Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Dữ liệu giải trình tự gen, phiên mã và epi-gen của dòng tế bào bạch cầu REH
Tóm tắt
Mục tiêu của bài báo dữ liệu này là mô tả một bộ sưu tập gồm 33 tập dữ liệu giải trình tự gen, phiên mã và epi-gen của dòng tế bào bạch cầu cấp tính lymphoblastic (ALL) REH. REH là một trong những dòng tế bào thường được sử dụng nhất cho các nghiên cứu chức năng về ALL ở trẻ em, và dữ liệu này cung cấp một đặc điểm phân tích đa chiều về các đặc tính phân tử của nó. Các tập dữ liệu được mô tả ở đây, được tạo ra bằng công nghệ giải trình tự ngắn và dài, không chỉ cung cấp cái nhìn sâu sắc vào kiểu gen bất thường phức tạp của REH, mà còn có thể được sử dụng làm tập dữ liệu tham chiếu để đánh giá chất lượng dữ liệu giải trình tự hoặc để phát triển các phương pháp. Bài báo này mô tả 33 tập dữ liệu tương ứng với 867 gigabase dữ liệu giải trình tự thô được tạo ra từ dòng tế bào REH. Các tập dữ liệu này bao gồm năm phương pháp khác nhau cho giải trình tự toàn bộ genome (WGS) trên bốn nền tảng giải trình tự, hai kỹ thuật giải trình tự RNA (RNA-seq) trên hai nền tảng giải trình tự khác nhau, giải trình tự methyl hóa DNA, và giải trình tự ATAC đơn bào.
Từ khóa
#dòng tế bào REH #bạch cầu cấp tính lymphoblastic #dữ liệu giải trình tự #giải trình tự RNA #methyl hóa DNA #giải trình tự ATACTài liệu tham khảo
Gillet J-P, Varma S, Gottesman MM. The clinical relevance of Cancer Cell Lines. JNCI J Natl Cancer Inst. 2013;105:452–8.
Gazdar AF, Minna JD. Cell lines as an investigational tool for the study of biology of small cell lung cancer. Eur J Cancer Clin Oncol. 1986;22:909–11.
Rosenfeld C, Goutner A, Choquet C, Venuat AM, Kayibanda B, Pico JL, et al. Phenotypic characterisation of a unique non-T, non-B acute lymphoblastic leukaemia cell line. Nature. 1977;267:841–3.
Cortes JE, Kantarjian HM. Acute lymphoblastic leukemia a comprehensive review with emphasis on biology and therapy. Cancer. 1995;76:2393–417.
Raine A, Manlig E, Wahlberg P, Syvänen A-C, Nordlund J. SPlinted Ligation Adapter Tagging (SPLAT), a novel library preparation method for whole genome bisulphite sequencing. Nucleic Acids Res. 2017;45:e36–6.
Shyr D, Liu Q. Next generation sequencing in cancer research and clinical application. Biol Proced Online. 2013;15:4.
LeBlanc VG, Marra MA. Next-generation sequencing approaches in Cancer: where have they brought us and where will they take us? Cancers. 2015;7:1925–58.
Sakamoto Y, Sereewattanawoot S, Suzuki A. A new era of long-read sequencing for cancer genomics. J Hum Genet. 2020;65:3–10.
Rausch T, Snajder R, Leger A, Simovic M, Giurgiu M, Villacorta L, et al. Long-read sequencing of diagnosis and post-therapy medulloblastoma reveals complex rearrangement patterns and epigenetic signatures. Cell Genomics. 2023;3:100281.
Fang LT, Zhu B, Zhao Y, Chen W, Yang Z, Kerrigan L, et al. Establishing community reference samples, data and call sets for benchmarking cancer mutation detection using whole-genome sequencing. Nat Biotechnol. 2021;39:1151–60.
Ren L, Duan X, Dong L, Zhang R, Yang J, Gao Y et al. Quartet DNA reference materials and datasets for comprehensively evaluating germline variants calling performance. preprint. Bioinformatics; 2022.
Lysenkova Wiklander M, Arvidsson G, Bunikis I, Lundmark A, Raine A, Marincevic-Zuniga Y et al. A complete digital karyotype of the B-cell leukemia REH cell line resolved by long-read sequencing. preprint. Cancer Biology; 2023.
Lysenkova Wiklander M. REH Data Note - Overview of REH sequencing datasets. 2023. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.23966340. Accessed 16 Aug 2023.
Lysenkova Wiklander M. REH Data Note - Supplemental Methods.pdf. 2023. https://doi.org/10.6084/M9.FIGSHARE.22643065. Accessed 11 May 2023.
Lysenkova Wiklander M. REH Data Note - Data File 3. Short Tandem Repeat Analysis of the REH cell line. 2023. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.24131670
NCBI Sequence Read Archive. WGS of REH (Illumina TruSeq DNA PCR-Free) - Illumina HiSeq X - Lane 1. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10882610
NCBI Sequence Read Archive. WGS of REH (Illumina TruSeq DNA PCR-Free) - Illumina HiSeq X - Lane 2. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10882609
NCBI Sequence Read Archive. WGS of REH (Illumina TruSeq DNA PCR-Free) - mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704824
NCBI Sequence Read Archive. CLR WGS of REH (PacBio SMRT). 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22805329
NCBI Sequence Read Archive. HiFi WGS of REH (PacBio SMRT). 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR19123265
NCBI Sequence Read Archive. HiFi/CLR WGS of REH (PacBio SMRT) - mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704823
NCBI Sequence Read Archive. De-novo REH assembly (hifiasm, PacBio HiFi and CLR WGS). 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704827
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, sheared to 10 kb. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22730978
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, sheared to 20 kb. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22444744
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, sheared to 30 kb. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23054498
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, sheared to 60 kb, size selected with Circulomics SRE. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22444743
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, size selected with Circulomics SRE. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22444742
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, Ultralong. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR21147769
NCBI Sequence Read Archive. ONT WGS of REH, Ultralong - mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704822
NCBI Sequence Read Archive. De-novo REH assembly (flye/medaka, ONT Ultralong WGS). 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704826
NCBI Sequence Read Archive. De-novo REH assembly (flye/racon, ONT Ultralong and PacBio WGS). 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704825
NCBI Sequence Read Archive. MGISEQ WGS of REH (stLFR). 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR18907774
NCBI Sequence Read Archive. 10x GemCode linked-read WGS of REH (high molecular weight) - mapped - hg37. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10902121
NCBI Sequence Read Archive. 10x GemCode linked-read WGS of REH (standard DNA) - mapped - hg37. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10902122
NCBI Sequence Read Archive. Single cell ATAC sequencing of REH (10x Chromium) – 1 of 4. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22320001
NCBI Sequence Read Archive. Single cell ATAC sequencing of REH (10x Chromium) – 2 of 4. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22320000
NCBI Sequence Read Archive. Single cell ATAC sequencing of REH (10x Chromium) – 3 of 4. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22319999
NCBI Sequence Read Archive. Single cell ATAC sequencing of REH (10x Chromium) – 4 of 4. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22319998
NCBI Sequence Read Archive. Single-cell ATAC sequencing of REH - Illumina NovaSeq 6000 - mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10907069
NCBI Sequence Read Archive. EM-seq of REH (NEBNext) – 100ng DNA. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23020114
NCBI Sequence Read Archive. EM-seq of REH (NEBNext) – 10ng DNA. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23020113
NCBI Sequence Read Archive. RNA-seq of REH (Illumina TruSeq stranded total RNA) - Illumina NovaSeq 6000 - Lane 1. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10882846
NCBI Sequence Read Archive. RNA-seq of REH (Illumina TruSeq stranded total RNA) - Illumina NovaSeq 6000 - Lane 2. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR10882845
NCBI Sequence Read Archive. RNA-seq of REH (Illumina TruSeq stranded total RNA) - mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704830
NCBI Sequence Read Archive. HiFi RNA-seq of REH (PacBio IsoSeq) - standard-length transcripts. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22729869
NCBI Sequence Read Archive. HiFi RNA-seq of REH (PacBio IsoSeq) - long transcripts. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR22729868
NCBI Sequence Read Archive. HiFi RNA-seq of REH (PacBio IsoSeq) - standard-length transcripts - FLNC and mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704829
NCBI Sequence Read Archive. HiFi RNA-seq of REH (PacBio IsoSeq) - long transcripts - FLNC and mapped - hg38. 2023. https://identifiers.org/insdc.sra:SRR23704828