Greengenes, Cơ sở dữ liệu gen 16S rRNA được kiểm tra chimera và bàn làm việc tương thích với ARB

Applied and Environmental Microbiology - Tập 72 Số 7 - Trang 5069-5072 - 2006
Todd Z. DeSantis1, Philip Hugenholtz2, N. Larsen3, Mark Rojas4, Eoin Brodie1, Kenneth H. Keller5, Thomas Huber6, Daniel Dalevi7, Pengwei Hu1, Gary L. Andersen1
1Center for Environmental Biotechnology, Lawrence Berkeley National Laboratory, 1 Cyclotron Road, Mail Stop 70A-3317, Berkeley, California 94720
2Microbial Ecology Program, DOE Joint Genome Institute, 2800 Mitchell Drive, Bldg. 400-404, Walnut Creek, California 94598
3Danish Genome Institute, Gustav Wieds vej 10 C, DK-8000 Aarhus C, Denmark
4Department of Bioinformatics, Baylor University, P.O. Box 97356, 1311 S. 5th St., Waco, Texas 76798-7356
5Department of Bioengineering, University of California, Berkeley, California 94720
6Departments of Biochemistry and Mathematics, The University of Queensland, Brisbane, Queensland 4072, Australia
7Department of Computer Science, Chalmers University of Technology, SE-412 96 Göteborg, Sweden

Tóm tắt

TÓM TẮT

Cơ sở dữ liệu gen 16S rRNA ( http://greengenes.lbl.gov ) giải quyết những hạn chế của các kho dữ liệu công cộng bằng cách cung cấp kiểm tra chimera, căn chỉnh chuẩn và phân loại thuế bằng nhiều phân loại đã được công bố. Đã phát hiện ra rằng có sự không nhất quán trong thuật ngữ phân loại giữa các người quản lý ngay cả ở cấp độ ngành. Các chimera có khả năng đã được xác định trong 3% các trình tự môi trường và trong 0.2% các bản ghi từ các mẫu đơn lập. Các trình tự môi trường đã được phân loại thành 100 dòng giống cấp ngành trong Archaea và Bacteria .

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1016/S0022-2836(05)80360-2

10.1128/AEM.71.12.7724-7736.2005

10.1093/nar/gkf450

10.1007/s00248-002-2012-1

10.1128/AEM.70.12.7161-7172.2004

10.1093/bioinformatics/btg430

10.1093/nar/gki038

10.1093/bioinformatics/btg200

Nucleic Acids Res.

10.1016/j.femsle.2005.03.016

10.1093/nar/gkg569

Felsenstein, J. 1989. PHYLIP—Phylogeny Inference Package (version 3.65). Cladistics5:164-166.

10.1128/AEM.70.2.845-849.2004

10.1101/gr.652803

10.1093/bioinformatics/bth226

10.1186/gb-2002-3-7-research0034

10.1016/j.watres.2005.05.044

10.1093/bib/5.2.150

10.1128/jb.174.1.269-278.1992

10.1016/j.femsle.2005.04.002

10.1093/nar/gkh293

10.1093/nar/29.1.173

10.1126/science.276.5313.734

10.1046/j.1472-765x.2002.01048.x

10.1128/AEM.71.3.1671-1673.2005

10.1128/MMBR.68.4.686-691.2004

10.1093/bioinformatics/bti191

10.1093/nar/25.24.4876

10.1016/S0167-7012(03)00140-4

10.1128/AEM.68.5.2535-2541.2002

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applied and Environmental Microbiology

Tập 72 Số 7

5069-5072

Thông tin tác giả