Giới thiệu mothur: Phần mềm mã nguồn mở, độc lập với nền tảng, được cộng đồng hỗ trợ để mô tả và so sánh các cộng đồng vi sinh vật

Applied and Environmental Microbiology - Tập 75 Số 23 - Trang 7537-7541 - 2009
Patrick D. Schloss1,2, Sarah L. Westcott1,2, Thomas Ryabin2, Justine R. Garcia3, Martin Hartmann4, Emily B. Hollister5, Ryan A. Lesniewski6, Brian B. Oakley7, Donovan H. Parks8, Courtney J. Robinson1, Jason W. Sahl9, Blaž Stres10, Gerhard Thallinger11, David J. Horn1, Carolyn F. Weber12
1Department of Microbiology and Immunology, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan
2Department of Microbiology, University of Massachusetts, Amherst, Massachusetts
3Department of Biology, University of New Mexico, Albuquerque, New Mexico
4Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada
5Department of Soil and Crop Sciences, Texas A&M University, College Station, Texas
6Department of Soil, Water, and Climate, University of Minnesota, St. Paul, Minnesota
7Department of Biological Sciences, University of Warwick, Coventry, United Kingdom
8Faculty of Computer Science, Dalhousie University, Halifax, NS, Canada
9Environmental Science and Engineering, Colorado School of Mines, Golden, Colorado
10Department of Animal Science, University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia
11Institute for Genomics and Bioinformatics, Graz University of Technology, Graz, Austria
12Department of Biological Sciences, Louisiana State University, Baton Rouge, Lousiana

Tóm tắt

TÓM TẮT

mothur nhắm đến mục tiêu trở thành một gói phần mềm toàn diện cho phép người dùng sử dụng một phần mềm duy nhất để phân tích dữ liệu chuỗi cộng đồng. Phần mềm này xây dựng dựa trên các công cụ trước đó để cung cấp một gói phần mềm linh hoạt và mạnh mẽ cho việc phân tích dữ liệu giải trình tự. Như một nghiên cứu điển hình, chúng tôi đã sử dụng mothur để cắt, sàng lọc và căn chỉnh các chuỗi; tính toán khoảng cách; gán các chuỗi vào các đơn vị phân loại hoạt động; và mô tả sự đa dạng α và β của tám mẫu biển trước đây được xác định bằng cách giải trình tự pyrosequencing các đoạn gen 16S rRNA. Phân tích hơn 222.000 chuỗi này đã được hoàn thành trong chưa đầy 2 giờ với một máy tính xách tay.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1128/IAI.01520-08

10.1128/AEM.65.8.3398-3400.1999

10.1093/nar/gkn879

10.1128/AEM.03006-05

DeSantis, T. Z., Jr., P. Hugenholtz, K. Keller, E. L. Brodie, N. Larsen, et al. 2006. NAST: a multiple sequence alignment server for comparative analysis of 16S rRNA genes. Nucleic Acids Res.34:W394-W939.

Felsenstein, J. 1989. PHYLIP—Phylogeny Inference Package. Cladistics5:164-166.

Design patterns: elements of reusable object-oriented software. 1995

10.1128/AEM.00233-08

10.1128/AEM.01464-06

10.1093/bioinformatics/btl158

10.1186/1471-2105-7-371

10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005

10.1093/nar/gkh293

10.1111/j.1558-5646.1991.tb04385.x

10.1128/AEM.68.8.3673-3682.2002

10.1128/AEM.65.4.1721-1730.1999

Code complete 2004

Pace, N. R., D. A. Stahl, D. J. Lane, and G. J. Olsen. 1985. Analyzing natural microbial populations by rRNA sequences. ASM News51:4-12.

Head first software development. 2008

10.1093/nar/gkm864

10.1038/ismej.2008.5

10.1128/AEM.71.3.1501-1506.2005

10.1128/AEM.00474-06

10.1128/AEM.72.4.2379-2384.2006

10.1128/AEM.70.9.5485-5492.2004

10.1128/AEM.67.9.4374-4376.2001

10.1073/pnas.0605127103

10.1038/nature07540

10.1038/nature06244

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applied and Environmental Microbiology

Tập 75 Số 23

7537-7541

Thông tin tác giả