Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Nghiên cứu các gen hen suyễn được sao chép cao như các gen ứng cử cho viêm mũi dị ứng
Tóm tắt
Di truyền học hen suyễn đã được nghiên cứu rộng rãi và nhiều gen đã được liên kết với sự phát triển hoặc mức độ nghiêm trọng của căn bệnh này. Ngược lại, cơ sở di truyền của viêm mũi dị ứng (AR) chưa được đánh giá nhiều như vậy. Người ta đã biết rằng hen suyễn có liên quan chặt chẽ với AR, vì một tỷ lệ lớn cá nhân mắc hen suyễn cũng có triệu chứng của AR, và bệnh nhân mắc AR có nguy cơ phát triển hen suyễn cao gấp 5-6 lần. Do đó, mức độ liên quan của các gen ứng cử hen suyễn như các yếu tố dễ mắc cần được điều tra. Nghiên cứu hiện tại được thiết kế để điều tra xem các SNP trong các gen hen suyễn được sao chép cao có liên quan đến sự xuất hiện của AR hay không. Tổng cộng có 192 SNP từ 21 gen ứng cử hen suyễn đã được báo cáo có liên quan đến hen suyễn trong 6 nghiên cứu không có liên quan đã được genotyped trên một quần thể Thụy Điển với 246 bệnh nhân AR và 431 đối chứng. Các kiểu gen cho 429 SNP từ cùng một tập hợp gen cũng được trích xuất từ một tập dữ liệu toàn bộ bộ gen của người Hoa ở Singapore, bao gồm 456 trường hợp AR và 486 đối chứng. Tất cả các SNP sau đó đã được phân tích để xác định mối liên hệ với AR và ảnh hưởng của chúng đến sự nhạy cảm dị ứng với các tác nhân dị ứng thông thường. Một số lượng hạn chế các mối liên quan tiềm năng đã được quan sát thấy và mẫu P-value tổng thể phù hợp tốt với các kỳ vọng trong trường hợp không có hiệu ứng. Tuy nhiên, trong các thử nghiệm về hiệu ứng alen ở quần thể Trung Quốc, số lượng P-value có ý nghĩa vượt quá những kỳ vọng. Các dấu hiệu mạnh mẽ nhất được tìm thấy cho SNP trong NPSR1 và CTLA4. Trong các gen này, tổng cộng có chín SNP cho thấy P-value <0,001 với các Q-value tương ứng <0,05. Trong gen NPSR1, một số P-value thấp hơn mức điều chỉnh Bonferroni. Phân tích lại sau khi loại bỏ tất cả các bệnh nhân có triệu chứng hen suyễn đã loại trừ hen suyễn như một yếu tố gây nhiễu trong kết quả của chúng tôi. Các chỉ báo yếu hơn được tìm thấy cho IL13 và GSTP1 về việc nhạy cảm với phấn hoa bạch dương trong quần thể Thụy Điển. Biến đổi di truyền ở phần lớn các gen hen suyễn được sao chép cao không liên quan đến AR trong các quần thể của chúng tôi, cho thấy rằng hen suyễn và AR có thể có ít điểm chung hơn trước đây đã được dự đoán. Tuy nhiên, NPSR1 và CTLA4 có thể là các liên kết di truyền giữa AR và hen suyễn và các liên kết của các đa hình trong NPSR1 với AR chưa được báo cáo trước đây.
Từ khóa
#hen suyễn #viêm mũi dị ứng #SNP #gen #di truyền họcTài liệu tham khảo
Bousquet J, Khaltaev N, Cruz AA, Denburg J, Fokkens WJ, Togias A, Zuberbier T, Baena-Cagnani CE, Canonica GW, van Weel C: Allergic Rhinitis and its Impact on Asthma (ARIA) 2008 update (in collaboration with the World Health Organization, GA(2)LEN and AllerGen). Allergy. 2008, 63 (Suppl 86): 8-160.
van Beijsterveldt CE, Boomsma DI: Genetics of parentally reported asthma, eczema and rhinitis in 5-yr-old twins. Eur Respir J. 2007, 29 (3): 516-521. 10.1183/09031936.00065706.
Rasanen M, Laitinen T, Kaprio J, Koskenvuo M, Laitinen LA: Hay fever–a Finnish nationwide study of adolescent twins and their parents. Allergy. 1998, 53 (9): 885-890. 10.1111/j.1398-9995.1998.tb03996.x.
Nilsson D, Andiappan AK, Halldén C, Tim CF, Säll T, Wang DY, Cardell LO: Poor reproducibility of allergic rhinitis SNP associations. PLoS One. in press
Andiappan AK, Wang DY, Anantharaman R, Parate PN, Suri BK, Low HQ, Li Y, Zhao W, Castagnoli P, Liu J: Genome-wide association study for atopy and allergic rhinitis in a Singapore Chinese population. PLoS One. 2011, 6 (5): e19719-10.1371/journal.pone.0019719.
Ramasamy A, Curjuric I, Coin LJ, Kumar A, McArdle WL, Imboden M, Leynaert B, Kogevinas M, Schmid-Grendelmeier P, Pekkanen J: A genome-wide meta-analysis of genetic variants associated with allergic rhinitis and grass sensitization and their interaction with birth order. J Allergy Clin Immunol. 2011, 128 (5): 996-1005. 10.1016/j.jaci.2011.08.030.
Chanock SJ, Manolio T, Boehnke M, Boerwinkle E, Hunter DJ, Thomas G, Hirschhorn JN, Abecasis G, Altshuler D, Bailey-Wilson JE: Replicating genotype-phenotype associations. Nature. 2007, 447 (7145): 655-660. 10.1038/447655a.
Leynaert B, Neukirch C, Kony S, Guenegou A, Bousquet J, Aubier M, Neukirch F: Association between asthma and rhinitis according to atopic sensitization in a population-based study. J Allergy Clin Immunol. 2004, 113 (1): 86-93. 10.1016/j.jaci.2003.10.010.
Linneberg A, Nielsen NH, Frolund L, Madsen F, Dirksen A, Jorgensen T: The link between allergic rhinitis and allergic asthma: a prospective population-based study. The Copenhagen Allergy Study. Allergy. 2002, 57 (11): 1048-1052. 10.1034/j.1398-9995.2002.23664.x.
Sichletidis L, Markou S, Daskalopoulou E, Constantinidis T, Tsiotsios J, Pechlivanidis T: The prevalence of asthma and allergic rhinitis among children in Greece. Am J Respir Crit Care Med. 1999, 159 (3): A143-A143.
Ober C, Hoffjan S: Asthma genetics 2006: the long and winding road to gene discovery. Genes Immun. 2006, 7 (2): 95-100. 10.1038/sj.gene.6364284.
Rogers AJ, Raby BA, Lasky-Su JA, Murphy A, Lazarus R, Klanderman BJ, Sylvia JS, Ziniti JP, Lange C, Celedon JC: Assessing the reproducibility of asthma candidate gene associations, using genome-wide data. Am J Respir Crit Care Med. 2009, 179 (12): 1084-1090. 10.1164/rccm.200812-1860OC.
Moffatt MF, Gut IG, Demenais F, Strachan DP, Bouzigon E, Heath S, von Mutius E, Farrall M, Lathrop M, Cookson WOCM: A Large-Scale, Consortium-Based Genomewide Association Study of Asthma. N Engl J Med. 2010, 363 (13): 1211-1221. 10.1056/NEJMoa0906312.
Torgerson DG, Ampleford EJ, Chiu GY, Gauderman WJ, Gignoux CR, Graves PE, Himes BE, Levin AM, Mathias RA, Hancock DB: Meta-analysis of genome-wide association studies of asthma in ethnically diverse North American populations. Nat Genet. 2011, 43 (9): 887-U103. 10.1038/ng.888.
Bryborn M, Halldén C, Säll T, Adner M, Cardell LO: Comprehensive evaluation of genetic variation in S100A7 suggests an association with the occurrence of allergic rhinitis. Respir Res. 2008, 9: 29-10.1186/1465-9921-9-29.
Bryborn M, Halldén C, Säll T, Cardell LO: CLC- a novel susceptibility gene for allergic rhinitis?. Allergy. 2010, 65 (2): 220-228. 10.1111/j.1398-9995.2009.02141.x.
Nilsson D, Andiappan AK, Halldén C, Yun WD, Säll T, Tim CF, Cardell LO: Toll-like receptor gene polymorphisms are associated with allergic rhinitis: a case control study. BMC Med Genet. 2012, 13 (1): 66-
Anantharaman R, Chew FT: Validation of pooled genotyping on the Affymetrix 500 k and SNP6.0 genotyping platforms using the polynomial-based probe-specific correction. BMC Genet. 2009, 10:
R Development Core Team: R: A language and environment for statistical computing. 2009, Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing
Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR, Bender D, Maller J, Sklar P, de Bakker PIW, Daly MJ: PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. Am J Hum Genet. 2007, 81 (3): 559-575. 10.1086/519795.
Storey JD: A direct approach to false discovery rates. J R Stat Soc Series B Stat Methodol. 2002, 64: 479-498. 10.1111/1467-9868.00346.
Neale BM, Sham PC: The future of association studies: gene-based analysis and replication. Am J Hum Genet. 2004, 75 (3): 353-362. 10.1086/423901.
Vergara C, Jimenez S, Acevedo N, Martinez B, Mercado D, Gusmao L, Rafaels N, Hand T, Barnes KC, Caraballo L: Association of G-protein-coupled receptor 154 with asthma and total IgE in a population of the Caribbean coast of Colombia. Clin Exp Allergy. 2009, 39 (10): 1558-1568. 10.1111/j.1365-2222.2009.03311.x.
Laitinen T, Polvi A, Rydman P, Vendelin J, Pulkkinen V, Salmikangas P, Makela S, Rehn M, Pirskanen A, Rautanen A: Characterization of a common susceptibility locus for asthma-related traits. Science. 2004, 304 (5668): 300-304. 10.1126/science.1090010.
Kormann MSD, Carr D, Klopp N, Illig T, Leupold W, Fritzsch C, Weiland SK, von Mutius E, Kabesch M: G-protein-coupled receptor polymorphisms are associated with asthma in a large German population. Am J Respir Crit Care Med. 2005, 171 (12): 1358-1362. 10.1164/rccm.200410-1312OC.
Melen E, Bruce S, Doekes G, Kabesch M, Laitinen T, Lauener R, Lindgren CM, Riedler J, Scheynius A, van Hage-Hamsten M: Haplotypes of G protein-coupled receptor 154 are associated with childhood allergy and asthma. Am J Respir Crit Care Med. 2005, 171 (10): 1089-1095. 10.1164/rccm.200410-1317OC.
Malerba G, Lindgren CM, Xumerle L, Kiviluoma P, Trabetti E, Laitinen T, Galavotti R, Pescollderungg L, Boner AL, Kere J: Chromosome 7p linkage and GPR154 gene association in Italian families with allergic asthma. Clin Exp Allergy. 2007, 37 (1): 83-89. 10.1111/j.1365-2222.2006.02615.x.
Hersh CP, Raby BA, Soto-Quiros ME, Murphy AJ, Avila L, Lasky-Su J, Sylvia JS, Klanderman BJ, Lange C, Weiss ST: Comprehensive testing of positionally cloned asthma genes in two populations. Am J Respir Crit Care Med. 2007, 176 (9): 849-857. 10.1164/rccm.200704-592OC.
Feng Y, Hong X, Wang L, Jiang S, Chen C, Wang B, Yang J, Fang Z, Zang T, Xu X: G protein-coupled receptor 154 gene polymorphism is associated with airway hyperresponsiveness to methacholine in a Chinese population. J Allergy Clin Immunol. 2006, 117 (3): 612-617. 10.1016/j.jaci.2005.11.045.
Wu H, Romieu I, Sienra-Monge JJ, del Rio-Navarro BE, Burdett L, Yuenger J, Li H, Chanock SJ, London SJ: Lack of association between genetic variation in G-protein-coupled receptor for asthma susceptibility and childhood asthma and atopy. Genes Immun. 2008, 9 (3): 224-230. 10.1038/gene.2008.8.
The pre-publication history for this paper can be accessed here:http://www.biomedcentral.com/1471-2350/14/51/prepub