèmes dans un cadre spatio-temporel à l’aide de la géo-métagénomique. Ph.D. Thesis, University of Montellier II.

10.1016/j.virusres.2013.07.006

10.1371/journal.pone.0042758

10.1016/j.tim.2005.04.003

10.1073/pnas.202488399

Candresse T., 2014, PLoS One, 7, e42758

10.1016/j.virusres.2012.03.009

10.1186/1745-6150-7-13

10.1007/s00705-013-1614-x

10.1080/00327487808068215

10.1146/annurev.py.22.090184.001055

10.1371/journal.pone.0070722

10.1016/j.virol.2009.07.005

10.1128/JVI.01255-10

10.1007/s00705-014-1985-7

François S., 2015, Genome Announcements, 2, e01196

10.1016/j.virusres.2011.10.010

10.1007/s00705-011-0979-y

10.1016/j.jviromet.2013.08.035

10.1016/j.watres.2010.10.021

10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004

10.1016/S1074-5521(98)90108-9

10.1128/AEM.02354-13

10.1016/j.virol.2012.12.012

10.1128/JVI.79.13.8230-8236.2005

10.1016/j.virusres.2013.01.014

10.1016/j.virol.2009.03.024

10.1371/journal.pone.0037127

Liu H., 2012, PLoS One, 7, e421747

10.1094/PHYTO-06-12-0140-R

MacDiarmid R., 2013, PLoS Pathog., 7, e37127

10.1007/s00705-014-2211-3

10.1111/j.1755-0998.2011.03026.x

10.1128/JVI.02438-07

10.1016/j.virusres.2014.03.029

10.1111/aab.12136

10.1016/j.jviromet.2008.05.030

10.1094/PHYTO-05-11-0154

10.1007/s00705-009-0581-8

Muthukumar V., 2009, J. Virol. Methods, 141, 169

Ng, T. F. F., Chen, L.F., Zhou, Y., Shapiro, B., Stiller, M., Heintzman, P. D., Varsani, A., Kondov, N. O., Wong, W., Dent, X., Andrews, T. D., Moorman, B. J., Meulendyk, T., MacKay, G., Gilbertson, R. L., and Delwart, E. 2014. Preservation of viral genomes in 700-y-old caribou feces from a subarctic ice patch. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 111:16842-16847.

10.1128/JVI.01946-08

10.1128/JVI.00869-12

Pace N. R., 1985, ASM News, 51, 4

10.1371/journal.ppat.1002218

10.1371/journal.pone.0064194

10.1038/343060a0

10.1007/s00705-013-1871-8

10.1146/annurev.genet.38.072902.091216

10.1038/nrmicro2491

10.1007/978-94-007-4899-6_8

10.1146/annurev-genet-110711-155600

10.1371/journal.ppat.1003304

Roossinck, M. J. 2014. Metagenomics of plant and fungal viruses reveals an abundance of persistent lifestyles. Front. Microbiol. 5:767. 10.3389/fmicb.2014.00767

10.1111/mpp.12241

10.1099/vir.0.034702-0

10.1111/j.1365-294X.2009.04470.x

10.1111/j.1462-2920.2009.01964.x

10.1128/AEM.00410-09

10.1038/ncomms3700

Roy A., 2013, J. Data Min. Genomics Proteomics, 4, 1000129

10.1371/journal.pbio.0050077

10.1016/j.virol.2009.02.028

10.1016/j.coviro.2014.09.004

10.1016/j.virusres.2013.06.001

10.1016/j.virusres.2011.06.023

10.1128/jb.173.14.4371-4378.1991

10.1371/journal.pone.0088513

10.1128/JVI.00983-12

10.1016/j.mimet.2013.07.002

10.1038/nature04160

10.1016/j.virusres.2012.03.016

10.3390/ijms15058878

10.1094/PHYTO-03-13-0068-R

10.1128/JVI.00293-12

10.1371/journal.pbio.0040080

10.1007/s00705-010-0845-3

10.1007/s00705-011-0965-4

10.1016/j.virusres.2012.10.003

10.1371/journal.pone.0079587

10.1007/s00705-013-1891-4

10.1371/journal.pone.0105044

10.1007/s00705-013-1969-z

10.1007/s00705-011-1166-x

10.1007/s00705-012-1452-2

Zhang T., 2006, PLoS Biol, 4, 1

10.1094/PHYTO-02-11-0034

Thông tin
Thông tin xuất bản

Phytopathology

Tập 105 Số 6

716-727

Thông tin tác giả