Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Tối ưu hóa bằng chứng cho sự liên kết thông qua việc hoán đổi thứ tự các chỉ thị
Tóm tắt
Chúng tôi đã phát triển một thuật toán hoán đổi thứ tự chỉ thị mới để tìm thứ tự tốt nhất của các chỉ thị phân đoạn cho phân tích liên kết đa điểm. Thuật toán tìm kiếm thứ tự tốt nhất của các chỉ thị phân đoạn sao cho tổng bình phương của các sai khác trong phân phối quan hệ do di truyền giữa các chỉ thị lân cận được tối thiểu hóa. Để kiểm tra thuật toán này, chúng tôi đã xem xét ảnh hưởng của nó đến bằng chứng cho liên kết trong dữ liệu mô phỏng và dữ liệu từ Nghiên cứu Hợp tác về Di truyền học của Nghiện rượu (COGA). Chúng tôi phát hiện có bằng chứng cải thiện cho liên kết với bản đồ đã được sắp xếp lại ở vị trí thực trong dữ liệu mô phỏng (giá trị p giảm từ 1.16 × 10-9 xuống 9.70 × 10-10). Phân tích dân số người da trắng từ dữ liệu COGA với bản đồ đã được sắp xếp lại cho sự phụ thuộc vào rượu dẫn đến sự thay đổi đáng kể của tín hiệu liên kết (p = 0.0365 giảm xuống p = 0.0039) trên nhiễm sắc thể 1 giữa các chỉ thị D1S1592 và D1S1598. Kết quả của chúng tôi gợi ý rằng việc sắp xếp lại các chỉ thị phân đoạn trong các vùng ứng cử khi bản đồ di truyền không chắc chắn có thể là một bước quan trọng khi xem xét một bản đồ dày đặc.
Từ khóa
#thuật toán hoán đổi chỉ thị #phân tích liên kết đa điểm #di truyền học #dữ liệu COGA #phụ thuộc vào rượu #bản đồ di truyềnTài liệu tham khảo
Buetow KH, Weber JL, Ludwigsen S, Scherpbier-Heddema T, Duyk GM, Sheffield VC, Wang Z, Murray JC: Integrated human genome-wide maps constructed using the CEPH reference panel. Nat Genet. 1994, 6: 391-393. 10.1038/ng0494-391.
Broman KW, Murray JC, Sheffield VC, White RL, Weber JL: Comprehensive human genetic maps: individual and sex-specific variation in recombination. Am J Hum Genet. 1998, 63: 861-869. 10.1086/302011.
Cheung J, Estivill X, Khaa R, MacDonal JR, Lau K, Tsui L, Scherer SW: Genome-wide detection of segmental duplications and potential assembly errors in the human genome sequence. Genome Biol. 2004, 4: R25.1-R25.10.
Goring HHH, Terwilliger JD: Linkage analysis in the presence of errors III: marker loci and their map as nuisance parameters. Am J Hum Genet. 2000, 66: 1298-1309. 10.1086/302846.
Stringham H, Boehnke M: Lod scores for gene mapping in the presence of marker map uncertainty. Genet Epidemiol. 2001, 21: 31-39. 10.1002/gepi.1016.
DeWan AT, Parrado AR, Matise TC, Leal SM: Map error reduction: using genetic and sequence-based physical maps to order closely linked markers. Hum Hered. 2002, 54: 34-44. 10.1159/000066697.
Smith DR: Random trees and the analysis of branch and bound procedures. J ACM. 1984, 31: 163-188. 10.1145/2422.322422.
Rutenbar RA: Simulated annealing algorithms: an overview. IEEE. 1989, 5: 19-26.
Mester D, Ronin Y, Minkov D, Nevo E, Korol A: Constructing large-scale genetic maps using an evolutionary strategy algorithm. Genetics. 2003, 165: 2269-2282.
S.A.G.E., Statistical Analysis for Genetic Epidemiology. version 4.5. [http://darwin.cwru.edu/sage/]
Reich T, Edenberg HJ, Goate A, Williams JT, Rice JP, Van Eerdewegh P, Foroud T, Hesselbrock V, Schuckit MA, Bucholz K, Porjesz B, Li TK, Conneally PM, Nurnberger JI, Tischfield JA, Crowe RR, Cloninger CR, Wu W, Shears S, Carr K, Crose C, Willig C, Begleiter H: Genome-wide search for genes affecting the risk for alcohol dependence. Am J Med Genet. 1998, 81: 207-215. 10.1002/(SICI)1096-8628(19980508)81:3<207::AID-AJMG1>3.0.CO;2-T.
Leal SM: Genetic maps of microsatellite and single-nucleotide polymorphism markers: are the distances accurate?. Genet Epidemiol. 2003, 24: 243-252. 10.1002/gepi.10227.
Huang Q, Shete S, Amos CI: Ignoring linkage disequilibrium among tightly linked markers induces false-positive evidence of linkage for affected sib pair analysis. Am J Hum Genet. 2004, 75: 1106-1112. 10.1086/426000.