Các mô tả phân tử của amino acid để đánh giá các tham số vật lý - hóa học và hoạt tính sinh học của peptide

Russian Journal of Bioorganic Chemistry - Tập 35 - Trang 453-460 - 2009
E. Yu. Tyunina1, V. G. Badelin1
1Institute of Chemistry of Nonaqueous Solutions, Russian Academy of Sciences, Ivanovo, Russia

Tóm tắt

Mối quan hệ cấu trúc - hoạt tính có ý nghĩa thống kê giữa hai nhóm oligopeptide (48 đoạn dipeptide là các dẫn xuất của các chất ức chế men chuyển angiotensin và 21 dẫn xuất pentapeptide cấu trúc của bradykinin) đã được xác định bằng các phương pháp phân tích hồi quy. Các mô tả hình học, tính ưa nước và điện tử của các amino acid thành phần đã được áp dụng vào các đặc tính của cấu trúc phân tử của các peptide. Các tính chất điện tử (điện tích âm, độ phân cực của các phân tử, và khả năng hình thành liên kết hydro) được chỉ ra là có ảnh hưởng lớn nhất đến hoạt tính sinh học của các hợp chất được nghiên cứu. Sự phù hợp thỏa mãn giữa các giá trị tính toán và giá trị thực nghiệm của hoạt tính sinh học (logA) của các peptide đã chứng minh tính hợp lệ của phương trình bốn tham số trong việc đánh giá các giá trị logA chưa biết của oligopeptide dựa trên các tham số vật lý - hóa học của các amino acid tham gia.

Từ khóa

#oligopeptide #dipeptide #pentapeptide #hoạt tính sinh học #phân tích hồi quy #các tham số vật lý - hóa học

Tài liệu tham khảo

Diaz, H.G., Sanchez, I.H., Uriarte, E., and Santana, L., Comput. Biol. Chem., 2003, vol. 27, pp. 217–227. Tuppurainen, K., Chemosphere, 1999, vol. 38, pp. 3015–3030. Hansch, C., Hoekman, D., and Gao, H., Chem. Rev., 1996, vol. 96, pp. 1045–1075. Huuskonen, J., Chemosphere, 2003, vol. 50, pp. 949–953. Raevskii, O.A., Usp. Khim., 1999, vol. 68, pp. 555–575. Ren, B., J. Mol. Struct. (Theochem.), 2002, vol. 586, pp. 137–148. Depriest, S.A., Maym, D., Naylor, Ch.B., and Maushall, G.R., J. Am. Chem. Soc., 1993, vol. 115, pp. 5372–5384. Pires, J.M., Floriano, W.B., and Gaudio, A.C., J. Mol. Str. (Theochem.), 1997, vol. 389, pp. 159–167. van Regenmortel, M.H.V., CMLS, Cell. Mol. Life Sci., 2001, vol. 58, pp. 794–800. Doytchinova, I.A. and Flower, D.R., J. Med. Chem., 2001, vol. 44, pp. 3572–3585. Hayashi, M., Nakamura, Y., Higashi, K., Kato, H., Kishida, F., and Kaneko, H., Toxicol. Vitro, 1999, vol. 13, pp. 915–922. Soffers, A.E.M.F., Boersma, M.G., Vaes, W.H.J., et al., Toxicol. Vitro, 2001, vol. 15, pp. 539–551. Bersuker, I.B., Dimoglo, A.S., and Gorbachev, M.Yu., Bioorg. Khim., 1987, vol. 13, pp. 38–44. Karelson, M., Lobanov, V.S., and Katritzsky, A.R., Chem. Rev., 1996, vol. 96, pp. 1027–1043. Navajas, C., Poso, A., Tuppurainen, K., and Gynther, J., Quantum Struct. Act. Relat., 1996, vol. 15, pp. 189–195. Oprea, T.I. and Garcia, A.E., J. Comput.-Aid. Mol. Design, 1996, vol. 10, pp. 186–192. H. D. Jakubke and H. Jeschkeit, Amino Acids, Peptides, and Proteins-An Introduction, London: Macmillan, 1977. Translated under the title Aminokisloty, peptidy, belki, Moscow: Mir, 1985. Popov, E.M., Usp. Khim., 1994, vol. 63, pp. 1004–1025. Belova, L.A., Biokhimiya, 2000, vol. 65, pp. 1589–1599. Dzau, V.J., Bernstein, K., Celermajer, D., et al., Cardiovasc. Drugs. Ther., 2002, vol. 16, pp. 149–160. Berezov, T.T. and Korovkin, B.F., Biologicheskaya khimiya (Biological Chemistry), Moscow: Meditsina, 1998. Marczak, E.D., Usui, H., Fujita, H., Yang, Y., Yokoo, M., Lipkowski, A.W., and Yoshikawa, M., Peptides, 2003, vol. 24, pp. 791–798. Perenech, N.B., Arterial. Giperton., 2007, vol. 9, pp. 1–13. Zhihua, L., Yuzhang, W., Xuejun, Q., et al., Letters Pept. Sci., 2002, vol. 2, pp. 273–281. Hellberg, S., Eriksson, L., Jonsson, J., et al., Int. J. Pept. Protein Res., 1991, vol. 37, pp. 414–431. Pearson, R.G., J. Am. Chem. Soc., 1985, vol. 107, pp. 6801–6806. Urusov, V.S., Teoreticheskaya kristallokhimiya (Theoretical Crystallochemistry), Moscow: Mosk. Gos. Univ., 1987. Coppens, Ph., Abramov, Yu., Carducci, M., et al., J. Am. Chem. Soc., 1999, vol. 121, pp. 2585–2593. Campbell, J.A., Chemical Systems: Energetics, Dynamics, Structure, San Francisco: Freeman, 1970. Translated under the title Sovremennaya obshchaya khimiya, Moscow: Mir, 1975, vol. 3. Kalous, V. and Pavlliček, Zd., Biofyzikálni chemie. Praha: SNTN, 1984. Translated under the title Biofizicheskaya khimiya, Moscow: Mir, 1985. Wu, H., Molecules, 1999, vol. 4, pp. 16–27. Palekar, D., Shiue, M., and Lien, E.J., Pharmaceut. Res., 1996, vol. 13, pp. 1191–1195. Kuz’min, V.S. and Katser, S.B., Izv. Akad. Nauk, Ser. Khim., 1992, no. 4, pp. 922–927. Buenz, A.P., Braun, B., and Janowsky, R., Ind. Eng. Chem., 1998, vol. 37, pp. 3043–3051. Tyurin, Yu.N. and Makarov, A.A., Analiz dannykh na komp’yutere (Computer Data Analysis), Figurnov, V.E., Ed., Moscow: INFA-M, 2003. Pihlanto-Leppala, A., Koskinen, P., Piilola, K., Tupasela, T., and Korhonen, H., J. Dairy Res., 2000, vol. 67, pp. 53–64. Collantes, E.R. and Dunn, W.J., J. Med. Chem., 1995, vol. 38, pp. 2705–2719. Ufkes, J.G.R., Visser, B.J., Heuver, G., Wynne, H.J., and van der Meer, C., Eur. J. Pharmacol., 1982, vol. 79, pp. 155–163. Steer, D.L., Lew, R.A., Perlmutter, P., Smith, A.I., and Aguilar, M.-I., Letters Pept. Sci., 2002, vol. 8, pp. 241–246. Jensen, J., Soto, A.M., and Conlon, J.M., Peptides, 2000, vol. 21, pp. 1793–1798. Dewar, M.J.S., Zoebisch, E.G., Healy, E.F., and Stewart, J.J.P., J. Am. Chem. Soc., 1985, vol. 107, pp. 3902–3909. Lebedev, Yu.A. and Miroshnichenko, E.A., Termokhimiya Paroobrazovaniya Organicheskikh Veshchestv: Spravochnik (Thermochemistry of Vaporization of Organic Substances: Handbook), Moscow: Nauka, 1981. Lesnikovich, A.I. and Levchik, S.V., Korrelyatsii v sovremennoi khimii (Correlations in Modern Chemistry), Minsk: Izd. Universitetskoe, 1989.