Động lực học phân tử với sự ghép nối tới bể nhiệt độ bên ngoài

Journal of Chemical Physics - Tập 81 Số 8 - Trang 3684-3690 - 1984
Herman J. C. Berendsen1, J P Postma1, Wilfred F. van Gunsteren1, A. DiNola1, J.R. Haak1
1Laboratory of Physical Chemistry, The University of Groningen, Nijenborgh 16, 9747 Ag Groningen, The Netherlands

Tóm tắt

Trong các mô phỏng động lực học phân tử (MD), cần thiết thường xuyên để duy trì các tham số như nhiệt độ hoặc áp suất thay vì năng lượng và thể tích, hoặc để đặt các gradient nhằm nghiên cứu các tính chất vận chuyển trong MD không cân bằng. Một phương pháp được mô tả để thực hiện việc ghép nối với một bể bên ngoài có nhiệt độ hoặc áp suất không đổi với các hằng số thời gian ghép nối có thể điều chỉnh. Phương pháp này dễ dàng mở rộng cho các biến số khác và cho các gradient, và cũng có thể áp dụng cho các phân tử polyatomic liên quan đến các ràng buộc nội tại. Ảnh hưởng của các hằng số thời gian ghép nối lên các biến động lực được đánh giá. Một thuật toán nhảy cóc được trình bày cho trường hợp tổng quát liên quan đến các ràng buộc với ghép nối tới cả bể nhiệt độ không đổi và bể áp suất không đổi.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

1970, Chem. Phys. Lett., 10, 257

1979, Mol. Phys., 37, 1745, 10.1080/00268977900101291

1976, Phys. Rev. B, 13, 1216, 10.1103/PhysRevB.13.1216

1980, J. Chem. Phys., 72, 2384, 10.1063/1.439486

1983, J. Chem. Phys., 78, 2626, 10.1063/1.445020

1980, J. Stat. Phys., 23, 767, 10.1007/BF01008518

1978, Phys. Rev. B, 17, 1302

1978, Phys. Rev. B, 18, 6468, 10.1103/PhysRevB.18.6468

1978, J. Chem. Phys., 68, 3401, 10.1063/1.436246

1980, J. Chem. Phys., 73, 2421

1983, J. Chem. Phys., 78, 7368, 10.1063/1.444728

1980, Phys. Rev. Lett., 45, 1196, 10.1103/PhysRevLett.45.1196

1981, J. Appl. Phys., 52, 7182, 10.1063/1.328693

1982, J. Chem. Phys., 76, 2662, 10.1063/1.443248

1983, Phys. Rev. Lett., 50, 1073, 10.1103/PhysRevLett.50.1073

1983, Phys. Rev. Lett., 50, 1207, 10.1103/PhysRevLett.50.1207

1983, J. Chem. Phys., 78, 6928, 10.1063/1.444641

1983, Mol. Phys., 50, 1055, 10.1080/00268978300102851

1972, J. Phys., 15, 1921

1973, Mol. Phys., 26, 1475, 10.1080/00268977300102631

1980, Phys. Rev. A, 21, 1756, 10.1103/PhysRevA.21.1756

1981, J. Chem. Phys., 75, 5128, 10.1063/1.441905

1980, Phys. Rev. A, 22, 1690, 10.1103/PhysRevA.22.1690

1982, Phys. Rev. Lett., 48, 1818, 10.1103/PhysRevLett.48.1818

1983, J. Chem. Phys., 78, 3297, 10.1063/1.445195

1983, Chem. Phys., 77, 63, 10.1016/0301-0104(83)85065-4

1983, J. Chem. Phys., 79, 3067, 10.1063/1.446137

1984, Mol. Phys., 51, 1243, 10.1080/00268978400100801

1977, J. Comput. Phys., 23, 327, 10.1016/0021-9991(77)90098-5

1977, Mol. Phys., 34, 1311, 10.1080/00268977700102571

1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 80, 4315, 10.1073/pnas.80.14.4315

1984, J. Mol. Biol., 176, 559, 10.1016/0022-2836(84)90177-3

1982, Faraday Symp. Chem. Soc., 17, 55, 10.1039/fs9821700055

Thông tin
Thông tin xuất bản

Journal of Chemical Physics

Tập 81 Số 8

3684-3690

Thông tin tác giả