Marta Cabezon1, Joan Bargay2, Blanca Xicoy1, Laura Palomo3, Sílvia Marcé1, Ramón Guàrdia4, Salut Brunet5, Carmen Pedro, Mar Tormo6, Vera Ademà3, Victor Marco7, Lourdes Escoda8, Llorenç Font9, Elena Rámila10, Josep Maria Martí11, David Valcarcel12, Josep Borras2, Evarist Feliu1, Fuensanta Millá1, Lurdes Zamora1
1Hematology Service, ICO-Hospital Germans Trias i Pujol, Institut de Recerca Contra la Leucèmia Josep Carreras, Universitat Autònoma de Barcelona, Badalona, Spain
2Hospital Son Llàtzer, Palma de Mallorca, Spain
3MDS Research Group, Institut de Recerca Contra la Leucèmia Josep Carreras, ICO-Hospital Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Badalona, Spain
4ICO Girona- Hospital Josep Trueta, Girona, Spain
5Hematology Department, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain
6Hospital Clínico Universitario de Valencia, Valencia, Spain
7Hospital Arnau de Vilanova, Spanish MDS Cooperative Group, Lleida, Spain
8ICO-Hospital Joan XXIII, Tarragona, Spain
9Hospital Verge de la Cinta, Tortosa, Spain
10Hospital Parc Taulí, Sabadell, Spain
11Hospital Mútua de Terrassa, Terrassa, Spain
12Department of Hematology, University Hospital Vall d'Hebron, Barcelona, Spain
Tóm tắt
Tóm tắt
GIỚI THIỆU: Hội chứng loạn sản tủy (MDS) là một nhóm các bệnh bạch cầu tủy nguyên phát xuất phát từ tế bào gốc tạo máu, đặc trưng bởi tình trạng giảm bạch cầu, loạn sản ở một hoặc nhiều dòng tế bào, huyết học không hiệu quả và tăng nguy cơ tiến triển thành bạch cầu cấp dòng tủy (AML). Việc điều trị MDS phụ thuộc vào phân loại phụ và loại hình tiên lượng. Các chất ức chế DNA methyltransferase đã được phê duyệt cho MDS nguy cơ cao. Trong thập kỷ qua, việc áp dụng các công nghệ mới với công suất cao vào nghiên cứu MDS đã dẫn đến việc xác định nhiều gen đột biến liên tục. Những gen này bao gồm các gen sản sinh ra các protein liên quan đến quá trình cắt nối RNA, methyl hóa DNA, sửa đổi chromatin, phiên mã, kiểm soát sửa chữa DNA, chức năng cohesin, con đường RAS và sao chép DNA. Có sự trùng lặp đáng kể giữa các gen thường bị đột biến trong MDS với những gen được tìm thấy trong AML. Tình trạng đột biến chưa được sử dụng rộng rãi để chọn lựa phương pháp điều trị trong MDS.
Mục tiêu của nghiên cứu này là xác định tình trạng đột biến của bệnh nhân MDS và AML thứ phát (sAML) tại thời điểm chẩn đoán đã được điều trị bằng azacitidine (AZA) để xem liệu nó có thể giúp phân biệt bệnh nhân nào sẽ đáp ứng điều trị từ những người không đáp ứng.
VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP: Một nghiên cứu theo chiều dọc đã được thực hiện trên 36 bệnh nhân MDS và sAML được điều trị bằng AZA. DNA gen được lấy từ tủy xương tại thời điểm chẩn đoán. Các hóa chất SeqCap EZ và KAPA Library Preparation Kit (Roche) đã được sử dụng để làm giàu DNA của 83 gen liên quan đến bệnh bạch cầu tủy. Bảng tùy chỉnh đã được phân tích trên nền tảng MiSeq Illumina với các đoạn đọc cặp 150bp. Các mẫu đã được phân tích sơ bộ bằng phần mềm Illumina MiSeq Reporter và Variant Studio. Dữ liệu từ phản ứng điều trị và sống còn đã được thu thập từ tất cả các bệnh nhân.
KẾT QUẢ: Độ sâu trung bình của giải trình tự được nhắm đến mỗi cơ sở là 685 lần. Sau khi lọc tất cả các biến thể thu được theo chất lượng, hậu quả sinh học và loại bỏ các SNP đã biết, chúng tôi đã thu được 162 biến thể, bao gồm 145 biến thể nucleotit đơn (SNV) và 17 đột biến chèn/xóa. Tất cả các bệnh nhân đều có ít nhất 1 đột biến với trung bình 4,5 biến thể trên mỗi mẫu. Số lượng đột biến được phát hiện trong mỗi loại hình tế bào có thể được quan sát trong Bảng 1.Bảng 1. Số lượng bất thường trung bình được phát hiện theo loại hình tế bào.Nº bệnh nhânSố lượng bất thường trung bình được phát hiện cho bệnh nhân (phạm vi)sAML104,8 (1-8)RAEB-274,9 (2-8)RAEB-1123,7 (1-6)RCDM54,4 (3-7)RCDM-RS16RARs11Những gene bị đột biến thường xuyên nhất là TP53, TET2 và DNMT3A. Số lượng biến thể được phát hiện cho mỗi gene được đại diện trong Bảng 2.Kết quả đầy đủ, bao gồm tương quan với phản ứng điều trị sẽ được trình bày trong hội nghị.Bảng 2. Số lượng biến thể ở mỗi gene.GeneNº biến thể được tìm thấyNº biến thể khácNº bệnh nhân có biến thểTần suất biến thểTP5322191952,8%TET214101027,8%DNMT3A88822,2%CREBBP75719,4%SRSF271719,4%ASXL165616,7%U2AF162616,7%EP30053513,9%STAG255513,9%CUX144411,1%ETV643411,1%MLL (KMT2A)43411,1%RUNX14438,3%BCOR3338,3%CDH133338,3%CTNNA13238,3%EZH23338,3%GCAT3338,3%MLL2 (KMT2D)3338,3%NF13338,3%PDGFRB3338,3%SH2B33338,3%TGM23238,3%UMODL13338,3%CEBPA2125,6%CSF3R2225,6%GATA22125,6%PHLPP12225,6%RAD212225,6%SF3B12125,6%SUZ122225,6%TIMM502125,6%Khác*1112,8%*ABL1, BCORL1, CALR, CDH3, IDH2, KRAS, LUC7L2, NPM1, NRAS, PHF6, SF3A1, SFPQ, SMC3, TERT, WT1, ZRSR2.
KẾT LUẬN: Kỹ thuật giải trình tự sâu nhắm mục tiêu là một công cụ tốt để nghiên cứu hồ sơ đột biến ở MDS và sAML. SNV là loại biến thể thường gặp nhất trong nhóm bệnh nhân của chúng tôi. Các bệnh nhân có sAML và RAEB-2 cho thấy nhiều biến thể hơn so với bệnh nhân có RAEB-1. Các nhóm còn lại ít đại diện để được đánh giá. Các gen bị ảnh hưởng nhiều nhất khớp với những gì được mô tả trong tài liệu, với một số ngoại lệ cần được nghiên cứu chi tiết hơn. Chúng tôi hy vọng sẽ dự đoán trước được bệnh nhân nào sẽ phản ứng khi chúng tôi nghiên cứu sự tương quan của phân tích đột biến với phản ứng điều trị.
Cảm ơn: Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Sanidad y Consumo, Tây Ban Nha (PI 11/02519); 2014 SGR225 (GRE) Generalitat de Catalunya; Quỹ Josep Carreras, Obra Social "La Caixa" và Celgene Tây Ban Nha. Diana Domínguez vì sự hỗ trợ kỹ thuật của cô ấy
Các khoản tiết lộ
Valcarcel: Amgen: Thù lao, Thành viên của Ban Giám đốc hoặc ủy ban tư vấn của một thực thể, Diễn giả; GSK: Thù lao, Thành viên của Ban Giám đốc hoặc ủy ban tư vấn của một thực thể, Diễn giả; Novartis: Thù lao, Diễn giả; Celgene: Thù lao, Thành viên của Ban Giám đốc hoặc ủy ban tư vấn của một thực thể, Diễn giả.
