HERA—Một chương trình vẽ sơ đồ cấu trúc thứ cấp của protein

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - Tập 8 Số 3 - Trang 203-212 - 1990
E. Gail Hutchinson1, Janet M. Thornton2
1Department of Crystallography, Birkbeck College, London, England
2Laboratory of Molecular Biology Department of Crystallography Birkbeck College London, WC1E 7HX, England

Tóm tắt

Tóm tắtChương trình được mô tả ở đây cho phép tạo ra các sơ đồ liên kết hydro của cấu trúc protein và tùy chọn vẽ vòng xoắn cũng như lưới xoắn. Chương trình cũng có thể được sử dụng đơn giản để tính toán các kết nối của các sợi β và tự động trích xuất các mô hình cấu trúc đơn giản như kẹp tóc hay chìa khóa Hy Lạp. Chương trình giúp giảm thiểu đáng kể nỗ lực cần thiết để tạo ra những sơ đồ này và cung cấp độ linh hoạt đáng kể trong thông tin có thể được biểu diễn. Sự hữu ích của chương trình được minh họa qua một số ví dụ bao gồm so sánh các họ đồng huyết, tương quan giữa cấu trúc protein với đặc điểm của từng amino acid và trích xuất tất cả các ví dụ về mô hình ψ-loop từ Ngân hàng Dữ liệu Brookhaven.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0065-3233(08)60520-3

10.1038/261552a0

10.1016/S0022-2836(77)80072-7

10.1107/S0021889888005746

10.1002/bip.360221211

10.1016/S0022-2836(77)80200-3

10.1039/fs9821700109

10.1073/pnas.73.8.2619

10.1038/268495a0

10.1038/289366a0

10.1107/S0108767387011875

Burnett R. M., 1974, The structure of the oxidised form of clostridial flavodoxin at 1.9 Å resolution, J. Biol. Chem., 249, 4383, 10.1016/S0021-9258(19)42429-0

10.1016/0022-2836(78)90297-8

10.1126/science.17920

10.1038/271618a0

10.1515/9783111649788-019

10.1016/0022-2836(83)90008-6

10.1016/0022-2836(87)90411-6

Rao S. N., 1977, Crystallization and preliminary crystal data of porcine pepsinogen, J. Biol. Chem., 252, 8728, 10.1016/S0021-9258(19)75282-X

10.1016/0022-2836(78)90406-0

10.1016/0022-2836(72)90569-4

Arutiunian E. G., 1981, X‐ray structural investigation of inorganic pyrophosphatase from Bakers yeast at 3 Angstroms resolution, Dokl. Biochem., 258, 189

10.1016/S0022-2836(83)80024-2

10.1016/0022-2836(84)90298-5

10.1016/0022-2836(87)90635-8

Moras D., 1975, Studies of asymmetry in the three‐dimensional structure of lobster D‐glyceraldehyde‐3‐phosphate dehydrogenase, J. Biol. Chem., 250, 9137, 10.1016/S0021-9258(19)40703-5

Thông tin
Thông tin xuất bản

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics

Tập 8 Số 3

203-212

Thông tin tác giả