Phân tích hệ phả thực vật của các chuỗi virus viêm gan E toàn cầu: sự đa dạng di truyền, các kiểu phân loại và bệnh truyền nhiễm động vật sang người

Reviews in Medical Virology - Tập 16 Số 1 - Trang 5-36 - 2006
Ling Lü1, Chunhua Li1,2, Curt H. Hagedorn1
1Division of Gastroenterology/Hepatology, Department of Medicine, Kansas University Medical Center, Kansas City, Kansas, USA
2Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming City, China

Tóm tắt

Tóm tắtCác chuỗi nucleotide từ tổng cộng 421 mẫu virus viêm gan E (HEV) đã được thu thập từ Genbank và phân tích. Về mặt hệ phả thực vật, HEV được phân loại thành bốn kiểu gen chính. Kiểu gen 1 được bảo tồn nhiều hơn và được phân thành năm kiểu phụ. Số lượng chuỗi kiểu gen 2 bị giới hạn nhưng có thể phân loại thành hai kiểu phụ. Các kiểu gen 3 và 4 cực kỳ đa dạng và có thể được chia thành mười và bảy kiểu phụ. Về địa lý, kiểu gen 1 được phân lập từ các quốc gia nhiệt đới và một số quốc gia cận nhiệt đới ở châu Á và châu Phi, trong khi kiểu gen 2 có nguồn gốc từ Mexico, Nigeria và Chad; kiểu gen 3 được xác định hầu như trên toàn cầu, bao gồm châu Á, châu Âu, châu Đại Dương, Bắc và Nam Mỹ. Ngược lại, kiểu gen 4 chỉ được tìm thấy ở châu Á. Có giả thuyết rằng kiểu gen 3 có nguồn gốc từ bán cầu Tây và đã được nhập khẩu vào một số quốc gia châu Á như Nhật Bản, Hàn Quốc và Đài Loan, trong khi kiểu gen 4 có thể là bản địa và có khả năng được giới hạn ở châu Á. Các kiểu gen 3 và 4 không chỉ được xác định ở lợn mà còn ở các động vật hoang dã như lợn rừng và hươu. Hơn nữa, trong hầu hết các khu vực nơi các kiểu gen 3 và 4 được phân loại, các chuỗi từ cả người và động vật đều được bảo tồn cao, cho thấy chúng có nguồn gốc từ cùng một nguồn lây nhiễm. Dựa trên sự khác biệt nucleotide từ năm hệ phả thực vật, đề xuất rằng năm kiểu phụ, hai kiểu phụ, mười kiểu phụ và bảy kiểu phụ cho các kiểu gen HEV 1, 2, 3 và 4 được đặt tên là các kiểu phụ theo thứ tự chữ cái. Do đó, tổng cộng đã có 24 kiểu phụ (1a, 1b, 1c, 1d, 1e, 2a, 2b, 3a, 3b, 3c, 3d, 3e, 3f, 3g, 3h, 3i, 3j, 4a, 4b, 4c, 4d, 4e, 4f và 4g) được ghi nhận.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1007/s00705-004-0429-1

10.1016/0042-6822(91)90760-9

10.1073/pnas.89.17.8259

10.1128/JVI.70.1.207-216.1996

10.1128/JVI.71.12.9045-9053.1997

Purcell RH, 2001, Fields Virology, 3051

10.1002/rmv.384

10.1128/JCM.39.12.4370-4379.2001

10.1006/viro.2001.1017

10.1086/340023

10.1099/0022-1317-83-8-1931

10.1159/000073210

10.1128/JCM.40.9.3209-3218.2002

10.1099/0022-1317-80-3-681

10.1002/jmv.2031

10.1099/0022-1317-80-1-169

10.1002/(SICI)1096-9071(199903)57:3<243::AID-JMV6>3.0.CO;2-R

10.1086/315651

10.1002/(SICI)1096-9071(199901)57:1<68::AID-JMV10>3.0.CO;2-E

10.4269/ajtmh.2000.62.187

10.1016/S0166-0934(97)00172-9

10.1016/0042-6822(92)90230-M

10.1099/0022-1317-81-7-1675

10.1128/JCM.37.12.3828-3834.1999

10.4065/72.12.1133

10.1016/S0168-8278(00)80316-5

10.1099/0022-1317-79-3-447

10.1002/jmv.2094

10.1099/0022-1317-81-12-2885

10.1002/(SICI)1096-9071(199904)57:4<356::AID-JMV5>3.0.CO;2-D

10.1099/vir.0.19587-0

10.1128/JCM.40.12.4493-4498.2002

10.1111/j.1365-2893.1994.tb00111.x

10.1046/j.1365-2893.2001.00290.x

10.4269/ajtmh.1995.53.228

10.4269/ajtmh.1999.61.331

10.1086/315273

10.1016/S0168-8278(00)80319-0

10.1073/pnas.94.18.9860

10.1099/0022-1317-82-10-2449

10.1016/S0140-6736(03)14025-1

10.1016/j.jhep.2003.12.026

10.1128/JCM.35.5.1244-1247.1997

10.1093/infdis/171.2.447

10.1002/jmv.10131

10.1002/jmv.2170

10.1128/JCM.41.8.3602-3608.2003

10.1099/vir.0.18918-0

10.1016/S0168-8278(01)00297-5

10.1002/jmv.10301

10.1002/jmv.20059

10.3201/eid0706.010608

10.1136/vr.154.8.223

10.1002/jmv.2067

10.1128/JCM.40.11.4021-4029.2002

10.1128/JCM.40.4.1326-1332.2002

10.1002/(SICI)1096-9071(200002)60:2<166::AID-JMV10>3.0.CO;2-8

10.1128/JVI.72.12.9714-9721.1998

10.1128/JCM.39.3.918-923.2001

10.1016/S0168-1702(97)00112-3

10.1016/S0168-1702(98)00079-3

10.1002/jmv.10276

10.1099/vir.0.19571-0

10.1016/S0168-1702(98)00123-3

10.1099/0022-1317-80-7-1691

10.1002/(SICI)1096-9071(200003)60:3<275::AID-JMV5>3.0.CO;2-9

10.1002/jmv.1890440106

10.1016/S0168-1702(02)00052-7

Panda SK, 1995, An Indian strain of hepatitis E virus (HEV): cloning, sequence, and expression of structural region and antibody responses in sera from individuals from an area of high‐level HEV endemicity, J Clin Microbiol, 33, 2653, 10.1128/jcm.33.10.2653-2659.1995

10.1128/JVI.74.5.2430-2437.2000

10.1007/BF01702352

10.1126/science.2107574

10.1128/AEM.64.11.4485-4488.1998

10.1093/nar/20.13.3512

10.1007/BF01703432

10.1016/0168-1702(93)90024-H

Wang GM, 1990, Animal model study with HEV infection, Chin J Pub Health, 9, 287

10.1073/pnas.89.2.559

10.4269/ajtmh.1989.40.438

Donati MC, 1997, Viral Hepatitis and Liver Disease, 313

10.1002/jmv.20214

Usmanov RK, 1991, A comparative study of enteral hepatitis E (non‐A, non‐B) in the valley and mountainous areas of Kirghizia, Vopr Virusol, 36, 66

10.1002/(SICI)1096-9071(199710)53:2<139::AID-JMV5>3.0.CO;2-A

10.1002/(SICI)1096-9071(199902)57:2<126::AID-JMV7>3.0.CO;2-O

10.1002/(SICI)1096-9071(199712)53:4<340::AID-JMV5>3.0.CO;2-7

10.1016/S0928-8244(03)00241-4

10.1099/vir.0.19242-0

10.1099/vir.0.18802-0

10.1007/s00535-003-1292-7

10.1007/s00535-003-1359-5

10.1016/j.jhep.2004.03.013

10.1006/bbrc.2001.6088

10.1002/jmv.20125

10.1086/344349

10.1128/JCM.41.3.1342-1343.2003

10.3201/eid0904.020351

Yajima Y, 2003, An acute hepatitis case domestically infected with a hepatitis E virus whose nucleotode sequence showed a high similarity to that from a domestic swine in Japan, Jpn J Gastroenterol, 100, 454

Li K, 2002, Partial nucleotide sequencing of hepatitis E viruses detected in sera of patients with hepatitis E from 14 cities in China, Chin Med J, 115, 1058

10.1159/000072436

10.1128/JCM.42.8.3883-3885.2004

10.1099/vir.0.19052-0

10.1016/S1386-6346(03)00197-9

10.1056/NEJM200210313471819

Song DY, 1992, Hepatitis E in Hetian city. Analysis of 562 cases, Zhonghua Nei Ke Za Zhi, 31, 275

10.1073/pnas.94.13.6815

10.1111/j.1537-2995.2004.03300.x

10.1159/000063231

10.1086/378074

10.1016/j.virol.2004.10.006

10.1016/j.hepres.2004.04.004

10.1016/S0168-8278(02)00106-X

10.1111/j.1348-0421.1992.tb02061.x

10.4269/ajtmh.1997.57.449

10.1007/BF02253253

10.4269/ajtmh.2000.62.619

10.1099/vir.0.80248-0

10.1099/0022-1317-81-4-903

10.1016/S0166-0934(99)00069-5

10.1016/S0378-1135(99)00065-6

10.1002/jmv.1890410311

10.1007/s007050050384

10.1128/JVI.66.5.3225-3229.1992

10.1002/jmv.1890430207

10.1128/JCM.40.11.4197-4202.2002

10.1002/jmv.1890320110

10.1002/(SICI)1096-9071(199602)48:2<121::AID-JMV1>3.0.CO;2-B

10.1007/BF01962622

10.1099/0022-1317-79-8-1847

10.1099/vir.0.80401-0

10.1099/0022-1317-73-6-1365

Kumar S, 1994, MEGA. Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers, Comput Appl Biosci, 10, 189

Thông tin
Thông tin xuất bản

Reviews in Medical Virology

Tập 16 Số 1

5-36

Thông tin tác giả