Geneious! Phương pháp lướt genom đơn giản hóa cho các nghiên cứu hệ thống học phân loại: Một nghiên cứu trường hợp ở Oreocarya (Boraginaceae)

Applications in Plant Sciences - Tập 2 Số 12 - 2014
Lee Ripma1, Michael G. Simpson1, Kristen E. Hasenstab‐Lehman2
1Department of Biology, San Diego State University, San Diego, California, 92182-4614, USA
2Rancho Santa Ana Botanic Garden, 1500 N. College Avenue, Claremont, California 92117 USA

Tóm tắt

• Cơ sở nghiên cứu: Khi những nhà hệ thống học cố gắng khai thác tốt nhất sức mạnh của giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS), một lượng lớn các bài tổng quan, phương pháp và công cụ phân tích khiến việc lựa chọn phương pháp phù hợp trở nên khó khăn. Oreocarya (Boraginaceae), một chi gồm 63 loài, là một ví dụ điển hình về một nhóm thiếu cả độ phân giải ở cấp loài và tài nguyên gen. Việc sử dụng Geneious loại bỏ các rào cản sinh tin học và làm cho việc lướt genom NGS trở nên dễ tiếp cận ngay cả với những nhà hệ thống học không thành thạo công nghệ nhất.

Từ khóa

#hệ thống học #giải trình tự thế hệ tiếp theo #Geneious #lướt genom #<i>Oreocarya</i>

Tài liệu tham khảo

10.1016/S1055-7903(03)00208-2

10.2307/2399880

10.1006/mpev.1998.0545

10.1093/nar/gks1195

10.1111/nph.12560

Brand A., 1931, Das Pflanzenreich, 204

Bresowar G. E., 2011, Phylogenetics of the genus Cryptantha subgenus Oreocarya (Boraginaceae): A Western North American endemic taxon

10.1007/s12686-013-0056-9

Cho Y., 2004, Mitochondrial substitution rates are extraordinarily elevated and variable in a genus of flowering plants, Proceedings of the American Academy of Arts and Sciences, 101, 17741

10.3732/ajb.1100356

10.1007/s10592-005-9073-x

10.1186/1471-2148-10-61

10.1111/j.1558-5646.2008.00549.x

Friar E. A., 2005, Methods in enzymology, vol. 395, Producing the biochemical data. Part B, 3

10.1105/tpc.010479

10.1080/17550874.2012.745909

10.1038/nbt.1883

10.3732/ajb.1100323

10.1600/036364412X648706

Higgins L. C., 1971, A revision of Cryptantha subgenus Oreocarya. Brigham Young University Science Bulletin, Biological Series, 8, 1

10.3732/ajb.1100570

10.1093/nar/gkf436

10.1007/s00294-004-0522-8

10.1080/10635150601146041

10.1146/annurev-ecolsys-110512-135822

Liston A., 2012, Introduction to next‐generation sequencing

10.1093/sysbio/syp031

10.1093/sysbio/46.3.523

10.1111/1755-0998.12246

Marushak T. M., 2003, Patterns of mating system evolution in Cryptantha section Oreocarya (Boraginaceae): A phylogenetic approach. Ph.D. dissertation. University of Maryland

10.1600/036364412X648715

10.1186/1741-7007-7-84

10.1186/1471-2148-12-100

Ripma L. A., 2014, Data from: Geneious! Simplified genome skimming methods for phylogenetic systematic studies: A case study in Oreocarya (Boraginaceae)

10.1093/bioinformatics/btr026

10.1093/nar/gkt377

10.3732/ajb.1000404

10.12705/625.13

10.1093/bioinformatics/btl446

10.1080/10635150802429642

Straub S.2012.Botany 2012: Introduction to next generation sequencing workshop practical exercises. Websitehttp://milkweedgenome.org/sites/default/files/workshopFiles/Botany_2012_NGS_workshop_exercises_0.pdf[accessed 1 August 2012].

10.1186/1471-2164-12-211

10.3732/ajb.1100335

10.1093/gbe/evt140

10.3732/apps.1200497

10.1016/j.ympev.2013.04.009

10.3732/apps.1400042

10.1371/journal.pone.0074394

10.1111/j.1365-294X.2009.04474.x

10.1093/jxb/erp361

10.1534/genetics.106.062455

10.1101/gr.074492.107

Zwickl D. J., 2006, Genetic algorithm approaches for the phylogenetic analysis of large biological sequence datasets under the maximum likelihood criterion. Ph.D. dissertation

Thông tin
Thông tin xuất bản

Applications in Plant Sciences

Tập 2 Số 12

Thông tin tác giả