Kiểm tra sự liên kết của nhiều biến gen bằng phương pháp gộp và phương pháp kernel với dữ liệu có cấu trúc gia đình hoặc dân số
Tóm tắt
Việc tìm kiếm các biến thể gen hiếm có liên quan đến các bệnh phức tạp có thể được hỗ trợ bằng cách làm giàu cho những người mang biến thể hiếm bằng cách lấy mẫu các trường hợp từ gia phả có bệnh, có thể có nhóm đối chứng liên quan hoặc không liên quan. Tuy nhiên, chiến lược này làm phức tạp các phân tích do nguồn gốc di truyền chia sẻ cũng như sự liên kết không cân bằng giữa các dấu hiệu di truyền. Để khắc phục những vấn đề này, chúng tôi đã phát triển các loại chỉ số "gánh nặng" và chỉ số kernel rộng rãi, mở rộng các phương pháp thường được sử dụng cho dữ liệu trường hợp - đối chứng không có liên quan để cho phép các mối quan hệ gia phả đã biết, cho các nhiễm sắc thể thường và nhiễm sắc thể X. Hơn nữa, bằng cách thay thế ma trận tương quan di truyền dựa trên gia phả bằng những ước lượng về các mối quan hệ di truyền dựa trên dữ liệu gen quy mô lớn, các phương pháp của chúng tôi có thể được sử dụng để tính đến dữ liệu có cấu trúc dân số. Qua các mô phỏng, chúng tôi cho thấy rằng tỷ lệ sai số loại I của các phương pháp đã phát triển gần đạt đến mức danh nghĩa tiệm cận, cho phép tính toán nhanh chóng các giá trị
Từ khóa
#biến thể gen hiếm #bệnh phức tạp #phương pháp gộp #phương pháp kernel #dữ liệu gia phả #thống kê gánh nặngTài liệu tham khảo
Barnett IJ, 2012, Detecting rare variant effects using extreme phenotype sampling in sequencing association studies, Genet Epidemiol, 37, 145
Li C., 1976, First Course in Population Genetics
OzbekU. Statistics for X‐chromosome association;2012; InProceedings of the 62nd Annual Meeting of The American Society of Human Genetics; Program #22.San Francisco CA.