Xác thực đa trung tâm về độ chính xác phân tích của PCR phát hiện Salmonella: hướng tới một tiêu chuẩn quốc tế

Applied and Environmental Microbiology - Tập 69 Số 1 - Trang 290-296 - 2003
Burkhard Malorny1, Jeffrey Hoorfar2, Cornelia Bunge1, Reiner Helmuth1
1Federal Institute for Health Protection of Consumers and Veterinary Medicine, D-12277 Berlin, Germany
2Danish Veterinary Institute, DK-1790 Copenhagen, Denmark

Tóm tắt

TÓM TẮTNhư một phần của một dự án quốc tế lớn về xác thực và chuẩn hóa PCR để phát hiện năm tác nhân gây bệnh thực phẩm chính, bốn bộ mồi đặc hiệu cho loài Salmonella đã được đánh giá nội bộ về độ chính xác phân tích (chọn lọc và giới hạn phát hiện) trong việc xác định 43 loài Salmonella và 47 chủng không phải Salmonella. Bộ mồi chọn lọc nhất được tìm thấy là 139-141 (K. Rahn, S. A. De Grandis, R. C. Clarke, S. A. McEwen, J. E. Galán, C. Ginocchio, R. Curtiss III, và C. L. Gyles, Mol. Cell. Probes 6:271-279, 1992), nhắm vào gene invA. Một xác định mở rộng về tính chọn lọc bằng cách sử dụng 364 chủng cho thấy tỉ lệ bao gồm là 99.6% và tỉ lệ loại trừ là 100% đối với bộ mồi invA. Để chỉ ra các chất ức chế PCR có thể phát sinh từ DNA mẫu, một kiểm soát khuếch đại nội bộ (IAC), được khuếch đại cùng với gene mục tiêu invA, đã được thiết lập. Trong sự hiện diện của 300 bản sao DNA của IAC, xác suất phát hiện cho bộ mồi 139-141 được tìm thấy là 100% khi sử dụng một huyền phù tế bào chứa 104CFU/ml làm mẫu trong PCR (50 CFU mỗi phản ứng). Bộ mồi này đã được xác thực thêm trong một nghiên cứu hợp tác quốc tế với 16 phòng thí nghiệm tham gia. Phân tích với 28 mẫu DNA mã hóa (“mù”) cho thấy độ chính xác phân tích đạt 98%. Như vậy, một xét nghiệm PCR đơn giản, cụ thể cho loài Salmonella và khuếch đại một đoạn DNA nhiễm sắc thể được phát hiện bằng điện di trên gel, đã được thiết lập thông qua xác thực rộng rãi và được đề xuất như một tiêu chuẩn quốc tế. Nghiên cứu này đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của các phòng thí nghiệm đảm bảo chất lượng về các phương pháp chẩn đoán tiêu chuẩn và trình bày các phát hiện có thể tạo điều kiện cho việc so sánh và trao đổi dữ liệu dịch tễ học trên toàn cầu.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1006/mcpr.1993.1026

Anonymous. 1994. Accuracy (trueness and precision) of measurement methods and results. Part 1. General principles and definitions (ISO 5725-1:1994). International Organization for Standardization Geneva Switzerland.

Anonymous. 1994. Accuracy (trueness and precision) of measurement methods and results. Part 2. Basic method for the determination of repeatability and reproducibility of a standard measurement method (ISO 5725-2:1994). International Organization for Standardization Geneva Switzerland.

Anonymous. 2002. Microbiology of food and animal feeding stuffs. Protocol for the validation of alternative methods (EN ISO 16140). European Committee for Standardization Paris France.

Ausubel F. M. R. Brent R. E. Kingston D. D. Moore J. G. Seidman J. A. Smith and K. Struhl (ed.). 1997. Current protocols in molecular biology p. 8.2.8-8.2.13. John Wiley & Sons New York N.Y.

10.1128/jcm.35.5.1224-1230.1997

Cohen, N. D., H. L. Neibergs, D. E. Wallis, R. B. Simpson, E. D. McGruder, and B. M. Hargis. 1994. Genus-specific detection of salmonellae in equine feces by use of the polymerase chain reaction. Am. J. Vet. Res.55:1049-1054.

10.1016/S0378-1119(96)00825-6

10.1073/pnas.86.16.6383

10.1128/iai.59.9.2901-2908.1991

Gardner I. A. and M. Greiner. 1999. Advanced methods for test validation and interpretation in veterinary medicine. Joint cooperation between the Freie Universität Berlin and the University of California Davis. Freie Universität Berlin Berlin Germany.

Hoorfar, J. 1999. EU seeking to validate and standardize PCR testing of food pathogens. ASM News65:799.

10.1128/JCM.38.9.3429-3435.2000

Humphrey T. 2000. Public-health aspects of Salmonella infection p. 245-263. In C. Way and A. Way (ed.) Salmonella in domestic animals. CABI Publishing Oxon United Kingdom.

Knutsson, R., Y. Blixt, H. Grage, E. Borch, and P. Rådström. 2001. Evaluation of selective enrichment PCR procedures for Yersinia enterocolitica. Int. J. Food Microbiol.73:35-46.

10.1111/j.1472-765X.1996.tb01106.x

10.1051/vetres:2001116

Int. J. Food Microbiol.

10.1038/35101614

Miller J. H. 1972. Experiments in molecular genetics p. 433. Cold Spring Harbor Laboratory Cold Spring Harbor N.Y.

10.1016/0890-8508(92)90002-F

Sachs L. 1984. Applied statistics: a handbook of techniques. Springer Heidelberg Germany.

10.1016/S0163-4453(01)90861-8

10.4315/0362-028X-63.6.807

10.1007/BF02005447

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applied and Environmental Microbiology

Tập 69 Số 1

290-296

Thông tin tác giả