Chức năng của thụ thể estrogen beta (ER-β) trong mô vú vẫn chưa được hiểu rõ hoàn toàn. Trong khi những quan sát ban đầu thường mâu thuẫn, dữ liệu gần đây cho thấy vai trò quan trọng của nó như một gen ức chế khối u. Sự giảm biểu hiện của ER-β đã được quan sát thấy trong ung thư ống in situ và ung thư xâm lấn so với các tế bào biểu mô vú lành tính. Sự mất ER-β dẫn đến sự phát triển bất thường của các tế bào biểu mô vú. Chúng tôi đã chỉ ra trước đó rằng biểu hiện mRNA của gen ER-β gần như hoàn toàn bị ức chế trong các ung thư vú từ bệnh nhân có tiên lượng kém. Tại đây, chúng tôi phân tích xem liệu những thay đổi methyl hóa ở các promoter khác nhau của ER-β có phải là nguyên nhân cho sự mất biểu hiện của gen này hay không. Một xét nghiệm methyl hóa với độ đặc hiệu và độ nhạy cao đã được phát triển, và một tập hợp các mẫu mô vú (n = 175) đã được xác định về trạng thái methyl hóa. Ngược lại với vú lành tính, hơn hai phần ba các ung thư vú xâm lấn cho thấy mức độ methyl hóa cao. Quan trọng là, methyl hóa tăng cũng được phát hiện trong nhiều tổn thương tiền ác tính. Bằng việc phân tích các khối u vú, được xác định trước đó bằng định hình biểu hiện gen, methyl hóa chủ yếu được phát hiện trong một nhóm bệnh nhân có tiên lượng không thuận lợi, gợi ý giá trị tiên lượng có thể của trạng thái methyl hóa ER-β. Chúng tôi cũng đã điều tra các đặc điểm cấu trúc của hai promoter ER-β, cả hai đều được tìm thấy có liên quan chặt chẽ với một promoter thứ hai, nằm hạ lưu, có vị trí và định hướng đối diện. Tuy nhiên, chúng tôi không thể phát hiện được RNA chống cảm ứng nội sinh được phiên mã từ các promoter này, có thể liên quan đến sự tắt gen do nguyên nhân epigenetic. Chúng tôi cũng không thể kích thích methyl hóa promoter ER-β bằng cách biểu hiện siRNA trong các dòng tế bào. Thú vị là, bằng cách so sánh các trình tự promoter của ER-β với các gen khác đã được biết đến là bị inactivated epigenetically trong ung thư vú, chúng tôi đã xác định được một mô hình trình tự có thể liên quan đến methyl hóa promoter.