Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Nghiên cứu mạng lưới phức hợp protein
Tóm tắt
Nấm men bậc cao Saccharomyces cerevisiae là eukaryote đầu tiên có bộ gen được giải mã hoàn toàn. Đây cũng là tế bào eukaryotic đầu tiên có bộ proteome (tập hợp tất cả các protein) và interactome (mạng lưới tất cả các tương tác lẫn nhau giữa các protein) được phân tích. Trong bài báo này, chúng tôi nghiên cứu cấu trúc của mạng lưới phức hợp protein của nấm men, trong đó các cạnh có trọng số giữa các phức hợp đại diện cho số lượng protein chia sẻ. Chúng tôi phát hiện ra rằng mạng lưới phức hợp protein là một mạng lưới thế giới nhỏ với hành vi phân phối không tỉ lệ cho nhiều phân phối của nó. Tuy nhiên, chúng tôi nhận thấy rằng không có mối tương quan mạnh giữa trọng số và bậc của các phức hợp lân cận. Để làm rõ các đặc điểm không ngẫu nhiên của mạng, chúng tôi cũng so sánh nó với một mô hình null, trong đó các phức hợp chọn ngẫu nhiên protein của chúng. Cuối cùng, chúng tôi đề xuất một mô hình tiến hóa đơn giản dựa trên sự nhân đôi và phân ly của các protein.
Từ khóa
#Saccharomyces cerevisiae #mạng lưới phức hợp protein #proteome #interactome #mô hình tiến hóa #tương tác proteinTài liệu tham khảo
R. Albert, A.-L. Barabási, Rev. Mod. Phys. 74, 47 (2002)
S.N. Dorogovtsev, J.F.F. Mendes, Evolution of Networks: From Biological Nets to the Internet and WWW (Oxford University Press, 2003)
M.E.J. Newman, SIAM Rev. 45, 167 (2003)
D.J. Watts, S.H. Strogatz, Nature 393, 440 (1998)
A. Barrat, M. Weigt, Eur. Phys. J. B 13, 547 (2000)
L.A.N. Amaral, A. Scala, M. Barthélémy, H.E. Stanly, Proc. Natl. Acad. Sci USA 97, 11149 (2000)
R. Monasson, Eur. Phys. J. B 12, 555 (1999)
R. Albert, H. Jeong, A.-L. Barabási, Nature 406, 378 (2000)
D.S. Callaway, M.E.J. Newman, S.H. Strogatz, D.J. Watts, Phys. Rev. Lett. 85, 5468 (2000)
E. Almaas, R.V. Kulkarni, D. Stroud, Phys. Rev. E 68, 056105 (2003)
M.E.J. Newman, Phys. Rev. Lett. 89, 208701 (2002)
M.E.J. Newman, Phys. Rev. E 67, 026126 (2003)
P. Uetz et al. , Nature 403, 623 (2000)
T. Ito et al. , Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 4569 (2001)
A. Abbott, Nature 417, 895 (2002)
A. Wagner, Mol. Biol. Evol. 18, 1283 (2001)
R. Pastor-Satorras, E. Smith, R.V. Solé, J. Theoret. Biol. 222, 199 (2003)
S. Maslov, K. Sneppen, Science 296, 910 (2002)
A. Vázquez, A. Flammini, A. Maritan, A. Vespignani, ComPlex Us 1, 38 (2003)
H. Jeong, S.P. Mason, A.-L. Barabási, Z.M. Oltvai, Nature 411, 41 (2001)
A. Kumar, M. Snyder, Nature 415, 123 (2002)
A.-C. Gavin et al. , Nature 415, 141 (2002)
Y. Ho et al. , Nature 415, 180 (2002)
G. Parisi, cond-mat/0205297
A. Edwards et al. , TRENDS in Genetics 18, 529 (2002)
P. Erdös, A. Rényi, Publ. Math. Inst. Hung. Acad. Sci. 5, 17 (1960)
M.E.J. Newman, Phys. Rev. E 68, 026121 (2003)
M.E.J. Newman, S.H. Strogatz, D.J. Watts, Phys. Rev. E 64, 026118 (2001)