Phân tích hệ phả thực vật của các chuỗi virus viêm gan E toàn cầu: sự đa dạng di truyền, các kiểu phân loại và bệnh truyền nhiễm động vật sang người
Tóm tắt
Các chuỗi nucleotide từ tổng cộng 421 mẫu virus viêm gan E (HEV) đã được thu thập từ Genbank và phân tích. Về mặt hệ phả thực vật, HEV được phân loại thành bốn kiểu gen chính. Kiểu gen 1 được bảo tồn nhiều hơn và được phân thành năm kiểu phụ. Số lượng chuỗi kiểu gen 2 bị giới hạn nhưng có thể phân loại thành hai kiểu phụ. Các kiểu gen 3 và 4 cực kỳ đa dạng và có thể được chia thành mười và bảy kiểu phụ. Về địa lý, kiểu gen 1 được phân lập từ các quốc gia nhiệt đới và một số quốc gia cận nhiệt đới ở châu Á và châu Phi, trong khi kiểu gen 2 có nguồn gốc từ Mexico, Nigeria và Chad; kiểu gen 3 được xác định hầu như trên toàn cầu, bao gồm châu Á, châu Âu, châu Đại Dương, Bắc và Nam Mỹ. Ngược lại, kiểu gen 4 chỉ được tìm thấy ở châu Á. Có giả thuyết rằng kiểu gen 3 có nguồn gốc từ bán cầu Tây và đã được nhập khẩu vào một số quốc gia châu Á như Nhật Bản, Hàn Quốc và Đài Loan, trong khi kiểu gen 4 có thể là bản địa và có khả năng được giới hạn ở châu Á. Các kiểu gen 3 và 4 không chỉ được xác định ở lợn mà còn ở các động vật hoang dã như lợn rừng và hươu. Hơn nữa, trong hầu hết các khu vực nơi các kiểu gen 3 và 4 được phân loại, các chuỗi từ cả người và động vật đều được bảo tồn cao, cho thấy chúng có nguồn gốc từ cùng một nguồn lây nhiễm. Dựa trên sự khác biệt nucleotide từ năm hệ phả thực vật, đề xuất rằng năm kiểu phụ, hai kiểu phụ, mười kiểu phụ và bảy kiểu phụ cho các kiểu gen HEV 1, 2, 3 và 4 được đặt tên là các kiểu phụ theo thứ tự chữ cái. Do đó, tổng cộng đã có 24 kiểu phụ (1a, 1b, 1c, 1d, 1e, 2a, 2b, 3a, 3b, 3c, 3d, 3e, 3f, 3g, 3h, 3i, 3j, 4a, 4b, 4c, 4d, 4e, 4f và 4g) được ghi nhận.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Purcell RH, 2001, Fields Virology, 3051
Panda SK, 1995, An Indian strain of hepatitis E virus (HEV): cloning, sequence, and expression of structural region and antibody responses in sera from individuals from an area of high‐level HEV endemicity, J Clin Microbiol, 33, 2653, 10.1128/jcm.33.10.2653-2659.1995
Wang GM, 1990, Animal model study with HEV infection, Chin J Pub Health, 9, 287
Donati MC, 1997, Viral Hepatitis and Liver Disease, 313
Usmanov RK, 1991, A comparative study of enteral hepatitis E (non‐A, non‐B) in the valley and mountainous areas of Kirghizia, Vopr Virusol, 36, 66
Yajima Y, 2003, An acute hepatitis case domestically infected with a hepatitis E virus whose nucleotode sequence showed a high similarity to that from a domestic swine in Japan, Jpn J Gastroenterol, 100, 454
Li K, 2002, Partial nucleotide sequencing of hepatitis E viruses detected in sera of patients with hepatitis E from 14 cities in China, Chin Med J, 115, 1058
Song DY, 1992, Hepatitis E in Hetian city. Analysis of 562 cases, Zhonghua Nei Ke Za Zhi, 31, 275
Kumar S, 1994, MEGA. Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers, Comput Appl Biosci, 10, 189