Phả hệ của chi Flavivirus

Journal of Virology - Tập 72 Số 1 - Trang 73-83 - 1998
Goro Kuno1, Gwong‐Jen J. Chang1, K R Tsuchiya1, N Karabatsos1, C B Cropp1
1Arbovirus Diseases Branch, Division of Vector-Borne Infectious Diseases, National Center for Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, Fort Collins, Colorado 80522-2087

Tóm tắt

TÓM TẮT

Chúng tôi tiến hành một nghiên cứu phả hệ toàn diện để xác định mối quan hệ di truyền giữa các virus thuộc chi Flavivirus và so sánh phân loại dựa trên phả hệ phân tử với phương pháp huyết thanh học hiện nay. Bằng cách sử dụng sự kết hợp của các định nghĩa định lượng (mức độ hỗ trợ bootstrap và độ tương đồng trình tự nucleotide theo cặp), các virus có thể được phân loại thành các cụm, nhánh và loài. Nghiên cứu phả hệ của chúng tôi lần đầu tiên tiết lộ rằng từ tổ tiên giả thuyết, hai nhánh, cụm virus không véc-tơ và cụm virus truyền qua véc-tơ, đã tiến hóa và từ cụm sau đã xuất hiện các cụm virus truyền qua bọ ve và muỗi. Nếu giả thuyết về sự liên kết với các động vật chân đốt là một đặc điểm thu được là đúng, thì độ tương đồng trình tự nucleotide theo cặp giữa ba cụm này cung cấp dữ liệu hỗ trợ cho khả năng rằng cụm không véc-tơ tiến hóa trước tiên, tiếp theo là sự tách biệt giữa các cụm virus truyền qua bọ ve và muỗi theo thứ tự đó. Các nhánh được xác lập trong nghiên cứu của chúng tôi có mối tương quan đáng kể với các phức hợp kháng nguyên hiện có. Chúng tôi cũng đã giải quyết nhiều vấn đề phân loại trước đây bằng cách thiết lập mối quan hệ phả hệ của các virus không được phân loại kháng nguyên với các virus đã được xác định tốt và bằng cách xác định các virus đồng nghĩa.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Ando K. Kuratsuka K. Arima S. Hironaka N. Honda Y. Ishii K. Studies on the viruses isolated during epidemic of Japanese B encephalitis in 1948 in Tokyo area.Kitasato Arch. Exp. Med. 24 1952 49 61

Berthet F.-X. H. G. Zeller M.-T. Drouet J. Rauzier J.-P. Digoutte and V. Deubel. Extensive nucleotide changes and deletions within the envelope glycoprotein gene of Euro-African West Nile viruses. J. Gen. Virol. 78: 2293–2297.

Blok J. Gibbs A. J. Molecular systematics of the flaviviruses and their relatives Molecular basis of virus evolution. Gibbs A. Calisher C. H. Garcia-Arenal F. 1995 270 289 Cambridge University Press Cambridge England

10.1006/viro.1996.0124

Calisher C. H. Antigenic classification and taxonomy of flaviviruses (family Flaviviridae) emphasizing a universal system for the taxonomy of viruses causing tick-borne encephalitis.Acta Virol. 32 1988 469 478

10.1099/0022-1317-70-1-37

Chang G.-J. J. Unpublished data.

10.1099/0022-1317-76-7-1877

10.1099/0022-1317-66-12-2749

10.1006/viro.1995.1326

10.1073/pnas.93.2.548

Felsenstein J. PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.5c. Distributed by the author. 1993 Department of Genetics University of Washington Seattle

Felsenstein J. PHYLIP—Phylogeny Inference Package (version 3.2).Cladistics 5 1989 164 166

10.1016/0166-0934(93)90053-T

10.1099/0022-1317-76-9-2317

10.1016/0168-1702(93)90002-5

Gould E. Zanotto P. M. A. Holmes E. C. The genetic evolution of flaviviruses Factors in the emergence of arbovirus diseases. Saluzzo J. F. Dodet B. 1997 51 63 Elsevier Paris France

10.1016/S0168-1702(97)01451-2

Honda Y. Comparison of the immunological characters of a new virus “Negishi strain” and Russian Spring Summer encephalitis virus (in Japanese).Kitasato Jikken Igaku 24 1951 91 93

Igarashi A. Unpublished data.

Igarashi A. Personal communication.

Karabatsos N. International catalogue of arboviruses 3rd ed. 1985 American Society of Tropical Medicine and Hygiene San Antonio Tex

Karabatsos N. Unpublished data.

10.1007/BF01731581

Kumar S. Tamura K. Nei M. Molecular evolutionary genetics analysis version 1.01. 1993 The Pennsylvania State University University Park Pa

10.1099/0022-1317-78-9-2279

10.1016/S0140-6736(05)65799-6

10.1006/viro.1995.1557

10.1016/0034-5288(95)90081-0

10.1006/smvy.1994.1014

Murphy F. A. Fauquet C. M. Bishop D. H. L. Ghabrial S. A. Jarvis A. W. Martelli G. P. Mayo M. A. Summers M. D. Virus taxonomy: classification and nomenclature of virus 1995 415 421 Spring-Verlag New York N.Y

10.7883/yoken1952.14.51

10.1016/S0923-2516(07)80011-2

10.1006/viro.1996.0213

10.4269/ajtmh.1978.27.153

Rubin S. G. Chumakov M. P. New data on the antigenic types of tick-borne encephalitis (TBE) virus.Zentralbl. Bakteriol. Suppl. 9 1980 231 236

Saitou N. Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.Mol. Biol. Evol. 4 1987 406 425

10.1099/0022-1317-75-5-1053

Strauss E. G. Strauss J. M. Levine A. J. Virus evolution Virology 2nd ed. Fields B. N. Knipe D. M. Chanock R. M. Hirsch M. S. Melnick J. L. Monath T. P. Roizman B. 1990 167 190 Raven Press New York N.Y

Tajima F. Nei M. Estimation of evolutionary distance between nucleotide sequences.Mol. Biol. Evol. 1 1984 269 285

10.1128/jcm.35.8.1943-1947.1997

10.3201/eid0302.970209

10.1093/nar/22.22.4673

Ueda M. A serological survey of cattle and small wild mammals for evidence of tick-borne encephalitis virus infection in Hokkaido, Japan.Jpn. J. Vet. Res. 28 1980 51 52

10.1159/000150159

10.4269/ajtmh.1982.31.1273

10.1016/0042-6822(92)91245-P

10.1099/0022-1317-75-1-227

10.1099/0022-1317-77-5-1035

10.1006/viro.1993.1599

Westaway E. G. Blok J. Taxonomy and evolutionary relationships of flaviviruses Dengue and dengue hemorrhagic fever. Gubler D. J. Kuno G. 1997 147 173 CAB International Wallingford England

10.1099/0022-1317-74-5-921

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Virology

Tập 72 Số 1

73-83

Thông tin tác giả