Các kiểm tra mất cân bằng gia phả cho các haplotype đa locus

Genetic Epidemiology - Tập 25 Số 2 - Trang 115-121 - 2003
Frank Dudbridge1
1MRC Human Genome Mapping Project Resource Centre, Hinxton, Cambridge, UK. [email protected]

Tóm tắt

Tóm tắtCác kiểm tra hiệp hội của các haplotype đa locus được quan tâm trong cả việc lập bản đồ mất cân bằng liên kết và trong các nghiên cứu gen ứng cử viên. Đối với bộ ba ca - cha - mẹ, tôi thảo luận về việc mở rộng các phương pháp đa locus hiện có để bao gồm các haplotype không rõ ràng trong các kiểm tra mô hình phân biệt giữa pha cis và trans. Một kiểm tra tỉ lệ khả năng được đề xuất, sử dụng thuật toán tối đa hóa kỳ vọng (E-M) để tính đến sự không rõ ràng của haplotype. Các giả định về cấu trúc quần thể là cần thiết, nhưng các tình huống thực tế, bao gồm phân tầng quần thể, vi phạm các giả định dẫn đến các kiểm tra bảo thủ. Tôi mô tả một quy trình hoán vị cho giả thuyết vô hiệu mà quan tâm, điều này kiểm soát những vi phạm giả định. Đối với các phả hệ tổng quát, tôi mô tả các mở rộng của kiểm tra mất cân bằng phả hệ để bao gồm các haplotype không chắc chắn. Các thống kê tóm tắt được thay thế bằng các giá trị kỳ vọng của chúng trên các phân phối trước của tần suất haplotype. Nếu các phân phối trước không có sẵn, một kiểm tra hợp lệ có thể thực hiện bằng cách sử dụng thuật toán E-M để ước tính phân phối vô hiệu của tần suất haplotype. Các phương pháp tương tự cũng có sẵn cho các đặc điểm định lượng. Các kiểm tra hoán vị chính xác khá khó để xây dựng trên các mẫu nhỏ, nhưng một quy trình xấp xỉ là thích hợp trên các mẫu lớn, và có thể được sử dụng để tính đến sự phụ thuộc giữa các kiểm tra của nhiều haplotype và locus. Genet Epidemiol 25:115–121, 2003. © 2003 Wiley‐Liss, Inc.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1086/302698

10.1517/14622416.2.1.11

10.1002/1098-2272(200102)20:2<271::AID-GEPI9>3.0.CO;2-L

Breslow NE, 1980, statistical methods in cancer research

10.1086/302577

10.1086/338007

Curtis D, 1995, A note on the application of the transmission disequilibrium test when a parent is missing, Am J Hum Genet, 56, 811

Dempster AP, 1977, Maximum likelihood from incomplete data via the EM algorithm, J R Stat Soc B, 39, 1

10.1046/j.1469-1809.2000.6430207.x

10.1046/j.1469-1809.2001.6520189.x

10.1086/319507

10.1086/319525

10.1086/302745

10.1046/j.1469-1809.1997.6140335.x

10.1086/346173

10.2307/2533494

Schaid DJ, 1993, Genotype relative risks: methods for design and analysis of candidate‐gene association studies, Am J Hum Genet, 53, 1114

10.1086/338688

10.1111/j.1469-1809.1995.tb00751.x

10.1046/j.1469-1809.2001.6550483.x

Spielman RS, 1996, The TDT and other family‐based tests for linkage disequilibrium and association, Am J Hum Genet, 59, 983

Spielman RS, 1993, Transmission test for linkage disequilibrium: the insulin gene region and insulin‐dependent diabetes mellitus (IDDM), Am J Hum Genet, 52, 506

10.1159/000154096

Thomson G, 1995, Mapping disease genes: family‐based association studies, Am J Hum Genet, 57, 487

10.1159/000057986

Zhang S, 2001, Test of association for quantitative traits in general pedigrees: the quantitative pedigree disequilibrium test, Genet Epidemiol, 21, 370, 10.1002/gepi.2001.21.s1.s370

10.1086/302378

10.1159/000022901

Thông tin
Thông tin xuất bản

Genetic Epidemiology

Tập 25 Số 2

115-121

Thông tin tác giả