Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Lithocarpus encleisocarpus (Korth.) A. Camus - Loài mới được ghi nhận từ Việt Nam và mối quan hệ hệ sinh thái của nó dựa trên SNP toàn bộ bộ gen
CTU Journal of Innovation and Sustainable Development - Tập 14 Số Special issue: CBA - Trang 17-24 - 2022
Tóm tắt
Một loài Lithocarpus (Fagaceae) mới được ghi nhận trong hệ thực vật Việt Nam, cụ thể là Lithocarpus encleisocarpus (Korth.) A.Camus, đã được báo cáo trong nghiên cứu này. Loài này có hình thái tương tự nhất với L. dahuoaiensis Ngoc & L.V. Dung khi có mép lá hoàn toàn nguyên vẹn, cupule đơn lẻ, cuống quả dài, cupule hình chén sâu hoặc hình turbinate, với một số đường filiform nằm ngang, nhưng khác với loài sau bởi việc cupule gần như hoàn toàn che phủ hạt, bề mặt cupule dày đặc lông tơ đãng tính sợi sao, và có 8-10 cặp gân thứ cấp. Nghiên cứu này cung cấp mối quan hệ phát sinh loài của L. encleisocarpus với các loài gần gũi dựa trên SNP toàn bộ bộ gen. Thông tin về phân loại, hình ảnh, thông tin về phân bố và môi trường sống, và số hiệu GenBank cho mã ADN của loài cũng được cung cấp.
Từ khóa
#Fagaceae #Flora #Lam Dong #MIG-seq #NGS.Tài liệu tham khảo
<p>Ban, N. T. (2005). Fagaceae. In N. T. Ban (Eds.), <em>Checklist of plant species of Vietnam 2</em>. (pp. 227–271). Agricultural Publishing House, Hanoi.</p>
<p>Barnett, E.C. (1944) Keys to the Species Groups of <em>Quercus,</em> <em>Lithocarpus</em>, and <em>Castanopsis</em> of Eastern Asia, with Notes on their Distribution. <em>Transactions of the Botanical Society of Edinburgh,</em> 34(1), 159–204. doi: 10.1080/13594864409441557</p>
<p>Bolger, A. M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data. <em>Bioinformatics, </em><em>30</em>, 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170</p>
<p>Camus, A. (1931). Sur quelques genres de Fagacees. <em>Riviera Scientifique,</em> <em>18</em>, 37–42.</p>
<p>Camus, A. (1938). Fagacées nouvelles de l’asie orientale. <em>Notulae systematicae</em> (Paris), <em>6</em>(4), 178–185.</p>
<p>Camus, A. (1942). Fagacées asiatiques nouvelles. <em>Bulletin du Muséum National d’Histoire Naturelle Series,</em> II <em>14</em>(5), 357–360.</p>
<p>Camus, A. (1943). <em>Lithocarpus</em> (Fagacées) nouveaux d’Annam. <em>Bulletin de la Société Botanique de France</em> <em>90</em>(4–6), 84–85. https://doi.org/10.1080/00378941.1943.10837497</p>
<p>Camus, A. (1945). Espèces et variétés nouvelles du genre Lithocarpus. <em>Bulletin de la Société Bota nique de France</em> <em>92</em>(4–6), 82–84. https://doi.org/10.1080/00378941.1945.10834409</p>
<p>Camus, A. (1948). <em>Les Chênes: Monographie du genres Quercus et Lithocarpus. Chênes Atlas </em>(Vol. 3). Paul Lechevalier & fils.</p>
<p>Catchen, J., Hohenlohe, P. A., Bassham, S., Amores, A., & Cresko, W. A. (2013). Stacks: An analysis tool set for population genomics. <em>Molecular Ecology,</em> <em>22</em>, 3124–3140. https://doi.org/10. 1111/mec.12354</p>
<p>Darriba, D., Taboada, G.L., Doallo, R., & Posada, D. (2012). jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing. <em>Nature Methods,</em> <em>9</em>(8), e772. <a href="https://doi.org/10.1038/nmeth.2109">https://doi.org/10.1038/nmeth.2109</a></p>
<p>Doyle, J.J., Doyle, J.L. (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. <em>Phytochemical Bulletin</em>, 19, 11–15.</p>
<p>Dunning, L. T. & Savolainen, V. (2010). Broad-scale amplification of matK for DNA barcoding plants, a technical note. <em>Botanical Journal of the Linnean Society</em>, <em>164</em>, 1–9.</p>
<p>Ho, P. H. (2003). <em>An Illustrated Flora of Vietnam</em> (Vol. 2). Young Publishing House, Ho Chi Minh City.</p>
<p>Huang, C.J., Zhang, Y.T., Bartholomew, B. (1999). Fagaceae. In W. Zhengyi, P. H. Raven, H. Deyuan, (Eds.), <em>Flora of China</em>. Volume 4, (pp. 333–369). http://www.efloras.org</p>
<p>Kress, W. J., Erickson, D. L., Jones, F. A., Swenson, N. G., Perez, R., Sanjur, O., & Bermingham, E. (2009). Plant DNA barcodes and a community phylogeny of a tropical forest dynamics plot in Panama. <em>Proceedings of the National Academy of Sciences,</em> <em>106</em>, 18621–18626.</p>
<p>Manos, P.S., Cannon, C.H., Oh, S.H. (2008) Phylogenetic relationships and taxonomic status of the paleoendemic Fagaceae of Western North America: Recognition of a new genus, <em>Notholithocarpus</em>. <em>Madroño,</em> 55, 181–190. doi: 10.3120/0024-9637-55.3.181</p>
<p>Ngoc, N.V., Dung, L.V., Tagane, S., Binhm, H.T., Son, H.T., Trung, V.Q., & Yahara, T. (2016). <em>Lithocarpus dahuoaiensis </em>(Fagaceae), a new species from Lam Dong Province, Vietnam. <em>PhytoKeys</em>, <em>69</em>, 23–30. <a href="https://doi.org/10.3897/phytokeys.69.9821">https://doi.org/10.3897/phytokeys.69.9821</a></p>
<p>Ngoc, N. V., Hung, N. V., Binh, H. T., Tagane, S., Toyama, H., Son, H.T., Ha, T.V., & Yahara, T. (2018) <em>Lithocarpus vuquangensis</em> (Fagaceae), a new species from Vu Quang National Park, Vietnam. <em>PhytoKeys</em>, 95, 15–25. <a href="https://doi.org/10.3897/phytokeys.95.21832">https://doi.org/10.3897/phytokeys.95.21832</a></p>
<p>Ngoc, N.V., Binh, H.T., Nagahama, A., Tagane, S., Toyama, H., Matsuo, A., Suyama, Y., & Yahara, T. (2021). Morphological and molecular evidence reveals three new species of <em>Lithocarpus</em> (Fagaceae) from Bidoup-Nui Ba National Park, Vietnam. <em>PhytoKeys</em>, <em>186</em>, 73–92. https://doi.org/10.3897/phytokeys.186.69878</p>
<p>Phengklai, C. (2008) Fagaceae. In T. Santisuk, K. Larsen, (Eds.), <em>Flora of Thailand </em><em>9</em>(3) (pp. 179–410). The Forest Herbarium, Bangkok.</p>
<p>Rochette, N. C., Rivera-Colon, A. G., & Catchen, J. M. (2019). Stacks 2: Analytical methods for paired-end sequencing improve RADseq-based population genomics. <em>Molecular Ecology</em>, <em>28</em>, 4737–4754. https://doi.org/10.1111/mec.15253</p>
<p>Rohwer, J. G., Li, J., Rudolph, B., Schmidt, S. A., van der Werrf, H., & Li, H. W. (2009). Is <em>Persea</em> (Lauraceae) monophyletic? Evidence from nuclear ribosomal ITS sequences. <em>Taxon, </em><em>58</em>, 1153–1167.</p>
<p>Stamatakis, A. (2014). RAxML Version 8: A tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. <em>Bioinformatics</em> (Oxford, England), <em>30</em>(9), 1312–1313. https://doi. org/10.1093/bioinformatics/btu033</p>
<p>Strijk, J., Sirimongkol, S., Rueangruea, S., Ritphet, N., & Chamchumroon, V. (2014a). <em>Lithocarpus orbicarpus</em> (Fagaceae), a new species of Stone Oak from Phang Nga province, Thailand. <em>PhytoKeys</em>, <em>34</em>, 33–46. doi: 10.3897/phytokeys.34.6429</p>
<p>Strijk, J. S., Rueangruea, S., Sirimongkol, S., & Suddee, S. (2014b). <em>Lithocarpus corneus</em> (Fagaceae), a new record for the Flora of Thailand. <em>Thai Forest Bulletin (Botany)</em>, <em>42</em>, 1–5.</p>
<p>Strijk, J. S., & Son, H. T. (2019). <em>Lithocarpus gigantophyllus</em> (Fagaceae), a new record from Loei province (Thailand). <em>Thai Forest Bulletin (Botany)</em>, <em>47</em>(2), 145–151.</p>
<p>The Plant List. (2013). <em>Version 1.1. Published on the Internet</em>. http://www.theplantlist.org/</p>
<p>Suyama, Y., & Matsuki, Y. (2015). MIG-seq: An effective PCR-based method for genome-wide single-nucleotide polymorphism genotyping using the next-generation sequencing platform. <em>Scientific Reports</em>, 5, e16968. https://doi.org/10.1038/srep16963</p>
<p>Suyama, Y., Hirota, S.K., Matsuo, A., Tsunamoto, Y., Mitsuyuki, C., Shimura, A., & Okano, K. (2021). Complementary combination of multiplex high-throughput DNA sequencing for molecular phylogeny. <em>Ecological Research</em>, 1–11. https://doi.org/10.1111/14401703. 12270</p>
<p>Takata, K., Taninaka, H., Nonakam M., Iwasem F., Kikuchi, T., Suyama, Y., Nagai, S., & Yasuda, N. (2019). Multiplexed ISSR genotyping by sequencing distinguishes two precious coral species (An thozoa: Octocorallia: Coralliidae) that share a mitochondrial haplotype. <em>PeerJ</em>, <em>7</em>, e7769. https://doi.org/10.7717/peerj.7769</p>
<p>Toyama, H., Kajisa, T., Tagane, S., Mase, K., Chhang, P., Samreth, V., Ma, V., Sokh, H., Ichihasi ,R., Onoda, Y., Mizoue, N., & Yahara, T. (2015) Effects of logging and recruitment on community phylogenetic structure in 32 permanent forest plots of Kampong Thom, Cambodia. Philosophical Transactions of the Royal Society B. <em>Biological Sciences,</em> <em>370</em>(1662), 1–13. https:// doi.org/10.1098/rstb.2014.0008.</p>