Tính chất kỵ nước của các nhóm amino acid trong protein
Tóm tắt
Các nghiên cứu về gập protein thường sử dụng diện tích và thể tích để đánh giá đóng góp kỵ nước vào năng lượng tự do cấu hình (Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 6:151–176, 1977). Chúng tôi đã tính toán diện tích trung bình bị chôn vùi khi gập lại cho từng nhóm hóa học trong mỗi dư lượng của một tập hợp các protein được giải mã bằng tia X. Các phép đo này, cùng với kích thước hốc tiêu chuẩn của mỗi nhóm, được ghi lại trong một bảng. Quan sát cho thấy, trung bình, mỗi loại nhóm chôn vùi một phần không đổi của diện tích trạng thái tiêu chuẩn của nó. Diện tích trung bình bị chôn vùi của hầu hết, mặc dù không phải tất cả, các nhóm có thể được xấp xỉ gần đúng bằng cách cộng các đóng góp từ ba tham số đặc trưng tương ứng với ba loại nguyên tử: (1) carbon hoặc lưu huỳnh, có mức độ chôn vùi trung bình là 86%; (2) oxy hoặc nitrogen trung tính, có mức độ chôn vùi trung bình là 40%; và (3) oxy hoặc nitrogen có điện tích, có mức độ chôn vùi trung bình là 32%.
Từ khóa
#chất kỵ nước #gập protein #diện tích chôn vùi #cấu trúc protein #nhóm hóa họcTài liệu tham khảo
Cohn E. J., 1943, Proteins, Amino Acids, and Peptides as Ions and Dipolar Ions, 10.1097/00000441-194306000-00035
Fauchère J.‐L., 1983, Hydrophobic parameters π for amino acid side chains from partitioning of N‐acetyl‐amino‐acid amides, Eur. J. Med. Chem.‐Chem. Ther., 18, 369
Eisenberg D., 1986, Solvation energy in protein folding and binding, 319, 199
International Mathematical Subroutine Library 7500 Bellaire Blvd. Houston Texas 77036.
Miller S., 1987, Interior and surface of monomeric proteins, 196, 641
Snedecor G. W., 1978, Statistical Methods