Liên kết nucleotide với protein homodimeric MJ0796: Một nghiên cứu tính toán về dimmer NBD của người vận chuyển ABC prokaryotic

FEBS Letters - Tập 579 - Trang 4193-4199 - 2005
Jeff D. Campbell1, Mark S.P. Sansom1
1Department of Biochemistry, University of Oxford, South Parks Road, Oxford OX1 3QU, UK

Tóm tắt

Vận chuyển bởi các protein ABC đòi hỏi một chu kỳ thay đổi hình dạng được thúc đẩy bởi ATP của các miền liên kết nucleotide (NBD). Chúng tôi so sánh ba mô phỏng động lực học phân tử của MJ0796 dimer: với ATP có mặt tại cả hai NBD; với ATP tại một NBD nhưng có ADP tại NBD còn lại; và không có ATP nào gắn kết. Trong mô phỏng có mặt ATP tại cả hai NBD, protein dimer tương tác với các nucleotide theo cách đối xứng. Tuy nhiên, nếu có ADP tại một vị trí liên kết thì cả tương tác NBD–NBD và tương tác protein–ATP đều được tăng cường tại vị trí đối diện.

Từ khóa

#ATP #ADP #protein ABC #mô phỏng động lực học phân tử #nghiên cứu tính toán

Tài liệu tham khảo

10.1016/0966-842X(94)90620-3 10.1023/A:1012866803188 10.1007/s00018-003-3336-9 10.1073/pnas.152204499 10.1016/S1097-2765(02)00576-2 10.1074/jbc.C200484200 10.1016/j.molcel.2003.08.004 10.1016/j.jmb.2004.07.001 10.1073/pnas.152439599 10.1074/jbc.M405084200 10.1016/0009-2614(94)01391-8 10.1529/biophysj.104.046870 10.1007/s008940100045 10.1080/00268978400101201 10.1103/PhysRevA.31.1695 10.1063/1.328693 10.1080/00268978300102851 10.1038/sj.emboj.7600040 10.1016/S0969-2126(01)00617-7 10.1107/S0907444902018954 10.1093/emboj/cdf419 10.1074/jbc.274.38.26727 10.1016/S0021-9258(17)46673-7 10.1074/jbc.271.9.4858 10.1038/nsmb836 10.1126/science.1107733 10.2174/1568026033452005 10.1093/emboj/19.11.2503 10.1016/0014-5793(95)01345-8
Thông tin
Thông tin xuất bản

FEBS Letters

Tập 579

4193-4199

Thông tin tác giả