Sự dư thừa trong các tương tác giữa các protein đồng hình trong mạng tương tác

FEBS Letters - Tập 581 - Trang 52-56 - 2007
Jerzy Orlowski1, Szymon Kaczanowski2,3, Piotr Zielenkiewicz1,2
1Laboratory of Plant Molecular Biology, Faculty of Biology, Warsaw University, Pawinskiego 5a, 02-106 Warszawa, Poland
2Department of Bioinformatics, Institute of Biochemistry and Biophysics, Polish Academy of Sciences, Pawinskiego 5a, 02-106 Warszawa, Poland
3Department of Organismic and Evolutionary Biology, Harvard University, USA

Tóm tắt

Đã được chứng minh rõ ràng rằng xác suất một protein tương tác với chính nó cao hơn so với việc nó tương tác với một protein khác. Gần đây đã chỉ ra rằng xác suất tương tác cũng cao hơn đối với các protein có độ tương đồng trình tự đáng kể. Trong bài báo này, chúng tôi chỉ ra rằng các protein chia sẻ các miền PFAM giống hệt nhau tương tác thường xuyên hơn so với dự đoán ngẫu nhiên trong Saccharomyces cerevisiae và Escherichia coli. Chúng tôi cũng phân tích đa dạng các giao diện miền được sử dụng bởi các protein homologous để tương tác và chỉ ra rằng sự dư thừa trong các tương tác giữa các protein đồng hình không phải do số lượng nhỏ các cặp "miền dính" giống hệt nhau được chia sẻ giữa các protein đang tương tác.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1126/science.1068696 10.1186/1471-2148-3-11 10.1016/S0022-2836(02)01144-0 10.1016/S0022-5193(03)00028-6 10.1098/rspb.2002.2269 10.1159/000067642 10.1186/1471-2148-4-5 10.1093/nar/gki678 10.1038/nature02555 Güldener U., 2005, CYGD: the comprehensive yeast genome database, Nucleic Acids Res., 33, D364 10.1038/nbt1002-991 10.1038/nature03239 Balakrishnan R. Christie K.R. Costanzo M.C. Dolinski K. Dwight S.S. Engel S.R. Fisk D.G. Hirschman J.E. Hong E.L. Nash R. Oughtred R. Skrzypek M. Theesfeld C.L. Binkley G. Lane C. Schroeder M. Sethuraman A. Dong S. Weng S. Miyasato S. Andrada R. Botstein D. and Cherry J.M. Saccharomyces Genome Database<ftp://ftp.yeastgenome.org/yeast/>. 10.1093/nar/28.1.60 10.1093/nar/gkh007 10.1016/S0014-5793(03)01019-6 K. Kauffman 1993 Oxford University Press
Thông tin
Thông tin xuất bản

FEBS Letters

Tập 581

52-56

Thông tin tác giả